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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28766 | ||||||||||||
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タイトル | Huntingtin C-HEAT domain in complex with HAP40 | ||||||||||||
マップデータ | Sharpened map used for modelling | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Scaffold protein / HTT / Huntingtin / HAP40 / Huntingtin-associated protein 40 kDa / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle cytoskeletal trafficking / regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / regulation of phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / microtubule-based transport / vocal learning / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of mitophagy / profilin binding ...vesicle cytoskeletal trafficking / regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / regulation of phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / microtubule-based transport / vocal learning / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of mitophagy / profilin binding / vesicle transport along microtubule / positive regulation of cilium assembly / presynaptic cytosol / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / positive regulation of aggrephagy / positive regulation of lipophagy / postsynaptic cytosol / dynein intermediate chain binding / beta-tubulin binding / Golgi organization / establishment of mitotic spindle orientation / dynactin binding / Regulation of MECP2 expression and activity / autophagosome / inclusion body / heat shock protein binding / centriole / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / protein destabilization / cytoplasmic vesicle membrane / kinase binding / p53 binding / late endosome / transmembrane transporter binding / early endosome / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / axon / apoptotic process / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Harding RJ / Deme JC / Alteen MG / Arrowsmith CH / Lea SM | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Expanding the Huntingtons disease research toolbox; validated huntingtin subdomain constructs for biochemical and structural investigation of the huntingtin protein 著者: Alteen MG / Deme JC / Alvarez CP / Loppnau P / Hutchinson A / Seitova A / Chandrasekaran R / Silva Ramos E / Secker C / Alqazzaz M / Wanker EE / Lea SM / Arrowsmith CH / Harding RJ | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28766.map.gz | 85.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28766-v30.xml emd-28766.xml | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28766_fsc.xml | 10.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28766.png | 58.5 KB | ||
マスクデータ | emd_28766_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-28766.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_28766_additional_1.map.gz emd_28766_half_map_1.map.gz emd_28766_half_map_2.map.gz | 79.9 MB 84.3 MB 84.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28766 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28766 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28766_validation.pdf.gz | 837.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28766_full_validation.pdf.gz | 836.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28766_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28766_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28766 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28766 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8sahM M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28766.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map used for modelling | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28766_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Additional Map
ファイル | emd_28766_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Additional Map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_28766_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_28766_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Full-length Huntingtin-HAP40 complex from subdomain fragments
全体 | 名称: Full-length Huntingtin-HAP40 complex from subdomain fragments |
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要素 |
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-超分子 #1: Full-length Huntingtin-HAP40 complex from subdomain fragments
超分子 | 名称: Full-length Huntingtin-HAP40 complex from subdomain fragments タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 390 KDa |
-分子 #1: Huntingtin
分子 | 名称: Huntingtin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVSPDKDWYV HLVKSQCWTR SDSALLEGAE LVNRIPAEDM NAFMMNSEFN LSLLAPCLSL GMSEISGGQK SALFEAAREV TLARVSGTVQ QLPAVHHVFQ PELPAEPAAY WSKLNDLFGD AALYQSLPTL ARALAQYLVV VSKLPSHLHL PPEKEKDIVK FVVATLEALS ...文字列: MVSPDKDWYV HLVKSQCWTR SDSALLEGAE LVNRIPAEDM NAFMMNSEFN LSLLAPCLSL GMSEISGGQK SALFEAAREV TLARVSGTVQ QLPAVHHVFQ PELPAEPAAY WSKLNDLFGD AALYQSLPTL ARALAQYLVV VSKLPSHLHL PPEKEKDIVK FVVATLEALS WHLIHEQIPL SLDLQAGLDC CCLALQLPGL WSVVSSTEFV THACSLIHCV HFILEAVAVQ PGEQLLSPER RTNTPKAISE EEEEVDPNTQ NPKYITAACE MVAEMVESLQ SVLALGHKRN SGVPAFLTPL LRNIIISLAR LPLVNSYTRV PPLVWKLGWS PKPGGDFGTA FPEIPVEFLQ EKEVFKEFIY RINTLGWTSR TQFEETWATL LGVLVTQPLV MEQEESPPEE DTERTQINVL AVQAITSLVL SAMTVPVAGN PAVSCLEQQP RNKPLKALDT RFGRKLSIIR GIVEQEIQAM VSKRENIATH HLYQAWDPVP SLSPATTGAL ISHEKLLLQI NPERELGSMS YKLGQVSIHS VWLGNSITPL REEEWDEEEE EEADAPAPSS PPTSPVNSRK HRAGVDIHSC SQFLLELYSR WILPSSSARR TPAILISEVV RSLLVVSDLF TERNQFELMY VTLTELRRVH PSEDEILAQY LVPATCKAAA VLGMDKAVAE PVSRLLESTL RSSHLPSRVG ALHGILYVLE CDLLDDTAKQ LIPVISDYLL SNLKGIAHCV NIHSQQHVLV MCATAFYLIE NYPLDVGPEF SASIIQMCGV MLSGSEESTP SIIYHCALRG LERLLLSEQL SRLDAESLVK LSVDRVNVHS PHRAMAALGL MLTCMYTGKE KVSPGRTSDP NPAAPDSESV IVAMERVSVL FDRIRKGFPC EARVVARILP QFLDDFFPPQ DIMNKVIGEF LSNQQPYPQF MATVVYKVFQ TLHSTGQSSM VRDWVMLSLS NFTQRAPVAM ATWSLSCFFV SASTSPWVAA ILPHVISRMG KLEQVDVNLF CLVATDFYRH QIEEELDRRA FQSVLEVVAA PGSPYHRLLT CLRNVGGSGD YKDDDDK |
-分子 #2: 40-kDa huntingtin-associated protein
分子 | 名称: 40-kDa huntingtin-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MHHHHHHSSG RENLYFQGMA AAAAGLGGGG AGPGPEAGDF LARYRLVSNK LKKRFLRKPN VAEAGEQFGQ LGRELRAQEC LPYAAWCQLA VARCQQALFH GPGEALALTE AARLFLRQER DARQRLVCPA AYGEPLQAAA SALGAAVRLH LELGQPAAAA ALCLELAAAL ...文字列: MHHHHHHSSG RENLYFQGMA AAAAGLGGGG AGPGPEAGDF LARYRLVSNK LKKRFLRKPN VAEAGEQFGQ LGRELRAQEC LPYAAWCQLA VARCQQALFH GPGEALALTE AARLFLRQER DARQRLVCPA AYGEPLQAAA SALGAAVRLH LELGQPAAAA ALCLELAAAL RDLGQPAAAA GHFQRAAQLQ LPQLPLAALQ ALGEAASCQL LARDYTGALA VFTRMQRLAR EHGSHPVQSL PPPPPPAPQP GPGATPALPA ALLPPNSGSA APSPAALGAF SDVLVRCEVS RVLLLLLLQP PPAKLLPEHA QTLEKYSWEA FDSHGQESSG QLPEELFLLL QSLVMATHEK DTEAIKSLQV EMWPLLTAEQ NHLLHLVLQE TISPSGQGV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |