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- EMDB-28350: Cryo-ET 3D reconstruction of an individual di-nucleosome particle... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28350
タイトルCryo-ET 3D reconstruction of an individual di-nucleosome particle in 5 mM NaCl and 20 mM HEPES buffer --- Particle #064
マップデータCryo-ET 3D reconstruction of an individual di-nucleosome particle in 5 mM NaCl and 20 mM HEPES buffer --- Particle #064
試料
  • 複合体: Dinucleosome array
キーワードNucleosome Array / DNA BINDING PROTEIN
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Zhang M / Celis CD / Liu JF / Bustamante C / Ren G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Angle between DNA linker and nucleosome core particle regulates array compaction revealed by individual-particle cryo-electron tomography.
著者: Meng Zhang / César Díaz-Celis / Jianfang Liu / Jinhui Tao / Paul D Ashby / Carlos Bustamante / Gang Ren /
要旨: The conformational dynamics of nucleosome arrays generate a diverse spectrum of microscopic states, posing challenges to their structural determination. Leveraging cryogenic electron tomography (cryo- ...The conformational dynamics of nucleosome arrays generate a diverse spectrum of microscopic states, posing challenges to their structural determination. Leveraging cryogenic electron tomography (cryo-ET), we determine the three-dimensional (3D) structures of individual mononucleosomes and arrays comprising di-, tri-, and tetranucleosomes. By slowing the rate of condensation through a reduction in ionic strength, we probe the intra-array structural transitions that precede inter-array interactions and liquid droplet formation. Under these conditions, the arrays exhibite irregular zig-zag conformations with loose packing. Increasing the ionic strength promoted intra-array compaction, yet we do not observe the previously reported regular 30-nanometer fibers. Interestingly, the presence of H1 do not induce array compaction; instead, one-third of the arrays display nucleosomes invaded by foreign DNA, suggesting an alternative role for H1 in chromatin network construction. We also find that the crucial parameter determining the structure adopted by chromatin arrays is the angle between the entry and exit of the DNA and the corresponding tangents to the nucleosomal disc. Our results provide insights into the initial stages of intra-array compaction, a critical precursor to condensation in the regulation of chromatin organization.
履歴
登録2022年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28350.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28350.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-ET 3D reconstruction of an individual di-nucleosome particle in 5 mM NaCl and 20 mM HEPES buffer --- Particle #064
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.4 Å/pix.
x 200 pix.
= 1480. Å		7.4 Å/pix.
x 200 pix.
= 1480. Å		7.4 Å/pix.
x 200 pix.
= 1480. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.23227593 - 1.1163821
平均 (標準偏差)0.00042569902 (±0.01306763)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 1480.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dinucleosome array

全体名称: Dinucleosome array
要素
  • 複合体: Dinucleosome array

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超分子 #1: Dinucleosome array

超分子名称: Dinucleosome array / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 5 mM NaCl, 20 mM HEPES, 1 mM DTT, 1 mM EDTA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 277 K
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 5.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 35

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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