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万見
- EMDB-28649: Structure of Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytokine rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28649
タイトルStructure of Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytokine receptor intracellular domain
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Structure of Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytokine receptor intracellular domain
    • タンパク質・ペプチド: Tyrosine-protein kinase
    • タンパク質・ペプチド: Interferon lambda receptor 1
  • リガンド: ADENOSINE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to type III interferon / interleukin-28 receptor complex / Interleukin-20 family signaling / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / interleukin-9-mediated signaling pathway ...response to type III interferon / interleukin-28 receptor complex / Interleukin-20 family signaling / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / interleukin-15-mediated signaling pathway / cytokine receptor activity / growth hormone receptor binding / type I interferon-mediated signaling pathway / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of sprouting angiogenesis / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / endomembrane system / type II interferon-mediated signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / defense response to virus / protein phosphatase binding / cytoskeleton / intracellular signal transduction / response to antibiotic / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / : / Tissue factor / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / : / Tissue factor / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase / Interferon lambda receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Caveney NA / Saxton RA / Waghray D / Garcia KC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37AI51321 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structural basis of Janus kinase trans-activation.
著者: Nathanael A Caveney / Robert A Saxton / Deepa Waghray / Caleb R Glassman / Naotaka Tsutsumi / Stevan R Hubbard / K Christopher Garcia /
要旨: Janus kinases (JAKs) mediate signal transduction downstream of cytokine receptors. Cytokine-dependent dimerization is conveyed across the cell membrane to drive JAK dimerization, trans- ...Janus kinases (JAKs) mediate signal transduction downstream of cytokine receptors. Cytokine-dependent dimerization is conveyed across the cell membrane to drive JAK dimerization, trans-phosphorylation, and activation. Activated JAKs in turn phosphorylate receptor intracellular domains (ICDs), resulting in the recruitment, phosphorylation, and activation of signal transducer and activator of transcription (STAT)-family transcription factors. The structural arrangement of a JAK1 dimer complex with IFNλR1 ICD was recently elucidated while bound by stabilizing nanobodies. While this revealed insights into the dimerization-dependent activation of JAKs and the role of oncogenic mutations in this process, the tyrosine kinase (TK) domains were separated by a distance not compatible with the trans-phosphorylation events between the TK domains. Here, we report the cryoelectron microscopy structure of a mouse JAK1 complex in a putative trans-activation state and expand these insights to other physiologically relevant JAK complexes, providing mechanistic insight into the crucial trans-activation step of JAK signaling and allosteric mechanisms of JAK inhibition.
履歴
登録2022年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月8日-
マップ公開2023年3月8日-
更新2023年3月22日-
現状2023年3月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28649.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28649.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.22 Å/pix.
x 132 pix.
= 292.544 Å		2.22 Å/pix.
x 132 pix.
= 292.544 Å		2.22 Å/pix.
x 132 pix.
= 292.544 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.21624 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.375
最小 - 最大-1.0783267 - 1.5835154
平均 (標準偏差)0.0027169774 (±0.060266905)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ132132132
Spacing132132132
セルA=B=C: 292.54398 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28649_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_28649_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_28649_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytokine rec...

全体名称: Structure of Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytokine receptor intracellular domain
要素
  • 複合体: Structure of Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytokine receptor intracellular domain
    • タンパク質・ペプチド: Tyrosine-protein kinase
    • タンパク質・ペプチド: Interferon lambda receptor 1
  • リガンド: ADENOSINE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Structure of Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytokine rec...

超分子名称: Structure of Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytokine receptor intracellular domain
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Tyrosine-protein kinase

分子名称: Tyrosine-protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 136.026844 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MQYLNIKEDC NAMAFCAKMR SFKKTEVKQV VPEPGVEVTF YLLDREPLRL GSGEYTAEEL CIRAAQECSI SPLCHNLFAL YDESTKLWY APNRIITVDD KTSLRLHYRM RFYFTNWHGT NDNEQSVWRH SPKKQKNGYE KKRVPEATPL LDASSLEYLF A QGQYDLIK ...文字列:
MQYLNIKEDC NAMAFCAKMR SFKKTEVKQV VPEPGVEVTF YLLDREPLRL GSGEYTAEEL CIRAAQECSI SPLCHNLFAL YDESTKLWY APNRIITVDD KTSLRLHYRM RFYFTNWHGT NDNEQSVWRH SPKKQKNGYE KKRVPEATPL LDASSLEYLF A QGQYDLIK CLAPIRDPKT EQDGHDIENE CLGMAVLAIS HYAMMKKMQL PELPKDISYK RYIPETLNKS IRQRNLLTRM RI NNVFKDF LKEFNNKTIC DSSVSTHDLK VKYLATLETL TKHYGAEIFE TSMLLISSEN ELSRCHSNDS GNVLYEVMVT GNL GIQWRQ KPNVVPVEKE KNKLKRKKLE YNKHKKDDER NKLREEWNNF SYFPEITHIV IKESVVSINK QDNKNMELKL SSRE EALSF VSLVDGYFRL TADAHHYLCT DVAPPLIVHN IQNGCHGPIC TEYAINKLRQ EGSEEGMYVL RWSCTDFDNI LMTVT CFEK SEVLGGQKQF KNFQIEVQKG RYSLHGSMDH FPSLRDLMNH LKKQILRTDN ISFVLKRCCQ PKPREISNLL VATKKA QEW QPVYSMSQLS FDRILKKDII QGEHLGRGTR THIYSGTLLD YKDEEGIAEE KKIKVILKVL DPSHRDISLA FFEAASM MR QVSHKHIVYL YGVCFRDVEN IMVEEFVEGG PLDLFMHRKS DALTTPWKFK VAKQLASALS YLEDKDLVHG NVCTKNLL L AREGIDSDIG PFIKLSDPGI PVSVLTRQEC IERIPWIAPE CVEDSKNLSV AADKWSFGTT LWEICYNGEI PLKDKTLIE KERFYESRCR PVTPSCKELA DLMTRCMNYD PNQRPFFRAI MRDINKLEEQ NPDIVSEKQP TTEVDPTHFE KRFLKRIRDL GEGHFGKVE LCRYDPEGDN TGEQVAVKSL KPESGGNHIA DLKKEIEILR NLYHENIVKY KGICMEDGGN GIKLIMEFLP S GSLKEYLP KNKNKINLKQ QLKYAIQICK GMDYLGSRQY VHRDLAARNV LVESEHQVKI GDFGLTKAIE TDKEYYTVKD DR DSPVFWY APECLIQCKF YIASDVWSFG VTLHELLTYC DSDFSPMALF LKMIGPTHGQ MTVTRLVNTL KEGKRLPCPP NCP DEVYQL MRKCWEFQPS NRTTFQNLIE GFEALLKGSD RKAAVSHWQH HHHHHHH

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分子 #2: Interferon lambda receptor 1

分子名称: Interferon lambda receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 9.895373 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
GPRMKQLEDK VEELLSKNYH LENEVARLKK LVGERKIMKG NPWFQGVKTP RALDFSEYRY PVATFQPSGP EFSDDLILCP QKELT

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分子 #3: ADENOSINE

分子名称: ADENOSINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ADN
分子量理論値: 267.241 Da
Chemical component information

ChemComp-ADN:
ADENOSINE / アデノシン

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 174962
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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