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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28790 | |||||||||
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タイトル | EsN-dhsU36duplex local map (map 2) | |||||||||
マップデータ | Raw map | |||||||||
試料 |
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キーワード | promoter-bound / initiation / TRANSCRIPTION | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Aquifex aeolicus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Mueller AU / Chen J / Darst SA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: A general mechanism for transcription bubble nucleation in bacteria. 著者: Andreas U Mueller / James Chen / Mengyu Wu / Courtney Chiu / B Tracy Nixon / Elizabeth A Campbell / Seth A Darst / 要旨: Bacterial transcription initiation requires σ factors for nucleation of the transcription bubble. The canonical housekeeping σ factor, σ, nucleates DNA melting via recognition of conserved bases ...Bacterial transcription initiation requires σ factors for nucleation of the transcription bubble. The canonical housekeeping σ factor, σ, nucleates DNA melting via recognition of conserved bases of the promoter -10 motif, which are unstacked and captured in pockets of σ. By contrast, the mechanism of transcription bubble nucleation and formation during the unrelated σ-mediated transcription initiation is poorly understood. Herein, we combine structural and biochemical approaches to establish that σ, like σ, captures a flipped, unstacked base in a pocket formed between its N-terminal region I (RI) and extra-long helix features. Strikingly, RI inserts into the nascent bubble to stabilize the nucleated bubble prior to engagement of the obligate ATPase activator. Our data suggest a general paradigm of transcription initiation that requires σ factors to nucleate an early melted intermediate prior to productive RNA synthesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28790.map.gz | 65.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28790-v30.xml emd-28790.xml | 22.1 KB 22.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28790_fsc.xml | 11.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28790.png | 70 KB | ||
マスクデータ | emd_28790_msk_1.map emd_28790_msk_2.map | 129.7 MB 129.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-28790.cif.gz | 4.7 KB | ||
その他 | emd_28790_additional_1.map.gz emd_28790_additional_2.map.gz emd_28790_additional_3.map.gz emd_28790_half_map_1.map.gz emd_28790_half_map_2.map.gz | 122.5 MB 1.7 MB 1.8 MB 120.5 MB 120.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28790 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28790 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28790_validation.pdf.gz | 892.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28790_full_validation.pdf.gz | 892 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28790_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28790_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28790 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28790 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28790.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Raw map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28790_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_28790_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: B-factor sharpened map (-108.2)
ファイル | emd_28790_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | B-factor sharpened map (-108.2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Locally filtered map (blocfilt)
ファイル | emd_28790_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Locally filtered map (blocfilt) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local resolution map (blocres)
ファイル | emd_28790_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Local resolution map (blocres) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_28790_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_28790_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : EsN-dhsU36duplex
全体 | 名称: EsN-dhsU36duplex |
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要素 |
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-超分子 #1: EsN-dhsU36duplex
超分子 | 名称: EsN-dhsU36duplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: RNA polymerase complex
超分子 | 名称: RNA polymerase complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: DNA
超分子 | 名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) / Synthetically produced: Yes |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Octyl beta-D-glucopyranoside (beta-OG) was added to the sample to 0.1%w/v final concentration (from 10x stock) just prior to plunge vitrification. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6088 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.32 e/Å2 詳細: dose-fractionation with 0.05 seconds per frame (=40 frames) |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |