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- EMDB-28196: Cryo-EM structure of a potent anti-malarial antibody L9 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28196
タイトルCryo-EM structure of a potent anti-malarial antibody L9 in complex with Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP)(class 2)
マップデータ
試料
  • 複合体: PfCSP in complex with antibody L9
    • タンパク質・ペプチド: Circumsporozoite protein
    • タンパク質・ペプチド: L9 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: L9 Fab light chain
キーワードAnti-Malarial / PfCSP / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Tripathi P / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of anti-malarial antibody L9 with circumsporozoite protein reveal trimeric L9 association and complete 27-residue epitope.
著者: Prabhanshu Tripathi / Michael F Bender / Haotian Lei / Lais Da Silva Pereira / Chen-Hsiang Shen / Brian Bonilla / Marlon Dillon / Li Ou / Marie Pancera / Lawrence T Wang / Baoshan Zhang / ...著者: Prabhanshu Tripathi / Michael F Bender / Haotian Lei / Lais Da Silva Pereira / Chen-Hsiang Shen / Brian Bonilla / Marlon Dillon / Li Ou / Marie Pancera / Lawrence T Wang / Baoshan Zhang / Facundo D Batista / Azza H Idris / Robert A Seder / Peter D Kwong /
要旨: Monoclonal antibody L9 recognizes the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP) and is highly protective following controlled human malaria challenge. To gain insight into its function, ...Monoclonal antibody L9 recognizes the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP) and is highly protective following controlled human malaria challenge. To gain insight into its function, we determined cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of L9 in complex with full-length PfCSP and assessed how this recognition influenced protection by wild-type and mutant L9s. Cryo-EM reconstructions at 3.6- and 3.7-Å resolution revealed L9 to recognize PfCSP as an atypical trimer. Each of the three L9s in the trimer directly recognized an Asn-Pro-Asn-Val (NPNV) tetrapeptide on PfCSP and interacted homotypically to facilitate L9-trimer assembly. We analyzed peptides containing different repeat tetrapeptides for binding to wild-type and mutant L9s to delineate epitope and homotypic components of L9 recognition; we found both components necessary for potent malaria protection. Last, we found the 27-residue stretch recognized by L9 to be highly conserved in P. falciparum isolates, suggesting the newly revealed complete L9 epitope to be an attractive vaccine target.
履歴
登録2022年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月15日-
マップ公開2023年3月15日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28196.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28196.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 320 pix.
= 294.4 Å		0.92 Å/pix.
x 320 pix.
= 294.4 Å		0.92 Å/pix.
x 320 pix.
= 294.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.266
最小 - 最大-1.1990021 - 2.2044454
平均 (標準偏差)0.000015098268 (±0.043702442)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 294.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28196_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28196_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PfCSP in complex with antibody L9

全体名称: PfCSP in complex with antibody L9
要素
  • 複合体: PfCSP in complex with antibody L9
    • タンパク質・ペプチド: Circumsporozoite protein
    • タンパク質・ペプチド: L9 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: L9 Fab light chain

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超分子 #1: PfCSP in complex with antibody L9

超分子名称: PfCSP in complex with antibody L9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Circumsporozoite protein

分子名称: Circumsporozoite protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 37.807488 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QEYQSYGSSS NTRVLNELNY DNAGTNLYNE LEMNYYGKQE NWYSLSSNSA SLGENDDGNN EDNEKLRKPK HKKLKQPADG NPDPNANPN VDPNANPNVD PNANPNVDPN ANPNANPNAN PNANPNANPN ANPNANPNAN PNANPNANPN ANPNANPNAN P NANPNANP ...文字列:
QEYQSYGSSS NTRVLNELNY DNAGTNLYNE LEMNYYGKQE NWYSLSSNSA SLGENDDGNN EDNEKLRKPK HKKLKQPADG NPDPNANPN VDPNANPNVD PNANPNVDPN ANPNANPNAN PNANPNANPN ANPNANPNAN PNANPNANPN ANPNANPNAN P NANPNANP NANPNANPNV DPNANPNANP NANPNANPNA NPNANPNANP NANPNANPNA NPNANPNANP NANPNANPNA NP NANPNAN PNANPNKNNQ GNGQGHNMPN DPNRNVDENA NANSAVKNNN NEEPSDKHIK EYLNKIQNSL STEWSPCSVT CGN GIQVRI KPGSANKPKD ELDYANDIEK KICKMEKCS

UniProtKB: Circumsporozoite protein

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分子 #2: L9 Fab heavy chain

分子名称: L9 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.475436 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVKLVESGGG VVQPGRSLRL SCEASGFIFS TYGMHWVRQA PGKGLEWVAV IWFDGSNIYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTVF MQMDSLRAE DTAVYYCHRN FYDGSGPFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
QVKLVESGGG VVQPGRSLRL SCEASGFIFS TYGMHWVRQA PGKGLEWVAV IWFDGSNIYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTVF MQMDSLRAE DTAVYYCHRN FYDGSGPFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKTH

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分子 #3: L9 Fab light chain

分子名称: L9 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.597254 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQFIS RWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSETH FTLTISSLQP DDVATYYCQ EYTSYGRTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQFIS RWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSETH FTLTISSLQP DDVATYYCQ EYTSYGRTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.7 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7rqp

最終 再構成使用したクラス数: 3 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2964341
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 2
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 137
得られたモデル

PDB-8eka:
Cryo-EM structure of a potent anti-malarial antibody L9 in complex with Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP)(class 2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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