[日本語] English
万見
- EMDB-28534: Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI, DNA bound -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28534
タイトルType IIS Restriction Endonuclease PaqCI, DNA bound
マップデータ
試料
  • 複合体: Homotetramer PaqCI with associated DNA duplexes
    • タンパク質・ペプチド: Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI
    • DNA: DNA 4a
    • DNA: DNA 4b
    • DNA: DNA 2a
    • DNA: DNA 2b
    • DNA: DNA 3a
    • DNA: DNA 3b
    • DNA: DNA 1a
    • DNA: DNA 1b
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードhomotetramer / restriction endonuclease / DNA binding / DNA cleavage / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Paucibacter aquatile (バクテリア) / DNA molecule (その他)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Kennedy MA / Stoddard BL
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1762114 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM105691 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structures, activity and mechanism of the Type IIS restriction endonuclease PaqCI.
著者: Madison A Kennedy / Christopher J Hosford / Caleigh M Azumaya / Yvette A Luyten / Minyong Chen / Richard D Morgan / Barry L Stoddard /
要旨: Type IIS restriction endonucleases contain separate DNA recognition and catalytic domains and cleave their substrates at well-defined distances outside their target sequences. They are employed in ...Type IIS restriction endonucleases contain separate DNA recognition and catalytic domains and cleave their substrates at well-defined distances outside their target sequences. They are employed in biotechnology for a variety of purposes, including the creation of gene-targeting zinc finger and TAL effector nucleases and DNA synthesis applications such as Golden Gate assembly. The most thoroughly studied Type IIS enzyme, FokI, has been shown to require multimerization and engagement with multiple DNA targets for optimal cleavage activity; however, details of how it or similar enzymes forms a DNA-bound reaction complex have not been described at atomic resolution. Here we describe biochemical analyses of DNA cleavage by the Type IIS PaqCI restriction endonuclease and a series of molecular structures in the presence and absence of multiple bound DNA targets. The enzyme displays a similar tetrameric organization of target recognition domains in the absence or presence of bound substrate, with a significant repositioning of endonuclease domains in a trapped DNA-bound complex that is poised to deliver the first of a series of double-strand breaks. PaqCI and FokI share similar structural mechanisms of DNA cleavage, but considerable differences in their domain organization and quaternary architecture, facilitating comparisons between distinct Type IIS enzymes.
履歴
登録2022年10月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月22日-
マップ公開2023年3月22日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_28534.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28534.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.122 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-5.3905516 - 10.124696999999999
平均 (標準偏差)0.0034762975 (±0.20157057)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 336.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_28534_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_28534_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_28534_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Homotetramer PaqCI with associated DNA duplexes

全体名称: Homotetramer PaqCI with associated DNA duplexes
要素
  • 複合体: Homotetramer PaqCI with associated DNA duplexes
    • タンパク質・ペプチド: Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI
    • DNA: DNA 4a
    • DNA: DNA 4b
    • DNA: DNA 2a
    • DNA: DNA 2b
    • DNA: DNA 3a
    • DNA: DNA 3b
    • DNA: DNA 1a
    • DNA: DNA 1b
  • リガンド: CALCIUM ION

+
超分子 #1: Homotetramer PaqCI with associated DNA duplexes

超分子名称: Homotetramer PaqCI with associated DNA duplexes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Paucibacter aquatile (バクテリア)

+
分子 #1: Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI

分子名称: Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paucibacter aquatile (バクテリア)
分子量理論値: 56.329355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPYDHNAEAD FAASEVARML VADPGLCYDA ASLPASISAS ASYEPSAAGW PKADGLVSVL EGGTSTQRAI ALEYKRPQEG IHGLLTAIG QAHGYLHKGY SGAAIVIPGR YSSHPTPAEY VRDVLNAISG SRAIAVFSYS PPDTTSPTPF AGRIQCVRPL V FDAGRVHL ...文字列:
MPYDHNAEAD FAASEVARML VADPGLCYDA ASLPASISAS ASYEPSAAGW PKADGLVSVL EGGTSTQRAI ALEYKRPQEG IHGLLTAIG QAHGYLHKGY SGAAIVIPGR YSSHPTPAEY VRDVLNAISG SRAIAVFSYS PPDTTSPTPF AGRIQCVRPL V FDAGRVHL RPANQGPKTQ WVHMREGSTT RDAFFRFLQV AKRLSADPTA PRPTLRSELV AAIGRLAPGR DPIEYITNTA DN KFLTKVW QFFWLEWLAT PAVLTPWKLE AGVYSAPGAR TRILREDGTD FSQLWEGRVN SLKETIAGML NRGEISEAQG WEA FVGGIS ATGGGQDKQG VRARAHSYRE DIDSALAQLR WIEDDGLPTD QGYRFMTICE RYGGANSRAA IDYMGATLIQ TGRY ASFLH YINRLSERKF AENPLAYTKP GPGGMPVFTE ESYWEYLQDL ETKLTDELRV MRKVSGRARP RVRTTFQVEL TLLRN YGFV SSTRHRLGVG IPIDWEQVVQ ALNVDL

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #2: DNA 4a

分子名称: DNA 4a / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 4.740072 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG) (DG)(DG)(DA)(DA)(DG)

+
分子 #3: DNA 4b

分子名称: DNA 4b / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 4.441875 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT) (DG)(DC)(DG)(DC)(DC)

+
分子 #4: DNA 2a

分子名称: DNA 2a / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 4.746068 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC) (DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)

+
分子 #5: DNA 2b

分子名称: DNA 2b / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 5.053279 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG) (DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)

+
分子 #6: DNA 3a

分子名称: DNA 3a / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 5.670679 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT) (DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)

+
分子 #7: DNA 3b

分子名称: DNA 3b / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 5.363468 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC) (DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)

+
分子 #8: DNA 1a

分子名称: DNA 1a / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 7.163597 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG) (DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG) (DA)(DA)(DG)

+
分子 #9: DNA 1b

分子名称: DNA 1b / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 6.963476 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT) (DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)

+
分子 #10: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
30.0 mMC8H19NO5BIS-TRIS
10.0 mMCaClcalcium chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K
詳細The DNA-bound PaqCI complex was generated by incubating enzyme + DNA at a 1:2 molar ratio.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1897 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 299211
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 166130
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 139.1
得られたモデル

PDB-8epx:
Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI, DNA bound

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る