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- EMDB-28543: BG505 UFO trimer map reconstructed from BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28543
タイトルBG505 UFO trimer map reconstructed from BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7P nanoparticle by localized reconstruction
マップデータBG505 UFO trimer map reconstructed from BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7P nanoparticle by localized reconstruction - Main Map
試料
  • 複合体: BG505 UFO map obtained by localized reconstruction
    • タンパク質・ペプチド: BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7P - Antigenic portion
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.4 Å
データ登録者Antanasijevic A / Zhang YN / Zhu J / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
International AIDS Vaccine InitiativeOPP1196345 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Single-component multilayered self-assembling protein nanoparticles presenting glycan-trimmed uncleaved prefusion optimized envelope trimmers as HIV-1 vaccine candidates.
著者: Yi-Nan Zhang / Jennifer Paynter / Aleksandar Antanasijevic / Joel D Allen / Mor Eldad / Yi-Zong Lee / Jeffrey Copps / Maddy L Newby / Linling He / Deborah Chavez / Pat Frost / Anna Goodroe / ...著者: Yi-Nan Zhang / Jennifer Paynter / Aleksandar Antanasijevic / Joel D Allen / Mor Eldad / Yi-Zong Lee / Jeffrey Copps / Maddy L Newby / Linling He / Deborah Chavez / Pat Frost / Anna Goodroe / John Dutton / Robert Lanford / Christopher Chen / Ian A Wilson / Max Crispin / Andrew B Ward / Jiang Zhu /
要旨: Uncleaved prefusion-optimized (UFO) design can stabilize diverse HIV-1 envelope glycoproteins (Envs). Single-component, self-assembling protein nanoparticles (1c-SApNP) can display 8 or 20 native- ...Uncleaved prefusion-optimized (UFO) design can stabilize diverse HIV-1 envelope glycoproteins (Envs). Single-component, self-assembling protein nanoparticles (1c-SApNP) can display 8 or 20 native-like Env trimers as vaccine candidates. We characterize the biophysical, structural, and antigenic properties of 1c-SApNPs that present the BG505 UFO trimer with wildtype and modified glycans. For 1c-SApNPs, glycan trimming improves recognition of the CD4 binding site without affecting broadly neutralizing antibodies (bNAbs) to major glycan epitopes. In mice, rabbits, and nonhuman primates, glycan trimming increases the frequency of vaccine responders (FVR) and steers antibody responses away from immunodominant glycan holes and glycan patches. The mechanism of vaccine-induced immunity is examined in mice. Compared with the UFO trimer, the multilayered E2p and I3-01v9 1c-SApNPs show 420 times longer retention in lymph node follicles, 20-32 times greater presentation on follicular dendritic cell dendrites, and up-to-4 times stronger germinal center reactions. These findings can inform future HIV-1 vaccine development.
履歴
登録2022年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2023年4月19日-
現状2023年4月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28543.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28543.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BG505 UFO trimer map reconstructed from BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7P nanoparticle by localized reconstruction - Main Map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.008241454 - 0.03156084
平均 (標準偏差)0.0007176145 (±0.004010612)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 207.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: BG505 UFO trimer map reconstructed from BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7P...

ファイルemd_28543_half_map_1.map
注釈BG505 UFO trimer map reconstructed from BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7P nanoparticle by localized reconstruction - Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: BG505 UFO trimer map reconstructed from BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7P...

ファイルemd_28543_half_map_2.map
注釈BG505 UFO trimer map reconstructed from BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7P nanoparticle by localized reconstruction - Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BG505 UFO map obtained by localized reconstruction

全体名称: BG505 UFO map obtained by localized reconstruction
要素
  • 複合体: BG505 UFO map obtained by localized reconstruction
    • タンパク質・ペプチド: BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7P - Antigenic portion

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超分子 #1: BG505 UFO map obtained by localized reconstruction

超分子名称: BG505 UFO map obtained by localized reconstruction / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The map was generated by localized reconstruction of the BG505 UFO part of the BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7P nanoparticle dataset
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7P - Antigenic portion

分子名称: BG505 UFO-10GS-I3-01v9-L7P - Antigenic portion / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARSRAEN LWVTVYYGVP VWKDAETTLF CASDAKAYDT EKHNVWATHA CVPTDPNPQE IHLENVTEEF NMWKNNMVEQ MHTDIISLWD QSLKPCVKLT PLCVTLQCTN VTNNITDDMR GELKNCSFNM TTELRDKKQK ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARSRAEN LWVTVYYGVP VWKDAETTLF CASDAKAYDT EKHNVWATHA CVPTDPNPQE IHLENVTEEF NMWKNNMVEQ MHTDIISLWD QSLKPCVKLT PLCVTLQCTN VTNNITDDMR GELKNCSFNM TTELRDKKQK VYSLFYRLDV VQINENQGNR SNNSNKEYRL INCNTSAITQ ACPKVSFEPI PIHYCAPAGF AILKCKDKKF NGTGPCPSVS TVQCTHGIKP VVSTQLLLNG SLAEEEVMIR SENITNNAKN ILVQFNTPVQ INCTRPNNNT RKSIRIGPGQ AFYATGDIIG DIRQAHCNVS KATWNETLGK VVKQLRKHFG NNTIIRFANS SGGDLEVTTH SFNCGGEFFY CNTSGLFNST WISNTSVQGS NSTGSNDSIT LPCRIKQIIN MWQRIGQAMY APPIQGVIRC VSNITGLILT RDGGSTNSTT ETFRPGGGDM RDNWRSELYK YKVVKIEPLG VAPTRCKRRV VGGGGGSGGG GSAVGIGAVF LGFLGAAGST MGAASMTLTV QARNLLSGNP DWLPDMTVWG IKQLQARVLA VERYLRDQQL LGIWGCSGKL ICCTNVPWNS SWSNRNLSEI WDNMTWLQWD KEISNYTQII YGLLEESQNQ QEKNEQDLLA LDASGGGGSG GGGSMKMEEL FKKHKIVAVL RANSVEEAKM KALAVFVGGV HLIEITFTVP DADTVIKELS FLKELGAIIG AGTVTSVEQC RKAVESGAEF IVSPHLDEEI SQFCKEKGVF YMPGVMTPTE LVKAMKLGHT ILKLFPGEVV GPQFVKAMKG PFPNVKFVPT GGVNLDNVCE WFKAGVLAVG VGSALVKGTI AEVAAKAAAF VEKIRGCTEG GGGSSPAVDI GDRLDELEKA LEALSAEDGH DDVGQRLESL LRRWNSRRAD GSAKFVAAWT LKAAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
150.0 mMSodium chlorideNaCl

詳細: TBS buffer prepared from a 10X stock
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time varied between 3 and 7 seconds..
詳細The nanoparticle was expressed in ExpiCHO cells and purified using a combination of immuno-affinity chromatography and SEC.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1200 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 50.4 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Frames were aligned using MotionCorr and GCTF was applied for estimation of CTF parameters.
粒子像選択選択した数: 96120 / 詳細: Scipion, symmetry expansion
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Map obtained from Ab initio reconstruction in cryoSPARC with application of symmetry
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 3723
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4zk7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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