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万見
- EMDB-2802: Negative stain electron microscopy reconstruction of the tip comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2802
タイトルNegative stain electron microscopy reconstruction of the tip complex from the type III secretion system of Shigella flexneri lacking IpaB
マップデータReconstruction of T3SS needle tip complex from an ipaB mutant
試料
  • 試料: Conformation of the tip complex from the type III secretion system of Shigella flexneri lacking IpaB, bound to the needle
  • 細胞器官・細胞要素: Tip complex
  • 細胞器官・細胞要素: Needle
キーワードTip complex / type III secretion system / Shigella flexneri / IpaB
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Cheung M / Shen D / Makino F / Kato T / Roehrich D / Martinez-Argudo I / Walker ML / Murillo I / Liu X / Pain M ...Cheung M / Shen D / Makino F / Kato T / Roehrich D / Martinez-Argudo I / Walker ML / Murillo I / Liu X / Pain M / Brown J / Frazer G / Mantell J / Mina P / Todd T / Sessions RB / Namba K / Blocker AJ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2008
タイトル: What's the point of the type III secretion system needle?
著者: Ariel J Blocker / Janet E Deane / Andreas K J Veenendaal / Pietro Roversi / Julie L Hodgkinson / Steven Johnson / Susan M Lea /
要旨: Recent work by several groups has significantly expanded our knowledge of the structure, regulation of assembly, and function of components of the extracellular portion of the type III secretion ...Recent work by several groups has significantly expanded our knowledge of the structure, regulation of assembly, and function of components of the extracellular portion of the type III secretion system (T3SS) of Gram-negative bacteria. This perspective presents a structure-informed analysis of functional data and discusses three nonmutually exclusive models of how a key aspect of T3SS biology, the sensing of host cells, may be performed.
履歴
登録2014年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年11月5日-
マップ公開2014年12月3日-
更新2015年3月11日-
現状2015年3月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0876
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0876
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0876
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2802.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2802.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of T3SS needle tip complex from an ipaB mutant
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.12 Å/pix.
x 200 pix.
= 424. Å		2.12 Å/pix.
x 200 pix.
= 424. Å		2.12 Å/pix.
x 200 pix.
= 424. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0876 / ムービー #1: 0.0876
最小 - 最大-0.09540582 - 0.18582523
平均 (標準偏差)0.00104352 (±0.01552068)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.122.122.12
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.000424.000424.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0950.1860.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Conformation of the tip complex from the type III secretion syste...

全体名称: Conformation of the tip complex from the type III secretion system of Shigella flexneri lacking IpaB, bound to the needle
要素
  • 試料: Conformation of the tip complex from the type III secretion system of Shigella flexneri lacking IpaB, bound to the needle
  • 細胞器官・細胞要素: Tip complex
  • 細胞器官・細胞要素: Needle

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超分子 #1000: Conformation of the tip complex from the type III secretion syste...

超分子名称: Conformation of the tip complex from the type III secretion system of Shigella flexneri lacking IpaB, bound to the needle
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Tip complexes were analysed from purified needle complexes and therefore when still bound to the needle tip
集合状態: Five subunits of the tip complex bound to fifty subunits of the needle
Number unique components: 2
分子量理論値: 680 KDa

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超分子 #1: Tip complex

超分子名称: Tip complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Homopentameric / 組換発現: Yes
Ref GO0: GO:0030257
Ref INTERPRO0: IPR006135
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: serotype 5a / 細胞: Bacteria / Organelle: Type III secretion system
細胞中の位置: Extracellular component of membrane embedded complex
分子量理論値: 210 KDa
組換発現生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 組換株: M90T derivative / 組換プラスミド: pACT3, pBAD

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超分子 #2: Needle

超分子名称: Needle / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: helical polymer / 組換発現: Yes
Ref GO0: GO:0030257
Ref INTERPRO0: IPR006135
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: serotype 5a / 細胞: Bacteria / Organelle: Type III secretion system
細胞中の位置: Extracellular component of membrane embedded complex
分子量理論値: 470 KDa
組換発現生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 組換株: M90T derivative / 組換プラスミド: pACT3, pBAD

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 0.1% (w/v) DDM, 150 mM NaCl, 25 mM Tris pH 8, 5 mM EDTA
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Carbon coating mica sheets were submerged in a drop of 0.01% (w/v) DDM until the carbon sheet partially detached from the mica. The mica was then submerged in the sample for 5 s, then ...詳細: Carbon coating mica sheets were submerged in a drop of 0.01% (w/v) DDM until the carbon sheet partially detached from the mica. The mica was then submerged in the sample for 5 s, then submerged in a drop of water for 5 s. The mica was then placed onto the surface of a drop of 1% uranyl acetate and allowed to sink, causing the carbon to float on the surface of the drop. After 10 s, the carbon sheet was adsorbed onto a grid.
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with a thin carbon film to which the specimen was adsorbed to
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
アライメント法Legacy - 非点収差: Thon rings visualised at 50-100,000 times magnification using the fast FT and corrected accordingly
Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2011年8月31日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 152 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / カメラ長: 460 / Od range: 3.56 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 70754 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: FEI single tilt holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細Particles were selected using helix boxer from EMAN2. After alignment, Euler angles were determined by projection matching with projections of a previously determined 16A resolution map of the needle. The reconstruction was iterated and helical pattern searching and imposition was applied to each new reference generated after each iteration.
CTF補正詳細: First zero set to 18 angstrom, no CTF correction not required
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER
ソフトウェア - 名称: EMAN2, SPIDER, bespoke-2D-alignment, bespoke-X-and-Y-shifting
使用した粒子像数: 3101
最終 角度割当詳細: SPIDER: theta 4 degrees
最終 2次元分類クラス数: 205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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