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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Acheta domesticus segmented densovirus high buoyancy fraction 2 empty capsid structure | ||||||||||||
![]() | Acheta domesticus segmented densovirus high buoyancy fraction 2 empty capsid structure | ||||||||||||
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![]() | parvovirus / densovirus / virus capsid / virion / insect virus / capsid / invertebrate / virus / VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||||||||
機能・相同性 | Capsid protein![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
![]() | Penzes JJ / McKenna R / Tijssen P | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and molecular biology of Acheta domesticus segmented densovirus, the first parvovirus to harbor a bipartite genome 著者: Penzes JJ / Pham HT / Chipman P / Smith E / McKenna R / Tijssen P | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 442.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 240.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 519.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 519.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8eu5MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Acheta domesticus segmented densovirus high buoyancy fraction 2 empty capsid structure | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : unclassified Densovirinae
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: unclassified Densovirinae
超分子 | 名称: unclassified Densovirinae / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 185880 / 生物種: unclassified Densovirinae / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 210.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 36.291906 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EGYGKHITSM HVRNIFNQGN QVIRNIVKQQ RYELLDFTGT EAGTTNLPKI IPYQCIWWRG LQNAANVNQT INNMIALNTI SYGVRFLKA KLCIEVYAVT RKRLIQTGAT SYYTDDFEQG QNLFIGWADR KAESIPITTP ADLDETKLTV ANTTLFDANN D NITKEEVP ...文字列: EGYGKHITSM HVRNIFNQGN QVIRNIVKQQ RYELLDFTGT EAGTTNLPKI IPYQCIWWRG LQNAANVNQT INNMIALNTI SYGVRFLKA KLCIEVYAVT RKRLIQTGAT SYYTDDFEQG QNLFIGWADR KAESIPITTP ADLDETKLTV ANTTLFDANN D NITKEEVP TREKWCHTWD LDVLNHNYLW EPNNLDSQWT LIPGAQAVQP TATPIGPTYQ EIVIATKAIG ANESALVTTI QD RRSYPRL MLSQPQIKDE TDTMKFKYQI RISTELEMEH HIKPDIANPW LTRQTLPLPA LSGDGTTRYV PCVPYETHVS Q UniProtKB: Capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 x / 構成要素 - 名称: Phosphate-buffered saline |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Deceased common house crickets, previously showing signs of paralysis, inability to jump, and inability to control movement |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 4.32 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |