[日本語] English
万見
- EMDB-28025: cryoEM structure of bovine bestrophin-2 and glutamine synthetase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28025
タイトルcryoEM structure of bovine bestrophin-2 and glutamine synthetase complex
マップデータlocal_filtered_map_locres
試料
  • 複合体: Best2-GS
    • タンパク質・ペプチド: Bestrophin
    • タンパク質・ペプチド: Glutamine synthetase
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: water
キーワードion channel / transport / anion channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / Glutamate and glutamine metabolism / protein S-acyltransferase / intracellularly ligand-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated monoatomic anion channel activity / Stimuli-sensing channels / protein palmitoylation / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / bicarbonate channel activity / regulation of sprouting angiogenesis ...Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / Glutamate and glutamine metabolism / protein S-acyltransferase / intracellularly ligand-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated monoatomic anion channel activity / Stimuli-sensing channels / protein palmitoylation / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / bicarbonate channel activity / regulation of sprouting angiogenesis / ligand-gated monoatomic cation channel activity / regulation of endothelial cell migration / glutamine synthetase / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / bicarbonate transport / chloride channel activity / chloride channel complex / basolateral plasma membrane / angiogenesis / endoplasmic reticulum / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bestrophin / Bestrophin/UPF0187 / Bestrophin, RFP-TM, chloride channel / Glutamine synthetase (GS) beta-grasp domain profile. / Glutamine synthetase (GS) catalytic domain profile. / Glutamine synthetase, N-terminal conserved site / Glutamine synthetase signature 1. / Glutamine synthetase, beta-Grasp domain / Glutamine synthetase, glycine-rich site / Glutamine synthetase putative ATP-binding region signature. ...Bestrophin / Bestrophin/UPF0187 / Bestrophin, RFP-TM, chloride channel / Glutamine synthetase (GS) beta-grasp domain profile. / Glutamine synthetase (GS) catalytic domain profile. / Glutamine synthetase, N-terminal conserved site / Glutamine synthetase signature 1. / Glutamine synthetase, beta-Grasp domain / Glutamine synthetase, glycine-rich site / Glutamine synthetase putative ATP-binding region signature. / Glutamine synthetase, N-terminal domain / Glutamine synthetase, N-terminal domain superfamily / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Bestrophin-2 / Glutamine synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å
データ登録者Owji AP / Kittredge AK / Yang T
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)5F31EY030763 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM127652 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Bestrophin-2 and glutamine synthetase form a complex for glutamate release.
著者: Aaron P Owji / Kuai Yu / Alec Kittredge / Jiali Wang / Yu Zhang / Tingting Yang /
要旨: Bestrophin-2 (BEST2) is a member of the bestrophin family of calcium-activated anion channels that has a critical role in ocular physiology. Here we uncover a directional permeability of BEST2 to ...Bestrophin-2 (BEST2) is a member of the bestrophin family of calcium-activated anion channels that has a critical role in ocular physiology. Here we uncover a directional permeability of BEST2 to glutamate that heavily favours glutamate exit, identify glutamine synthetase (GS) as a binding partner of BEST2 in the ciliary body of the eye, and solve the structure of the BEST2-GS complex. BEST2 reduces cytosolic GS activity by tethering GS to the cell membrane. GS extends the ion conducting pathway of BEST2 through its central cavity and inhibits BEST2 channel function in the absence of intracellular glutamate, but sensitizes BEST2 to intracellular glutamate, which promotes the opening of BEST2 and thus relieves the inhibitory effect of GS. We demonstrate the physiological role of BEST2 in conducting chloride and glutamate and the influence of GS in non-pigmented ciliary epithelial cells. Together, our results reveal a novel mechanism of glutamate release through BEST2-GS.
履歴
登録2022年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_28025.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28025.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local_filtered_map_locres
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-2.9081268 - 4.38657
平均 (標準偏差)0.0015683518 (±0.05739714)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 498.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_28025_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイルemd_28025_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: cryosparc half map1

ファイルemd_28025_half_map_1.map
注釈cryosparc_half_map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: cryosparc half map2

ファイルemd_28025_half_map_2.map
注釈cryosparc_half_map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Best2-GS

全体名称: Best2-GS
要素
  • 複合体: Best2-GS
    • タンパク質・ペプチド: Bestrophin
    • タンパク質・ペプチド: Glutamine synthetase
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: water

-
超分子 #1: Best2-GS

超分子名称: Best2-GS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Bestrophin

分子名称: Bestrophin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 47.424754 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTVTYTARVA KARFGGFSKL LLLWRGSIYK LLWRELLCFL GLFMALSAAY RFVLTEEQKR YFEKLVLYCD RYASLIPVSF VLGFYVTLV VHRWWNQYLS MPLTDALMCV VVGTVHGHDE RGRLYRRTLM RYAGLSGVLI LRSVSTAVFK RFPTIDHVVE A GFMTREER ...文字列:
MTVTYTARVA KARFGGFSKL LLLWRGSIYK LLWRELLCFL GLFMALSAAY RFVLTEEQKR YFEKLVLYCD RYASLIPVSF VLGFYVTLV VHRWWNQYLS MPLTDALMCV VVGTVHGHDE RGRLYRRTLM RYAGLSGVLI LRSVSTAVFK RFPTIDHVVE A GFMTREER KKFENLNSSY NKYWVPCVWF CNLAAQARRE GRIRDNGAFK LLLEELNVFR SKCGMLFHYD WISVPLVYTQ VV TIAVYSY FLACLIGRQF LDPAQGYKDH DLDLCVPIFT LLQFFFYAGW LKVAEQLINP FGEDDDDFET NFLIDRCFQV SML AVDEMY DDLAMLEKDL YWDAAEARAP YTAATAFLMQ QPSFQGSTFD ITLAKEDMQF QRQDGLEAPL NEAHGDFLQR LLPV GTGMG TGGLL

UniProtKB: Bestrophin-2

-
分子 #2: Glutamine synthetase

分子名称: Glutamine synthetase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutamine synthetase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 42.085414 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MATSASSHLN KGIKQVYMAL PQGDKVQAMY IWIDGTGEGL RCKTRTLDSE PKCIEELPEW NFDGSSTFQS EGSNSDMYLV PAAMFRDPF RKDPNKLVFC EVFKYNRKPA ETNLRHTCKR IMDMVSNQRP WFGMEQEYTL MGTDGHPFGW PSNGFPGPQG P YYCGVGAD ...文字列:
MATSASSHLN KGIKQVYMAL PQGDKVQAMY IWIDGTGEGL RCKTRTLDSE PKCIEELPEW NFDGSSTFQS EGSNSDMYLV PAAMFRDPF RKDPNKLVFC EVFKYNRKPA ETNLRHTCKR IMDMVSNQRP WFGMEQEYTL MGTDGHPFGW PSNGFPGPQG P YYCGVGAD KAYGRDIVEA HYRACLYAGI KIGGTNAEVM PAQWEFQIGP CEGIDMGDHL WVARFILHRV CEDFGVIATF DP KPIPGNW NGAGCHTNFS TKAMREENGL KYIEEAIEKL SKRHQYHIRA YDPKGGLDNA RRLTGFHETS NINDFSAGVA NRG ASIRIP RTVGQEKKGY FEDRRPSANC DPFAVTEALI RTCLLNETGD EPFQYKN

UniProtKB: Glutamine synthetase

-
分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
分子 #4: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 11 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

-
分子 #5: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 20 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

-
分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2024 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.16 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 78623
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 25618
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る