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- EMDB-28247: Subtomogram averages of the 8-nm repeats of the conoid fibers in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28247
タイトルSubtomogram averages of the 8-nm repeats of the conoid fibers in the protruded states from the cryo-FIB milled Neospora caninum
マップデータ15-angstrom low-pass filter EM map (inverted)
試料
  • 細胞: The cryo-FIB milled lamella from Neospora caninum in both protruded and retracted states
生物種Neospora caninum (ネオスポラ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Gui L / O'Shaughnessy WJ / Cai K / Reetz E / Reese ML / Nicastro D
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM083122 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150715 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP140082 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1553334 米国
Welch FoundationI-2075-20210327 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-tomography reveals rigid-body motion and organization of apicomplexan invasion machinery.
著者: Long Gui / William J O'Shaughnessy / Kai Cai / Evan Reetz / Michael L Reese / Daniela Nicastro /
要旨: The apical complex is a specialized collection of cytoskeletal and secretory machinery in apicomplexan parasites, which include the pathogens that cause malaria and toxoplasmosis. Its structure and ...The apical complex is a specialized collection of cytoskeletal and secretory machinery in apicomplexan parasites, which include the pathogens that cause malaria and toxoplasmosis. Its structure and mechanism of motion are poorly understood. We used cryo-FIB-milling and cryo-electron tomography to visualize the 3D-structure of the apical complex in its protruded and retracted states. Averages of conoid-fibers revealed their polarity and unusual nine-protofilament arrangement with associated proteins connecting and likely stabilizing the fibers. Neither the structure of the conoid-fibers nor the architecture of the spiral-shaped conoid complex change during protrusion or retraction. Thus, the conoid moves as a rigid body, and is not spring-like and compressible, as previously suggested. Instead, the apical-polar-rings (APR), previously considered rigid, dilate during conoid protrusion. We identified actin-like filaments connecting the conoid and APR during protrusion, suggesting a role during conoid movements. Furthermore, our data capture the parasites in the act of secretion during conoid protrusion.
履歴
登録2022年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2023年4月12日-
現状2023年4月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28247.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28247.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈15-angstrom low-pass filter EM map (inverted)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.15 Å/pix.
x 146 pix.
= 460.046 Å		3.15 Å/pix.
x 146 pix.
= 460.046 Å		3.15 Å/pix.
x 146 pix.
= 460.046 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.151 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 122.5
最小 - 最大118.03001 - 125.89285
平均 (標準偏差)121.24378 (±1.0341669)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ146146146
Spacing146146146
セルA=B=C: 460.046 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Original EM map without filtering

ファイルemd_28247_additional_1.map
注釈Original EM map without filtering
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28247_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_28247_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The cryo-FIB milled lamella from Neospora caninum in both protrud...

全体名称: The cryo-FIB milled lamella from Neospora caninum in both protruded and retracted states
要素
  • 細胞: The cryo-FIB milled lamella from Neospora caninum in both protruded and retracted states

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超分子 #1: The cryo-FIB milled lamella from Neospora caninum in both protrud...

超分子名称: The cryo-FIB milled lamella from Neospora caninum in both protruded and retracted states
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Neospora caninum (ネオスポラ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 1160
抽出トモグラム数: 2 / 使用した粒子像数: 1160
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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