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- EMDB-27971: V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, major configuration -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27971
タイトルV-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, major configuration
マップデータ
試料
  • 複合体: 12_TnsC ShCAST Transpososome
    • DNA: x 6種
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 2種
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial TniB / Bacterial TniB protein / : / TniQ / TniQ / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 ...Bacterial TniB / Bacterial TniB protein / : / TniQ / TniQ / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
TnsC / TniQ (Homology model) / Cas12k / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Scytonema hofmannii (バクテリア) / synthetic construct (人工物) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Rizo AN / Park J-U / Tsai AW / Kellogg EH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM124463 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD030470-01 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structures of the holo CRISPR RNA-guided transposon integration complex.
著者: Jung-Un Park / Amy Wei-Lun Tsai / Alexandrea N Rizo / Vinh H Truong / Tristan X Wellner / Richard D Schargel / Elizabeth H Kellogg /
要旨: CRISPR-associated transposons (CAST) are programmable mobile genetic elements that insert large DNA cargos using an RNA-guided mechanism. CAST elements contain multiple conserved proteins: a CRISPR ...CRISPR-associated transposons (CAST) are programmable mobile genetic elements that insert large DNA cargos using an RNA-guided mechanism. CAST elements contain multiple conserved proteins: a CRISPR effector (Cas12k or Cascade), a AAA+ regulator (TnsC), a transposase (TnsA-TnsB) and a target-site-associated factor (TniQ). These components are thought to cooperatively integrate DNA via formation of a multisubunit transposition integration complex (transpososome). Here we reconstituted the approximately 1 MDa type V-K CAST transpososome from Scytonema hofmannii (ShCAST) and determined its structure using single-particle cryo-electon microscopy. The architecture of this transpososome reveals modular association between the components. Cas12k forms a complex with ribosomal subunit S15 and TniQ, stabilizing formation of a full R-loop. TnsC has dedicated interaction interfaces with TniQ and TnsB. Of note, we observe TnsC-TnsB interactions at the C-terminal face of TnsC, which contribute to the stimulation of ATPase activity. Although the TnsC oligomeric assembly deviates slightly from the helical configuration found in isolation, the TnsC-bound target DNA conformation differs markedly in the transpososome. As a consequence, TnsC makes new protein-DNA interactions throughout the transpososome that are important for transposition activity. Finally, we identify two distinct transpososome populations that differ in their DNA contacts near TniQ. This suggests that associations with the CRISPR effector can be flexible. This ShCAST transpososome structure enhances our understanding of CAST transposition systems and suggests ways to improve CAST transposition for precision genome-editing applications.
履歴
登録2022年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月30日-
マップ公開2022年11月30日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27971.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27971.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.5152829 - 2.9562876
平均 (標準偏差)0.000105509534 (±0.062702924)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 576.18 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27971_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #3

ファイルemd_27971_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_27971_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_27971_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27971_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_27971_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 12_TnsC ShCAST Transpososome

全体名称: 12_TnsC ShCAST Transpososome
要素
  • 複合体: 12_TnsC ShCAST Transpososome
    • DNA: Target_LE
    • DNA: Non-target_R
    • RNA: sg_RNA
    • タンパク質・ペプチド: TnsC
    • タンパク質・ペプチド: Cas12k
    • タンパク質・ペプチド: TniQ
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: TnsB
    • DNA: LE_R
    • DNA: RE_F
    • DNA: RE_R1
    • DNA: RE_R2
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: 12_TnsC ShCAST Transpososome

超分子名称: 12_TnsC ShCAST Transpososome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)

+
分子 #1: Target_LE

分子名称: Target_LE / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 43.44084 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA) (DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT) (DT) (DG)(DT)(DC)(DA)(DC) ...文字列:
(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA) (DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT) (DT) (DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT) (DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT) (DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG) (DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DG)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DG) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC) (DC)(DA)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)

+
分子 #2: Non-target_R

分子名称: Non-target_R / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 21.814982 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA) (DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT) (DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA) (DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT) (DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DA) (DT)(DG) (DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)

+
分子 #9: LE_R

分子名称: LE_R / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.775137 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA) (DT) (DG)(DT)(DC)(DA)(DT) ...文字列:
(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA) (DT) (DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DG)(DA)(DC)

+
分子 #10: RE_F

分子名称: RE_F / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.08083 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA) (DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA) (DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA) (DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA) (DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT) (DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)

+
分子 #11: RE_R1

分子名称: RE_R1 / タイプ: dna / ID: 11 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.443954 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA) (DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DG) (DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT) (DA)(DA)

+
分子 #12: RE_R2

分子名称: RE_R2 / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.086917 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)

+
分子 #3: sg_RNA

分子名称: sg_RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 85.26125 KDa
配列文字列: AUAUUAAUAG CGCCGCAAUU CAUGCUGCUU GCAGCCUCUG AAUUUUGUUA AAUGAGGGUU AGUUUGACUG UAUAAAUACA GUCUUGCUU UCUGACCCUG GUAGCUGCUC ACCCUGAUGC UGCUGUCAAU AGACAGGAUA GGUGCGCUCC CAGCAAUAAG G GCGCGGAU ...文字列:
AUAUUAAUAG CGCCGCAAUU CAUGCUGCUU GCAGCCUCUG AAUUUUGUUA AAUGAGGGUU AGUUUGACUG UAUAAAUACA GUCUUGCUU UCUGACCCUG GUAGCUGCUC ACCCUGAUGC UGCUGUCAAU AGACAGGAUA GGUGCGCUCC CAGCAAUAAG G GCGCGGAU GUACUGCUGU AGUGGCUACU GAAUCACCCC CGAUCAAGGG GGAACCCUCC AAAAGGUGGG UUGAAAGGAG AA GUCAUUU AAUAAGGCCA CUGUUAAA

+
分子 #4: TnsC

分子名称: TnsC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
分子量理論値: 31.444617 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTEAQAIAKQ LGGVKPDDEW LQAEIARLKG KSIVPLQQVK TLHDWLDGKR KARKSCRVVG ESRTGKTVAC DAYRYRHKPQ QEAGRPPTV PVVYIRPHQK CGPKDLFKKI TEYLKYRVTK GTVSDFRDRT IEVLKGCGVE MLIIDEADRL KPETFADVRD I AEDLGIAV ...文字列:
MTEAQAIAKQ LGGVKPDDEW LQAEIARLKG KSIVPLQQVK TLHDWLDGKR KARKSCRVVG ESRTGKTVAC DAYRYRHKPQ QEAGRPPTV PVVYIRPHQK CGPKDLFKKI TEYLKYRVTK GTVSDFRDRT IEVLKGCGVE MLIIDEADRL KPETFADVRD I AEDLGIAV VLVGTDRLDA VIKRDEQVLE RFRAHLRFGK LSGEDFKNTV EMWEQMVLKL PVSSNLKSKE MLRILTSATE GY IGRLDEI LREAAIRSLS RGLKKIDKAV LQEVAKEYK

UniProtKB: TnsC

+
分子 #5: Cas12k

分子名称: Cas12k / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
分子量理論値: 73.280719 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSQITIQARL ISFESNRQQL WKLMADLNTP LINELLCQLG QHPDFEKWQQ KGKLPSTVVS QLCQPLKTDP RFAGQPSRLY MSAIHIVDY IYKSWLAIQK RLQQQLDGKT RWLEMLNSDA ELVELSGDTL EAIRVKAAEI LAIAMPASES DSASPKGKKG K KEKKPSSS ...文字列:
MSQITIQARL ISFESNRQQL WKLMADLNTP LINELLCQLG QHPDFEKWQQ KGKLPSTVVS QLCQPLKTDP RFAGQPSRLY MSAIHIVDY IYKSWLAIQK RLQQQLDGKT RWLEMLNSDA ELVELSGDTL EAIRVKAAEI LAIAMPASES DSASPKGKKG K KEKKPSSS SPKRSLSKTL FDAYQETEDI KSRSAISYLL KNGCKLTDKE EDSEKFAKRR RQVEIQIQRL TEKLISRMPK GR DLTNAKW LETLLTATTT VAEDNAQAKR WQDILLTRSS SLPFPLVFET NEDMVWSKNQ KGRLCVHFNG LSDLIFEVYC GNR QLHWFQ RFLEDQQTKR KSKNQHSSGL FTLRNGHLVW LEGEGKGEPW NLHHLTLYCC VDNRLWTEEG TEIVRQEKAD EITK FITNM KKKSDLSDTQ QALIQRKQST LTRINNSFER PSQPLYQGQS HILVGVSLGL EKPATVAVVD AIANKVLAYR SIKQL LGDN YELLNRQRRQ QQYLSHERHK AQKNFSPNQF GASELGQHID RLLAKAIVAL ARTYKAGSIV LPKLGDMREV VQSEIQ AIA EQKFPGYIEG QQKYAKQYRV NVHRWSYGRL IQSIQSKAAQ TGIVIEEGKQ PIRGSPHDKA KELALSAYNL RLTRRS

UniProtKB: Cas12k

+
分子 #6: TniQ

分子名称: TniQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
分子量理論値: 19.01124 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIEAPDVKPW LFLIKPYEGE SLSHFLGRFR RANHLSASGL GTLAGIGAIV ARWERFHFNP RPSQQELEAI ASVVEVDAQR LAQMLPPAG VGMQHEPIRL CGACYAESPC HRIEWQYKSV WKCDRHQLKI LAKCPNCQAP FKMPALWEDG CCHRCRMPFA E MAKLQKV

UniProtKB: TniQ (Homology model)

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.290816 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSLSTEATAK IVSEFGRDAN DTGSTEVQVA LLTAQINHLQ GHFAEHKKDH HSRRGLLRMV SQRRKLLDYL KRKDVARYTQ LIERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #8: TnsB

分子名称: TnsB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
分子量理論値: 66.63707 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNSQQNPDLA VHPLAIPMEG LLGESATTLE KNVIATQLSE EAQVKLEVIQ SLLEPCDRTT YGQKLREAAE KLNVSLRTVQ RLVKNWEQD GLVGLTQTSR ADKGKHRIGE FWENFITKTY KEGNKGSKRM TPKQVALRVE AKARELKDSK PPNYKTVLRV L APILEKQQ ...文字列:
MNSQQNPDLA VHPLAIPMEG LLGESATTLE KNVIATQLSE EAQVKLEVIQ SLLEPCDRTT YGQKLREAAE KLNVSLRTVQ RLVKNWEQD GLVGLTQTSR ADKGKHRIGE FWENFITKTY KEGNKGSKRM TPKQVALRVE AKARELKDSK PPNYKTVLRV L APILEKQQ KAKSIRSPGW RGTTLSVKTR EGKDLSVDYS NHVWQCDHTR VDVLLVDQHG EILSRPWLTT VIDTYSRCIM GI NLGFDAP SSGVVALALR HAILPKRYGS EYKLHCEWGT YGKPEHFYTD GGKDFRSNHL SQIGAQLGFV CHLRDRPSEG GVV ERPFKT LNDQLFSTLP GYTGSNVQER PEDAEKDARL TLRELEQLLV RYIVDRYNQS IDARMGDQTR FERWEAGLPT VPVP IPERD LDICLMKQSR RTVQRGGCLQ FQNLMYRGEY LAGYAGETVN LRFDPRDITT ILVYRQENNQ EVFLTRAHAQ GLETE QLAL DEAEAASRRL RTAGKTISNQ SLLQEVVDRD ALVATKKSRK ERQKLEQTVL RSAAVDESNR ESLPSQIVEP DEVEST ETV HSQYEDIEVW DYEQLREEYG F

+
分子 #13: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 14 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #14: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 12 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 188055
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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