+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2829 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The interaction of an essential DNA helicase with RNA polymerase | |||||||||
![]() | Reconstruction of RNAP-PcrA complex | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Transcription / RNA polymerase / helicase | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
![]() | Harriott K / Yang X / Mervelet P / Buncherd H / Noirot P / de Jong L / Noirot Gros MF / Lewis PJ | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The interaction of an essential DNA helicase with RNA polymerase 著者: Harriott K / Yang X / Mervelet P / Buncherd H / Noirot P / de Jong L / Noirot Gros MF / Lewis PJ | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.3 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 122.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 202.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 201.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstruction of RNAP-PcrA complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : RNAP-PcrA complex
全体 | 名称: RNAP-PcrA complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: RNAP-PcrA complex
超分子 | 名称: RNAP-PcrA complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: complex was made with in vitro purified proteins / 集合状態: 1 / Number unique components: 2 |
---|---|
分子量 | 実験値: 370 KDa / 理論値: 370 KDa |
-分子 #1: RNAP
分子 | 名称: RNAP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 370 KDa / 理論値: 370 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #2: PcrA
分子 | 名称: PcrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 370 KDa / 理論値: 370 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 0.1 mM DTT |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids were stained with 1% uranyl formate for 30 seconds |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
---|---|
日付 | 2008年12月3日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 3.9 µm / 実像数: 240 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 14266 |
---|---|
最終 2次元分類 | クラス数: 1178 |