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- EMDB-28780: Eilat virus/Eastern equine encephalitis virus chimeric vaccine ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28780
タイトルEilat virus/Eastern equine encephalitis virus chimeric vaccine candidate
マップデータT=4 common-lines map
試料Eilat virus/Eastern equine encephalitis virus chimeric virus != synthetic viruses

Eilat virus/Eastern equine encephalitis virus chimeric virus

  • ウイルス: synthetic viruses (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: EEEV nucleocapsid protein
    • タンパク質・ペプチド: EEEV glycoprotein E1
    • タンパク質・ペプチド: EEEV glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: EEEV glycoprotein E3
キーワードalphavirus / togavirus / Togaviridae / EEEV / encephalitis / virus / virion / arbovirus
生物種Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) / synthetic viruses (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Kaelber JT / Chmielewski D / Chiu W / Auguste AJ
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI153433 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K22AI125474 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institute of Food and Agriculture (NIFA, United States)VA160103 米国
Robert A. Welch FoundationQ1242 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Alphavirus Particles Can Assemble with an Alternate Triangulation Number.
著者: Jason T Kaelber / David Chmielewski / Wah Chiu / Albert J Auguste /
要旨: Alphaviruses are spherical, enveloped RNA viruses primarily transmitted by mosquitoes, and cause significant arthritogenic and neurotropic disease in humans and livestock. Previous reports have shown ...Alphaviruses are spherical, enveloped RNA viruses primarily transmitted by mosquitoes, and cause significant arthritogenic and neurotropic disease in humans and livestock. Previous reports have shown that-in contrast to prototypical icosahedral viruses-alphaviruses incorporate frequent defects, and these may serve important functions in the viral life cycle. We confirm the genus-wide pleomorphism in live viral particles and extend our understanding of alphavirus assembly through the discovery of an alternate architecture of Eastern equine encephalitis virus (EEEV) particles. The alternate = 3 icosahedral architecture differs in triangulation number from the classic = 4 icosahedral organization that typifies alphaviruses, but the alternate architecture maintains the quasi-equivalence relationship of asymmetric units. The fusion spike glycoproteins are more loosely apposed in the = 3 form with corresponding changes in the underlying capsid protein lattice. This alternate architecture could potentially be exploited in engineering alphavirus-based particles for delivery of alphaviral or other RNA.
履歴
登録2022年11月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28780.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈T=4 common-lines map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.284 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.5
最小 - 最大-16.466887 - 21.05331
平均 (標準偏差)0.23730162 (±1.2553841)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-360-360-360
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 924.48004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: T=3 sub-map

ファイルemd_28780_additional_1.map
注釈T=3 sub-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: odd half-map, unmasked unfiltered

ファイルemd_28780_half_map_1.map
注釈odd half-map, unmasked unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: even half-map, unmasked unfiltered

ファイルemd_28780_half_map_2.map
注釈even half-map, unmasked unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Eilat virus/Eastern equine encephalitis virus chimeric virus

全体名称: Eilat virus/Eastern equine encephalitis virus chimeric virus
要素
  • ウイルス: synthetic viruses (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: EEEV nucleocapsid protein
    • タンパク質・ペプチド: EEEV glycoprotein E1
    • タンパク質・ペプチド: EEEV glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: EEEV glycoprotein E3

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超分子 #1: synthetic viruses

超分子名称: synthetic viruses / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Viral genome contains EEEV-FL 93-939 structural proteins and Eilat virus nonstructural proteins. Chimeric virus described in "Novel Insect-Specific Eilat Virus-Based Chimeric Vaccine ...詳細: Viral genome contains EEEV-FL 93-939 structural proteins and Eilat virus nonstructural proteins. Chimeric virus described in "Novel Insect-Specific Eilat Virus-Based Chimeric Vaccine Candidates Provide Durable, Mono- and Multivalent, Single-Dose Protection against Lethal Alphavirus Challenge" by Erasmus et al.
NCBI-ID: 512285 / 生物種: synthetic viruses / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 4

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分子 #1: EEEV nucleocapsid protein

分子名称: EEEV nucleocapsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
株: FL93-939
配列文字列:
CMKLESDKTF PIMLNGQVNG YACVVGGRMF KPLHVEGRID NEQLAAIKLK KASIYDLEYG DVPQCMKSDT LQYTSDKPP GFYNWHHGAV QYENNRFTVP RGVGGKGDSG RPILDNKGRV VAIVLGGVNE GSRTALSVVT W NQKGVTVK DTPEGSEPW

GENBANK: GENBANK: AAF04796.1

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分子 #2: EEEV glycoprotein E1

分子名称: EEEV glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
株: FL93-939
配列文字列: KADDTLQVLN YLWNNNQNFF WMQTLIPLAA LIVSMRMLRC LFCCGPAFLL VCGALGAAAY EHTAVMPNKV GIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCSS KPHPDYQCQV F TGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE ...文字列:
KADDTLQVLN YLWNNNQNFF WMQTLIPLAA LIVSMRMLRC LFCCGPAFLL VCGALGAAAY EHTAVMPNKV GIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCSS KPHPDYQCQV F TGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NG ETPAKIG DAKLIIGPLS SAWSPFDNKV VVYGHEVYNY DFPEYGTGKA GSFGDLQSRT STSNDLYANT NLK LQRPQA GIVHTPFTQA PSGFERWKRD KGAPLNDVAP FGCSIALEPL RAENCAVGSI PISIDIPDAA FTRI SETPT VSDLECKITE CTYASDFGGI ATVAYKSSKA GNCPIHSPSG VAVIKENDVT LAESGSFTFH FSTAN IHPA FKLQVCTSAV TCKGDCKPPK DHIVDYPAQH TDLLTSAISA TAWSWLKVLV GGTSAFIVLG LIATAV VAL VLF

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分子 #3: EEEV glycoprotein E2

分子名称: EEEV glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: DEXTRO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
配列文字列: PYIADCPNCG HSRCDSPIAI EEVRGDAHAG AIRIQTSAMF GLKTDGVDLA YMSFMNGKTQ KSIKIDNLHV RTSAPCSLV SHHGYYILAQ CPPGDTVTVG FHDGPNRHTC TVAHKVEFRP VGREEYRHPP EHGVELPCNR Y THKRADQG HYVEMHQPGL VADHSLLSIH ...文字列:
PYIADCPNCG HSRCDSPIAI EEVRGDAHAG AIRIQTSAMF GLKTDGVDLA YMSFMNGKTQ KSIKIDNLHV RTSAPCSLV SHHGYYILAQ CPPGDTVTVG FHDGPNRHTC TVAHKVEFRP VGREEYRHPP EHGVELPCNR Y THKRADQG HYVEMHQPGL VADHSLLSIH SAKVKITVPS GAQVKYYCKC PDVREGITSS DHTTTCTDVK QC RAYLIDN KKWVYNFGRL LRGEGDTFKG KLHVPFVPVK AKCIATLAPE LLVEHKHRTL ILHLHPDHPT LLT TRSLGS DANPIRQWIE RPTTVNFTVT GEGLEYTWGN HPPKRVWAQE SGEGNPHGWP HEVVVYYYNR YPLT TIIGL CTCVAIIMVS CVTSVWLLCR ARNLCITPYK LAPNAQVPIL LALLCC

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分子 #4: EEEV glycoprotein E3

分子名称: EEEV glycoprotein E3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: DEXTRO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
株: FL93-939
配列文字列:
MCVLANITFP CDQPPCMPCC YEKNPHETLT MLEQNYDSRT YDQLLDAAVK CNARRTRR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
0.1 MNaClsodium chloride
0.001 MC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic acid
0.05 MC4H11NO3tris(hydroxymethyl)aminomethane

詳細: "TEN buffer": 0.05 M Tris-HCl [pH 7.4], 0.1 M NaCl, 0.001 M EDTA
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
温度最低: 86.8 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 2068 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: common lines
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MPSA / 詳細: 5 iterations MPSA / 使用した粒子像数: 23332
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: MPSA
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: MPSA
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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