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- EMDB-2858: Cryo-EM structure of yeast 80S ribosome calculated on Amazon's el... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2858
タイトルCryo-EM structure of yeast 80S ribosome calculated on Amazon's elastic cloud computing network
マップデータ80S yeast ribosome reconstructed using Relion from published dataset EMPIAR ID 10002.
試料
  • 試料: 80S yeast ribosome
  • 複合体: 80S ribosome
キーワードRibosome / yeast / Relion / Amazon
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Cianfrocco MA / Leschziner AE
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Low cost, high performance processing of single particle cryo-electron microscopy data in the cloud.
著者: Michael A Cianfrocco / Andres E Leschziner /
要旨: The advent of a new generation of electron microscopes and direct electron detectors has realized the potential of single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as a technique to generate high- ...The advent of a new generation of electron microscopes and direct electron detectors has realized the potential of single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as a technique to generate high-resolution structures. Calculating these structures requires high performance computing clusters, a resource that may be limiting to many likely cryo-EM users. To address this limitation and facilitate the spread of cryo-EM, we developed a publicly available 'off-the-shelf' computing environment on Amazon's elastic cloud computing infrastructure. This environment provides users with single particle cryo-EM software packages and the ability to create computing clusters with 16-480+ CPUs. We tested our computing environment using a publicly available 80S yeast ribosome dataset and estimate that laboratories could determine high-resolution cryo-EM structures for $50 to $1500 per structure within a timeframe comparable to local clusters. Our analysis shows that Amazon's cloud computing environment may offer a viable computing environment for cryo-EM.
履歴
登録2015年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月1日-
マップ公開2016年2月3日-
更新2016年2月3日-
現状2016年2月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.215
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.215
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2858.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2858.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈80S yeast ribosome reconstructed using Relion from published dataset EMPIAR ID 10002.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 240 pix.
= 424.8 Å		1.77 Å/pix.
x 240 pix.
= 424.8 Å		1.77 Å/pix.
x 240 pix.
= 424.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.215 / ムービー #1: 0.215
最小 - 最大-0.43449956 - 0.87536299
平均 (標準偏差)0.00420341 (±0.06088743)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 424.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.771.771.77
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.800424.800424.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.4340.8750.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 80S yeast ribosome

全体名称: 80S yeast ribosome
要素
  • 試料: 80S yeast ribosome
  • 複合体: 80S ribosome

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超分子 #1000: 80S yeast ribosome

超分子名称: 80S yeast ribosome / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Micrographs were downloaded from EMPIAR dataset 10002, associated with the publication Bai et al. eLife (2013)
集合状態: ribosome-eukaryote / Number unique components: 1
分子量実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa

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超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1
詳細: Micrographs were downloaded from EMPAIR database 10002, associated with Bai et al. eLife (2013)
組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Bakers' yeast
分子量実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.45
詳細: 3mM Hepes-KOH, 6.6 mM Tris-acetate pH 7.2, 3 mM NH4Cl, 6.6 mM NH4-acetate, 48 mM K-acetate, 4 mM Mg-acetate, 2.4 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil grids (2/2) with 3 nm thin carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細: Micrographs were downloaded from EMPIAR database 10002, associated with Bai et al. eLife (2013)
手法: Blot 2.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification
詳細Micrographs were downloaded from EMPIAR 10002
日付2012年7月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 200 / 平均電子線量: 16 e/Å2
詳細: Every image is the average of sixteen frames recorded by the direct electron detector
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 79096 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.44 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.191 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were extracted and processed using Relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 32533
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3u5b
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Each PDB model was docked using "Fit in map" in Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3u5c
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Each PDB model was docked using "Fit in map" in Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

3u5d
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Each PDB model was docked using "Fit in map" in Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

3u5e
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Each PDB model was docked using "Fit in map" in Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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