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- EMDB-28575: Structure of the Yeast NuA4 Histone Acetyltransferase Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28575
タイトルStructure of the Yeast NuA4 Histone Acetyltransferase Complex
マップデータ
試料
  • 複合体: NuA4
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Actin
    • タンパク質・ペプチド: Enhancer of polycomb-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF1
    • タンパク質・ペプチド: SWR1-complex protein 4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードHistone Acetyltransferase / NuA4 / Yeast / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / piccolo histone acetyltransferase complex / ascospore wall assembly / vacuole inheritance / actin cortical patch / mitotic actomyosin contractile ring contraction / Swr1 complex / SLIK (SAGA-like) complex ...RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / piccolo histone acetyltransferase complex / ascospore wall assembly / vacuole inheritance / actin cortical patch / mitotic actomyosin contractile ring contraction / Swr1 complex / SLIK (SAGA-like) complex / kinetochore assembly / Ino80 complex / SAGA complex / SWI/SNF complex / establishment of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex / actin filament bundle / positive regulation of macroautophagy / protein secretion / chromosome organization / Ub-specific processing proteases / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / transcription corepressor activity / nucleosome / chromatin organization / histone binding / protein-containing complex assembly / hydrolase activity / chromatin remodeling / cell cycle / DNA repair / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Enhancer of polycomb protein / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / Myb-like domain profile. / domain in helicases and associated with SANT domains ...SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Enhancer of polycomb protein / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / Myb-like domain profile. / domain in helicases and associated with SANT domains / Myb-like DNA-binding domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Homeobox-like domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-associated protein 1 / Enhancer of polycomb-like protein 1 / SWR1-complex protein 4 / Actin / Actin-related protein 4 / Chromatin modification-related protein EAF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Patel AB / Zukin SA / Nogales E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM127018 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structure and flexibility of the yeast NuA4 histone acetyltransferase complex.
著者: Stefan A Zukin / Matthew R Marunde / Irina K Popova / Katarzyna M Soczek / Eva Nogales / Avinash B Patel /
要旨: The NuA4 protein complex acetylates histones H4 and H2A to activate both transcription and DNA repair. We report the 3.1-Å resolution cryo-electron microscopy structure of the central hub of NuA4, ...The NuA4 protein complex acetylates histones H4 and H2A to activate both transcription and DNA repair. We report the 3.1-Å resolution cryo-electron microscopy structure of the central hub of NuA4, which flexibly tethers the histone acetyltransferase (HAT) and Trimer Independent of NuA4 involved in Transcription Interactions with Nucleosomes (TINTIN) modules. The hub contains the large Tra1 subunit and a core that includes Swc4, Arp4, Act1, Eaf1, and the C-terminal region of Epl1. Eaf1 stands out as the primary scaffolding factor that interacts with the Tra1, Swc4, and Epl1 subunits and contributes the conserved HSA helix to the Arp module. Using nucleosome-binding assays, we find that the HAT module, which is anchored to the core through Epl1, recognizes H3K4me3 nucleosomes with hyperacetylated H3 tails, while the TINTIN module, anchored to the core via Eaf1, recognizes nucleosomes that have hyperacetylated H2A and H4 tails. Together with the known interaction of Tra1 with site-specific transcription factors, our data suggest a model in which Tra1 recruits NuA4 to specific genomic sites then allowing the flexible HAT and TINTIN modules to select nearby nucleosomes for acetylation.
履歴
登録2022年10月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28575.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3404 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.12369774 - 0.27815
平均 (標準偏差)0.00027007714 (±0.004088094)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 428.92798 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28575_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28575_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28575_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NuA4

全体名称: NuA4
要素
  • 複合体: NuA4
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Actin
    • タンパク質・ペプチド: Enhancer of polycomb-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF1
    • タンパク質・ペプチド: SWR1-complex protein 4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: NuA4

超分子名称: NuA4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 1.3 MDa

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分子 #1: Transcription-associated protein 1

分子名称: Transcription-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 433.677281 KDa
配列文字列: MSLTEQIEQF ASRFRDDDAT LQSRYSTLSE LYDIMELLNS PEDYHFFLQA VIPLLLNQLK EVPISYDAHS PEQKLRNSML DIFNRCLMN QTFQPYAMEV LEFLLSVLPK ENEENGILCM KVLTTLFKSF KSILQDKLDS FIRIIIQIYK NTPNLINQTF Y EAGKAEQG ...文字列:
MSLTEQIEQF ASRFRDDDAT LQSRYSTLSE LYDIMELLNS PEDYHFFLQA VIPLLLNQLK EVPISYDAHS PEQKLRNSML DIFNRCLMN QTFQPYAMEV LEFLLSVLPK ENEENGILCM KVLTTLFKSF KSILQDKLDS FIRIIIQIYK NTPNLINQTF Y EAGKAEQG DLDSPKEPQA DELLDEFSKN DEEKDFPSKQ SSTEPRFENS TSSNGLRSSM FSFKILSECP ITMVTLYSSY KQ LTSTSLP EFTPLIMNLL NIQIKQQQEA REQAESRGEH FTSISTEIIN RPAYCDFILA QIKATSFLAY VFIRGYAPEF LQD YVNFVP DLIIRLLQDC PSELSSARKE LLHATRHILS TNYKKLFLPK LDYLFDERIL IGNGFTMHET LRPLAYSTVA DFIH NIRSE LQLSEIEKTI KIYTGYLLDE SLALTVQIMS AKLLLNLVER ILKLGKENPQ EAPRAKKLLM IIIDSYMNRF KTLNR QYDT IMKYYGRYET HKKEKAEKLK NSIQDNDKES EEFMRKVLEP SDDDHLMPQP KKEDINDSPD VEMTESDKVV KNDVEM FDI KNYAPILLLP TPTNDPIKDA FYLYRTLMSF LKTIIHDLKV FNPPPNEYTV ANPKLWASVS RVFSYEEVIV FKDLFHE CI IGLKFFKDHN EKLSPETTKK HFDISMPSLP VSATKDAREL MDYLAFMFMQ MDNATFNEII EQELPFVYER MLEDSGLL H VAQSFLTSEI TSPNFAGILL RFLKGKLKDL GNVDFNTSNV LIRLFKLSFM SVNLFPNINE VVLLPHLNDL ILNSLKYST TAEEPLVYFY LIRTLFRSIG GGRFENLYRS IKPILQVLLQ SLNQMILTAR LPHERELYVE LCITVPVRLS VLAPYLPFLM KPLVFALQQ YPDLVSQGLR TLELCIDNLT AEYFDPIIEP VIDDVSKALF NLLQPQPFNH AISHNVVRIL GKLGGRNRQF L KPPTDLTE KTELDIDAIA DFKINGMPED VPLSVTPGIQ SALNILQSYK SDIHYRKSAY KYLTCVLLLM TKSSAEFPTN YT ELLKTAV NSIKLERIGI EKNFDLEPTV NKRDYSNQEN LFLRLLESVF YATSIKELKD DAMDLLNNLL DHFCLLQVNT TLL NKRNYN GTFNIDLKNP NFMLDSSLIL DAIPFALSYY IPEVREVGVL AYKRIYEKSC LIYGEELALS HSFIPELAKQ FIHL CYDET YYNKRGGVLG IKVLIDNVKS SSVFLKKYQY NLANGLLFVL KDTQSEAPSA ITDSAEKLLI DLLSITFADV KEEDL GNKV LENTLTDIVC ELSNANPKVR NACQKSLHTI SNLTGIPIVK LMDHSKQFLL SPIFAKPLRA LPFTMQIGNV DAITFC LSL PNTFLTFNEE LFRLLQESIV LADAEDESLS TNIQKTTEYS TSEQLVQLRI ACIKLLAIAL KNEEFATAQQ GNIRIRI LA VFFKTMLKTS PEIINTTYEA LKGSLAENSK LPKELLQNGL KPLLMNLSDH QKLTVPGLDA LSKLLELLIA YFKVEIGR K LLDHLTAWCR VEVLDTLFGQ DLAEQMPTKI IVSIINIFHL LPPQADMFLN DLLLKVMLLE RKLRLQLDSP FRTPLARYL NRFHNPVTEY FKKNMTLRQL VLFMCNIVQR PEAKELAEDF EKELDNFYDF YISNIPKNQV RVVSFFTNMV DLFNTMVITN GDEWLKKKG NMILKLKDML NLTLKTIKEN SFYIDHLQLN QSIAKFQALY LRFTELSERD QNPLLLDFID FSFSNGIKAS Y SLKKFIFH NIIASSNKEK QNNFINDATL FVLSDKCLDA RIFVLKNVIN STLIYEVATS GSLKSYLVED KKPKWLELLH NK IWKNSNA ILAYDVLDHH DLFRFELLQL SAIFIKADPE IIAEIKKDII KFCWNFIKLE DTLIKQSAYL VTSYFISKFD FPI KVVTQV FVALLRSSHV EARYLVKQSL DVLTPVLHER MNAAGTPDTW INWVKRVMVE NSSSQNNILY QFLISHPDLF FNSR DLFIS NIIHHMNKIT FMSNSNSDSH TLAIDLASLI LYWENKTLEI TNVNNTKTDS DGDVVMSDSK SDINPVEADT TAIIV DANN NSPISLHLRE ACTAFLIRYV CASNHRAIET ELGLRAINIL SELISDKHWT NVNVKLVYFE KFLIFQDLDS ENILYY CMN ALDVLYVFFK NKTKEWIMEN LPTIQNLLEK CIKSDHHDVQ EALQKVLQVI MKAIKAQGVS VIIEEESPGK TFIQMLT SV ITQDLQETSS VTAGVTLAWV LFMNFPDNIV PLLTPLMKTF SKLCKDHLSI SQPKDAMALE EARITTKLLE KVLYILSL K VSLLGDSRRP FLSTVALLID HSMDQNFLRK IVNMSRSWIF NTEIFPTVKE KAAILTKMLA FEIRGEPSLS KLFYEIVLK LFDQEHFNNT EITVRMEQPF LVGTRVEDIG IRKRFMTILD NSLERDIKER LYYVIRDQNW EFIADYPWLN QALQLLYGSF NREKELSLK NIYCLSPPSI LQEYLPENAE MVTEVNDLEL SNFVKGHIAS MQGLCRIISS DFIDSLIEIF YQDPKAIHRA W VTLFPQVY KSIPKNEKYG FVRSIITLLS KPYHTRQISS RTNVINMLLD SISKIESLEL PPHLVKYLAI SYNAWYQSIN IL ESIQSNT SIDNTKIIEA NEDALLELYV NLQEEDMFYG LWRRRAKYTE TNIGLSYEQI GLWDKAQQLY EVAQVKARSG ALP YSQSEY ALWEDNWIQC AEKLQHWDVL TELAKHEGFT DLLLECGWRV ADWNSDRDAL EQSVKSVMDV PTPRRQMFKT FLAL QNFAE SRKGDQEVRK LCDEGIQLSL IKWVSLPIRY TPAHKWLLHG FQQYMEFLEA TQIYANLHTT TVQNLDSKAQ EIKRI LQAW RDRLPNTWDD VNMWNDLVTW RQHAFQVINN AYLPLIPALQ QSNSNSNINT HAYRGYHEIA WVINRFAHVA RKHNMP DVC ISQLARIYTL PNIEIQEAFL KLREQAKCHY QNMNELTTGL DVISNTNLVY FGTVQKAEFF TLKGMFLSKL RAYEEAN QA FATAVQIDLN LAKAWAQWGF FNDRRLSEEP NNISFASNAI SCYLQAAGLY KNSKIRELLC RILWLISIDD ASGMLTNA F DSFRGEIPVW YWITFIPQLL TSLSHKEANM VRHILIRIAK SYPQALHFQL RTTKEDFAVI QRQTMAVMGD KPDTNDRNG RRQPWEYLQE LNNILKTAYP LLALSLESLV AQINDRFKST TDEDLFRLIN VLLIDGTLNY NRLPFPRKNP KLPENTEKNL VKFSTTLLA PYIRPKFNAD FIDNKPDYET YIKRLRYWRR RLENKLDRAS KKENLEVLCP HLSNFHHQKF EDIEIPGQYL L NKDNNVHF IKIARFLPTV DFVRGTHSSY RRLMIRGHDG SVHSFAVQYP AVRHSRREER MFQLYRLFNK SLSKNVETRR RS IQFNLPI AIPLSPQVRI MNDSVSFTTL HEIHNEFCKK KGFDPDDIQD FMADKLNAAH DDALPAPDMT ILKVEIFNSI QTM FVPSNV LKDHFTSLFT QFEDFWLFRK QFASQYSSFV FMSYMMMINN RTPHKIHVDK TSGNVFTLEM LPSRFPYERV KPLL KNHDL SLPPDSPIFH NNEPVPFRLT PNIQSLIGDS ALEGIFAVNL FTISRALIEP DNELNTYLAL FIRDEIISWF SNLHR PIIE NPQLREMVQT NVDLIIRKVA QLGHLNSTPT VTTQFILDCI GSAVSPRNLA RTDVNFMPWF

UniProtKB: Transcription-associated protein 1

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分子 #2: Actin-related protein 4

分子名称: Actin-related protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 54.894684 KDa
配列文字列: MSNAALQVYG GDEVSAVVID PGSYTTNIGY SGSDFPQSIL PSVYGKYTAD EGNKKIFSEQ SIGIPRKDYE LKPIIENGLV IDWDTAQEQ WQWALQNELY LNSNSGIPAL LTEPVWNSTE NRKKSLEVLL EGMQFEACYL APTSTCVSFA AGRPNCLVVD I GHDTCSVS ...文字列:
MSNAALQVYG GDEVSAVVID PGSYTTNIGY SGSDFPQSIL PSVYGKYTAD EGNKKIFSEQ SIGIPRKDYE LKPIIENGLV IDWDTAQEQ WQWALQNELY LNSNSGIPAL LTEPVWNSTE NRKKSLEVLL EGMQFEACYL APTSTCVSFA AGRPNCLVVD I GHDTCSVS PIVDGMTLSK STRRNFIAGK FINHLIKKAL EPKEIIPLFA IKQRKPEFIK KTFDYEVDKS LYDYANNRGF FQ ECKETLC HICPTKTLEE TKTELSSTAK RSIESPWNEE IVFDNETRYG FAEELFLPKE DDIPANWPRS NSGVVKTWRN DYV PLKRTK PSGVNKSDKK VTPTEEKEQE AVSKSTSPAA NSADTPNETG KRPLEEEKPP KENNELIGLA DLVYSSIMSS DVDL RATLA HNVVLTGGTS SIPGLSDRLM TELNKILPSL KFRILTTGHT IERQYQSWLG GSILTSLGTF HQLWVGKKEY EEVGV ERLL NDRFR

UniProtKB: Actin-related protein 4

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分子 #3: Actin

分子名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 41.735547 KDa
配列文字列: MDSEVAALVI DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGIMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLRYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP MNPKSNREKM TQIMFETFNV PAFYVSIQAV LSLYSSGRTT GIVLDSGDGV T HVVPIYAG ...文字列:
MDSEVAALVI DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGIMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLRYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP MNPKSNREKM TQIMFETFNV PAFYVSIQAV LSLYSSGRTT GIVLDSGDGV T HVVPIYAG FSLPHAILRI DLAGRDLTDY LMKILSERGY SFSTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFEQEMQ TAAQSSSIEK SY ELPDGQV ITIGNERFRA PEALFHPSVL GLESAGIDQT TYNSIMKCDV DVRKELYGNI VMSGGTTMFP GIAERMQKEI TAL APSSMK VKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLTTFQQMW ISKQEYDESG PSIVHHKCF

UniProtKB: Actin

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分子 #4: Enhancer of polycomb-like protein 1

分子名称: Enhancer of polycomb-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 96.889867 KDa
配列文字列: MPTPSNAIEI NDGSHKSGRS TRRSGSRSAH DDGLDSFSKG DSGAGASAGS SNSRFRHRKI SVKQHLKIYL PNDLKHLDKD ELQQREVVE IETGVEKNEE KEVHLHRILQ MGSGHTKHKD YIPTPDASMT WNEYDKFYTG SFQETTSYIK FSATVEDCCG T NYNMDERD ...文字列:
MPTPSNAIEI NDGSHKSGRS TRRSGSRSAH DDGLDSFSKG DSGAGASAGS SNSRFRHRKI SVKQHLKIYL PNDLKHLDKD ELQQREVVE IETGVEKNEE KEVHLHRILQ MGSGHTKHKD YIPTPDASMT WNEYDKFYTG SFQETTSYIK FSATVEDCCG T NYNMDERD ETFLNEQVNK GSSDILTEDE FEILCSSFEH AIHERQPFLS MDPESILSFE ELKPTLIKSD MADFNLRNQL NH EINSHKT HFITQFDPVS QMNTRPLIQL IEKFGSKIYD YWRERKIEVN GYEIFPQLKF ERPGEKEEID PYVCFRRREV RHP RKTRRI DILNSQRLRA LHQELKNAKD LALLVAKREN VSLNWINDEL KIFDQRVKIK NLKRSLNISG EDDDLINHKR KRPT IVTVE QREAELRKAE LKRAAAAAAA AKAKNNKRNN QLEDKSSRLT KQQQQQLLQQ QQQQQQNALK TENGKQLANA SSSST SQPI TSHVYVKLPS SKIPDIVLED VDALLNSKEK NARKFVQEKM EKRKIEDADV FFNLTDDPFN PVFDMSLPKN FSTSNV PFA SIASSKFQID RSFYSSHLPE YLKGISDDIR IYDSNGRSRN KDNYNLDTKR IKKTELYDPF QENLEIHSRE YPIKFRK RV GRSNIKYVDR MPNFTTSSTK SACSLMDFVD FDSIEKEQYS REGSNDTDSI NVYDSKYDEF VRLYDKWKYD SPQNEYGI K FSDEPARLNQ ISNDTQVIRF GTMLGTKSYE QLREATIKYR RDYITRLKQK HIQHLQQQQQ QQQQQQQQAQ QQKQKSQNN NSNSSNSLKK LNDSLINSEA KQNSSITQKN SS

UniProtKB: Enhancer of polycomb-like protein 1

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分子 #5: Chromatin modification-related protein EAF1

分子名称: Chromatin modification-related protein EAF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 112.667008 KDa
配列文字列: MSSRPSSAVP NSASLSEDQS SDRSKFPKAD DLIDERDRKL TELYCVSRLN QLLELTDENK LRKEIDAFLK KNDIRRGIRF DEASLPKLL HTAATPITKK KLKDVNLINV PNQRLSDSKM SRELPENSEN VSVKSESHFV PSHDNSIREN MMDSLRPAEK T GGMWNKRP ...文字列:
MSSRPSSAVP NSASLSEDQS SDRSKFPKAD DLIDERDRKL TELYCVSRLN QLLELTDENK LRKEIDAFLK KNDIRRGIRF DEASLPKLL HTAATPITKK KLKDVNLINV PNQRLSDSKM SRELPENSEN VSVKSESHFV PSHDNSIREN MMDSLRPAEK T GGMWNKRP LESTMGGEEE RHEKRQKMQS QSLESSNNSE MASLPISPRP PVPNALAHYT YYENIEYPPA DPTEVQPAVK FK DPLIKNI MAKEIDTSDH YNENNVDALE TVFLLMNDYI PSKIPQALPL AELKYMSQTL PLINLIPRAH KALTTNIINN ALN EARITV VGSRIEELRR LGLWSLRQPK RFIDPWKQHN THQNILLEEA KWMQADFKEG HKYKVAICTA MAQAIKDYWT YGEI CCVKR KTLLPGKENK LSDDGRISEK SGRPSDTSRN DSDISIAGKD DIGIIANVDD ITEKESAAAN DNDENGKNEA GAKSD FDFA DGLLSQEGAH DQIISSIDTK LLLKKPSSSS EVVLIQHEVA ASSALIETEE SKKELAPPFK LSIFVDELNT FEKTLI QDL PLYNGINEER PKKDDSLPFI PISKSVVSLD DNGFYKLLER QLIDEEPSIS QLSKRRGMFY GNRRNHYLRP PAVPSLR YL QNRTPTIWLS EDDQELVKNI NTYGYNWELI SAHMTHRLTY SYLSNIERRT PWQCFERFVQ LNERFNFSDL KGPRAHSA Q QWLIEAHKFQ QRQNRRISPL GVNTESIQRG HRRLRWASMF EAIRKCMKKR ENTPRPNPTQ PRKPLDCKNM KVPTPAEMS LLKAQRDEAL RRDIQLRRTV KNRLQQRQQQ SQQAHSSRAQ SPIPSNGKSS SNLARNGQAS APRPNQKQYT EQDIIESYSR KLLEQKPDI GPEMALKAAK NYYRTLREQQ QQLKQHQIQQ QRQQLQEESS HVQQLQQLQP GSQAPPPKSS PSQSSLSNIS N INSAPRIK SPTPQEILQR FQKQ

UniProtKB: Chromatin modification-related protein EAF1

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分子 #6: SWR1-complex protein 4

分子名称: SWR1-complex protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 55.297684 KDa
配列文字列: MSSSDIFDVL NIKQKSRSPT NGQVSVPSSS AANRPKPQVT GMQRELFNLL GENQPPVVIK SGNNFKEKML STSKPSPWSF VEFKANNSV TLRHWVKGSK ELIGDTPKES PYSKFNQHLS IPSFTKEEYE AFMNENEGTQ KSVESEKNHN ENFTNEKKDE S KNSWSFEE ...文字列:
MSSSDIFDVL NIKQKSRSPT NGQVSVPSSS AANRPKPQVT GMQRELFNLL GENQPPVVIK SGNNFKEKML STSKPSPWSF VEFKANNSV TLRHWVKGSK ELIGDTPKES PYSKFNQHLS IPSFTKEEYE AFMNENEGTQ KSVESEKNHN ENFTNEKKDE S KNSWSFEE IEYLFNLCKK YDLRWFLIFD RYSYNNSRTL EDLKEKFYYT CRNYFKASDP SNPLLSSLNF SAEKEIERKK YL QRLLSRS AAEIAEEEAL VVESKKFEMA AKRTLAERES LLRLLDSPHS DQTITQYLTS QGMSQLYNAL LADKTRKRKH DLN IPENPW MKQQQQFAQH RQLQQLNVKK SEVKENLSPK KTKRQRQEMQ TALKRKSESA YAEQLLKDFN SDERKALGVI THGE KLSPG VYLRSTKLST FKPALQNKIL AILQELSLPS RPVMPSFDVM ERQEELLKKI NTLIDLKKHV DKYEAGMSIT K

UniProtKB: SWR1-complex protein 4

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分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 635860
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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