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万見
- EMDB-2873: Negative stain electron microscopy asymmetric reconstruction of h... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2873
タイトルNegative stain electron microscopy asymmetric reconstruction of human minichromosome maintenance bound to a DNA substrate
マップデータReconstruction of hMCM bound DNA
試料
  • 試料: Recombinant human mini chromosome maintenance complex bound to a DNA substrate
  • タンパク質・ペプチド: human minichromosome maintenance (2-7) complex
キーワードminichromosome maintenance / MCM2-7 / hMCM / DNA helicase / eukaryote
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Hesketh EL / Parker-Manuel RP / Chaban Y / Satti R / Coverley D / Orlova EV / Chong JPJ
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2015
タイトル: DNA induces conformational changes in a recombinant human minichromosome maintenance complex.
著者: Emma L Hesketh / Richard P Parker-Manuel / Yuriy Chaban / Rabab Satti / Dawn Coverley / Elena V Orlova / James P J Chong /
要旨: ATP-dependent DNA unwinding activity has been demonstrated for recombinant archaeal homohexameric minichromosome maintenance (MCM) complexes and their yeast heterohexameric counterparts, but in ...ATP-dependent DNA unwinding activity has been demonstrated for recombinant archaeal homohexameric minichromosome maintenance (MCM) complexes and their yeast heterohexameric counterparts, but in higher eukaryotes such as Drosophila, MCM-associated DNA helicase activity has been observed only in the context of a co-purified Cdc45-MCM-GINS complex. Here, we describe the production of the recombinant human MCM (hMCM) complex in Escherichia coli. This protein displays ATP hydrolysis activity and is capable of unwinding duplex DNA. Using single-particle asymmetric EM reconstruction, we demonstrate that recombinant hMCM forms a hexamer that undergoes a conformational change when bound to DNA. Recombinant hMCM produced without post-translational modifications is functional in vitro and provides an important tool for biochemical reconstitution of the human replicative helicase.
履歴
登録2015年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年2月18日-
マップ公開2015年2月18日-
更新2015年4月15日-
現状2015年4月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.679108764
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.679108764
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

4.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2873.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of hMCM bound DNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.5 Å/pix.
x 200 pix.
= 500. Å		2.5 Å/pix.
x 200 pix.
= 500. Å		2.5 Å/pix.
x 200 pix.
= 500. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 1.6791088
最小 - 最大-0.75365782 - 5.00809717
平均 (標準偏差)0.02831108 (±0.2496849)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-92-92-92
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 500.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.52.52.5
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z500.000500.000500.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-92-92-92
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.7545.0080.028

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant human mini chromosome maintenance complex bound to a ...

全体名称: Recombinant human mini chromosome maintenance complex bound to a DNA substrate
要素
  • 試料: Recombinant human mini chromosome maintenance complex bound to a DNA substrate
  • タンパク質・ペプチド: human minichromosome maintenance (2-7) complex

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超分子 #1000: Recombinant human mini chromosome maintenance complex bound to a ...

超分子名称: Recombinant human mini chromosome maintenance complex bound to a DNA substrate
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heterohexamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 567 KDa

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分子 #1: human minichromosome maintenance (2-7) complex

分子名称: human minichromosome maintenance (2-7) complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: hMCM, MCM2-7 / コピー数: 1 / 集合状態: heterohexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 567 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2 / 組換プラスミド: pET-32, PCDF-2, pRSF-2

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.999 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 25 mM HEPES pH 8, 200 mM sodium glutamate, 1 mM DTT, 0.1 mM AEBSF
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Stained with methylamine tungstate, pH 7
グリッド詳細: Carbon coated grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
日付2012年5月10日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 72
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 67000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細Particles were selected using Boxer
CTF補正詳細: EACH MICROGRAPH
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 使用した粒子像数: 1550
最終 2次元分類クラス数: 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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