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万見
- EMDB-2849: E coli cell with plasmid containing the ParMRC locus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2849
タイトルE coli cell with plasmid containing the ParMRC locus
マップデータE coli cell with plasmid containing the ParMRC locus
試料
  • 試料: E coli cell with plasmid containing medium copy number plasmid with ParMRC locus
  • 細胞器官・細胞要素: Escherichia coli cytoskeleton
キーワードbacterial cytoskeleton / plasmid segregation / actin-like protein
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Bharat TAM / Murshudov GN / Sachse C / Lowe J
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structures of actin-like ParM filaments show architecture of plasmid-segregating spindles.
著者: Tanmay A M Bharat / Garib N Murshudov / Carsten Sachse / Jan Löwe /
要旨: Active segregation of Escherichia coli low-copy-number plasmid R1 involves formation of a bipolar spindle made of left-handed double-helical actin-like ParM filaments. ParR links the filaments with ...Active segregation of Escherichia coli low-copy-number plasmid R1 involves formation of a bipolar spindle made of left-handed double-helical actin-like ParM filaments. ParR links the filaments with centromeric parC plasmid DNA, while facilitating the addition of subunits to ParM filaments. Growing ParMRC spindles push sister plasmids to the cell poles. Here, using modern electron cryomicroscopy methods, we investigate the structures and arrangements of ParM filaments in vitro and in cells, revealing at near-atomic resolution how subunits and filaments come together to produce the simplest known mitotic machinery. To understand the mechanism of dynamic instability, we determine structures of ParM filaments in different nucleotide states. The structure of filaments bound to the ATP analogue AMPPNP is determined at 4.3 Å resolution and refined. The ParM filament structure shows strong longitudinal interfaces and weaker lateral interactions. Also using electron cryomicroscopy, we reconstruct ParM doublets forming antiparallel spindles. Finally, with whole-cell electron cryotomography, we show that doublets are abundant in bacterial cells containing low-copy-number plasmids with the ParMRC locus, leading to an asynchronous model of R1 plasmid segregation.
履歴
登録2015年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年2月11日-
マップ公開2015年5月6日-
更新2015年7月1日-
現状2015年7月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-2849.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2849.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 665.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E coli cell with plasmid containing the ParMRC locus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 17.8 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.422
最小 - 最大-15.260960580000001 - 9.1611557
平均 (標準偏差)0.1681698 (±0.30318704)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00455
サイズ959927201
Spacing959927201
セルA: 16500.6 Å / B: 17070.2 Å / C: 3577.7998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z17.817.79999895724717.8
M x/y/z927959201
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z16500.60017070.1993577.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00455
NC/NR/NS927959201
D min/max/mean-15.2619.1610.168

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E coli cell with plasmid containing medium copy number plasmid wi...

全体名称: E coli cell with plasmid containing medium copy number plasmid with ParMRC locus
要素
  • 試料: E coli cell with plasmid containing medium copy number plasmid with ParMRC locus
  • 細胞器官・細胞要素: Escherichia coli cytoskeleton

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超分子 #1000: E coli cell with plasmid containing medium copy number plasmid wi...

超分子名称: E coli cell with plasmid containing medium copy number plasmid with ParMRC locus
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Escherichia coli cytoskeleton

超分子名称: Escherichia coli cytoskeleton / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 詳細: 200 mesh copper / rhodium grid with carbon support / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

グリッド詳細: 200 mesh copper / rhodium grid with carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan Quantum Energy Filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2014年6月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 121 / 平均電子線量: 120 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -8.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Angle increment: 1 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Tilt series was aligned using IMOD and reconstructed using Tomo3D
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, Tomo3D / 使用した粒子像数: 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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