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- EMDB-28068: CryoEM reconstruction of the tri-specific 298-52-80 Multabody (oc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28068
タイトルCryoEM reconstruction of the tri-specific 298-52-80 Multabody (octahedral symmetry applied)
マップデータcryoEM map of the tri-specific 298-52-80 Multabody refined with octahedral symmetry
試料
  • 複合体: tri-specific 298-52-80 Multabody
キーワードself-assembling multimer / SARS-CoV-2 / antibody / ANTIVIRAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Kucharska I / Cui H / Rubinstein JL / Julien JP
資金援助 カナダ, 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Ontario Early Researcher Awards カナダ
Canada Research Chairs カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)6280100058 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJ4-169662 カナダ
Other governmentCOVID-19 Research Fund カナダ
Bill & Melinda Gates FoundationINV-023398 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023
タイトル: A multi-specific, multi-affinity antibody platform neutralizes sarbecoviruses and confers protection against SARS-CoV-2 in vivo.
著者: Clare Burn Aschner / Krithika Muthuraman / Iga Kucharska / Hong Cui / Katherine Prieto / Manoj S Nair / Maple Wang / Yaoxing Huang / Natasha Christie-Holmes / Betty Poon / Jessica Lam / ...著者: Clare Burn Aschner / Krithika Muthuraman / Iga Kucharska / Hong Cui / Katherine Prieto / Manoj S Nair / Maple Wang / Yaoxing Huang / Natasha Christie-Holmes / Betty Poon / Jessica Lam / Azmiri Sultana / Robert Kozak / Samira Mubareka / John L Rubinstein / Edurne Rujas / Bebhinn Treanor / David D Ho / Arif Jetha / Jean-Philippe Julien /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the causative agent of coronavirus disease 2019 (COVID-19), has been responsible for a global pandemic. Monoclonal antibodies (mAbs) have ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the causative agent of coronavirus disease 2019 (COVID-19), has been responsible for a global pandemic. Monoclonal antibodies (mAbs) have been used as antiviral therapeutics; however, these therapeutics have been limited in efficacy by viral sequence variability in emerging variants of concern (VOCs) and in deployment by the need for high doses. In this study, we leveraged the multi-specific, multi-affinity antibody (Multabody, MB) platform, derived from the human apoferritin protomer, to enable the multimerization of antibody fragments. MBs were shown to be highly potent, neutralizing SARS-CoV-2 at lower concentrations than their corresponding mAb counterparts. In mice infected with SARS-CoV-2, a tri-specific MB targeting three regions within the SARS-CoV-2 receptor binding domain was protective at a 30-fold lower dose than a cocktail of the corresponding mAbs. Furthermore, we showed in vitro that mono-specific MBs potently neutralize SARS-CoV-2 VOCs by leveraging augmented avidity, even when corresponding mAbs lose their ability to neutralize potently, and that tri-specific MBs expanded the neutralization breadth beyond SARS-CoV-2 to other sarbecoviruses. Our work demonstrates how avidity and multi-specificity combined can be leveraged to confer protection and resilience against viral diversity that exceeds that of traditional monoclonal antibody therapies.
履歴
登録2022年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2023年5月31日-
現状2023年5月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28068.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoEM map of the tri-specific 298-52-80 Multabody refined with octahedral symmetry
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.45
最小 - 最大-5.192741 - 9.431824000000001
平均 (標準偏差)0.010317199 (±0.39342842)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map of the tri-specific 298-52-80 Multabody refined...

ファイルemd_28068_half_map_1.map
注釈half map of the tri-specific 298-52-80 Multabody refined with octahedral symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of the tri-specific 298-52-80 Multabody refined...

ファイルemd_28068_half_map_2.map
注釈half map of the tri-specific 298-52-80 Multabody refined with octahedral symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : tri-specific 298-52-80 Multabody

全体名称: tri-specific 298-52-80 Multabody
要素
  • 複合体: tri-specific 298-52-80 Multabody

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超分子 #1: tri-specific 298-52-80 Multabody

超分子名称: tri-specific 298-52-80 Multabody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mmol/LNaClSodium chloride
2.7 mmol/LKClPotassium chloride
10.0 mmol/LNa2HPO4Disodium phosphate
1.8 mmol/LKH2PO4Monopotassium phosphate
グリッドモデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: freezing was performed with Leica EM GP2 Automatic Plunge Freezer, blotting for 3s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 4385 / 平均露光時間: 8.31 sec. / 平均電子線量: 49.58 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 955995
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 65458
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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