EMDB-2829: The interaction of an essential DNA helicase with RNA polymerase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-2829

タイトル

The interaction of an essential DNA helicase with RNA polymerase

マップデータ

Reconstruction of RNAP-PcrA complex

試料

試料: RNAP-PcrA complex
タンパク質・ペプチド: RNAP
タンパク質・ペプチド: PcrA

キーワード

Transcription / RNA polymerase / helicase

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å

データ登録者

Harriott K / Yang X / Mervelet P / Buncherd H / Noirot P / de Jong L / Noirot Gros MF / Lewis PJ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The interaction of an essential DNA helicase with RNA polymerase
著者: Harriott K / Yang X / Mervelet P / Buncherd H / Noirot P / de Jong L / Noirot Gros MF / Lewis PJ

履歴

登録	2014年11月28日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2015年1月21日	-
マップ公開	2016年4月13日	-
更新	2016年4月13日	-
現状	2016年4月13日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 1.52 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（半径に従い着色）表面レベル: 1.52 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	EMD-2829.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_2829.map.gz	1.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-2829-v30.xml emd-2829.xml	9 KB 9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	EMD-2829.png	122.4 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2829 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2829	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7447 20628 30740 1577 4s20-1 6vqx-d 6vqv-d 7jzx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_2829.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Reconstruction of RNAP-PcrA complex

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	3.9 Å/pix. x 72 pix. = 280.8 Å	3.9 Å/pix. x 72 pix. = 280.8 Å	3.9 Å/pix. x 72 pix. = 280.8 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 3.9 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 1.52 / ムービー #1: 1.52
最小 - 最大	-2.640136 - 8.35311604
平均 (標準偏差)	-0.02571186 (±1.0)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	-9	-9	-9
サイズ	72	72	72
Spacing	72	72	72

セル

A=B=C: 280.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	3.9	3.9	3.9
M x/y/z	72	72	72
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	280.800	280.800	280.800
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	-100	-100	-100
NX/NY/NZ	200	200	200
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	-9	-9	-9
NC/NR/NS	72	72	72
D min/max/mean	-2.640	8.353	-0.026

-
全体 : RNAP-PcrA complex

全体	名称: RNAP-PcrA complex
要素	試料: RNAP-PcrA complex タンパク質・ペプチド: RNAP タンパク質・ペプチド: PcrA

-
超分子 #1000: RNAP-PcrA complex

超分子	名称: RNAP-PcrA complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: complex was made with in vitro purified proteins / 集合状態: 1 / Number unique components: 2
分子量	実験値: 370 KDa / 理論値: 370 KDa

-
分子 #1: RNAP

分子	名称: RNAP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)	生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量	実験値: 370 KDa / 理論値: 370 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: MCC217 / 組換プラスミド: pSMG69

-
分子 #2: PcrA

分子	名称: PcrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)	生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量	実験値: 370 KDa / 理論値: 370 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: MCC217 / 組換プラスミド: pSMG69

-
構造解析

手法	ネガティブ染色法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

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試料調製

濃度	1 mg/mL
緩衝液	pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 0.1 mM DTT
染色	タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids were stained with 1% uranyl formate for 30 seconds
凍結	凍結剤: NONE / 装置: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TECNAI F30
日付	2008年12月3日
撮影	カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 3.9 µm / 実像数: 240 / ビット/ピクセル: 16
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ	試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器	モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 14266
最終 2次元分類	クラス数: 1178

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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