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- EMDB-27921: 2H08 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Bre... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27921
タイトル2H08 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Brevig Mission/1/1918 (H1N1)
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: 2H08 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Brevig Mission/1/1918 (H1N1)
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: 2H08 fragment antigen binding light chain
    • タンパク質・ペプチド: 2H08 fragment antigen binding heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードinfluenza / monoclonal antibody / NA / H1N1 / cross-reactive antibody / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Turner HL / Ozorowski G / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93109C00051 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: Human anti-N1 monoclonal antibodies elicited by pandemic H1N1 virus infection broadly inhibit HxN1 viruses in vitro and in vivo.
著者: Lena Hansen / Meagan McMahon / Hannah L Turner / Xueyong Zhu / Jackson S Turner / Gabriel Ozorowski / Daniel Stadlbauer / Juha Vahokoski / Aaron J Schmitz / Amena A Rizk / Wafaa B Alsoussi / ...著者: Lena Hansen / Meagan McMahon / Hannah L Turner / Xueyong Zhu / Jackson S Turner / Gabriel Ozorowski / Daniel Stadlbauer / Juha Vahokoski / Aaron J Schmitz / Amena A Rizk / Wafaa B Alsoussi / Shirin Strohmeier / Wenli Yu / José Alberto Choreño-Parra / Luis Jiménez-Alvarez / Alfredo Cruz-Lagunas / Joaquín Zúñiga / Philip A Mudd / Rebecca J Cox / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Ali H Ellebedy / Florian Krammer /
要旨: Neuraminidase (NA) is one of the two influenza virus surface glycoproteins, and antibodies that target it are an independent correlate of protection. However, our current understanding of NA ...Neuraminidase (NA) is one of the two influenza virus surface glycoproteins, and antibodies that target it are an independent correlate of protection. However, our current understanding of NA antigenicity is incomplete. Here, we describe human monoclonal antibodies (mAbs) from a patient with a pandemic H1N1 virus infection in 2009. Two mAbs exhibited broad reactivity and inhibited NA enzyme activity of seasonal H1N1 viruses circulating before and after 2009, as well as viruses with avian or swine N1s. The mAbs provided robust protection from lethal challenge with human H1N1 and avian H5N1 viruses in mice, and both target an epitope on the lateral face of NA. In summary, we identified two broadly protective NA antibodies that share a novel epitope, inhibited NA activity, and provide protection against virus challenge in mice. Our work reaffirms that NA should be included as a target in future broadly protective or universal influenza virus vaccines.
履歴
登録2022年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27921.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27921.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 420 pix.
= 304.5 Å		0.73 Å/pix.
x 420 pix.
= 304.5 Å		0.73 Å/pix.
x 420 pix.
= 304.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.40811872 - 0.6550366
平均 (標準偏差)0.0003650773 (±0.018456472)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 304.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27921_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_27921_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_27921_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 2H08 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Bre...

全体名称: 2H08 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Brevig Mission/1/1918 (H1N1)
要素
  • 複合体: 2H08 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Brevig Mission/1/1918 (H1N1)
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: 2H08 fragment antigen binding light chain
    • タンパク質・ペプチド: 2H08 fragment antigen binding heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: 2H08 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Bre...

超分子名称: 2H08 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Brevig Mission/1/1918 (H1N1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1
分子量理論値: 49.726387 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: ADPHHHHHHS SSDYSDLQRV KQELLEEVKK ELQKVKEEII EAFVQELRKR GSLVPRGSPS RSVILTGNSS LCPISGWAIY SKDNGIRIG SKGDVFVIRE PFISCSHLEC RTFFLTQGAL LNDKHSNGTV KDRSPYRTLM SCPVGEAPSP YNSRFESVAW S ASACHDGM ...文字列:
ADPHHHHHHS SSDYSDLQRV KQELLEEVKK ELQKVKEEII EAFVQELRKR GSLVPRGSPS RSVILTGNSS LCPISGWAIY SKDNGIRIG SKGDVFVIRE PFISCSHLEC RTFFLTQGAL LNDKHSNGTV KDRSPYRTLM SCPVGEAPSP YNSRFESVAW S ASACHDGM GWLTIGISGP DNGAVAVLKY NGIITDTIKS WRNNILRTQE SECACVNGSC FTIMTDGPSN GQASYKILKI EK GKVTKSI ELNAPNYHYE ECSCYPDTGK VMCVCRDNWH GSNRPWVSFD QNLDYQIGYI CSGVFGDNPR PNDGTGSCGP VSS NGANGI KGFSFRYDNG VWIGRTKSTS SRSGFEMIWD PNGWTETDSS FSVRQDIVAI TDWSGYSGSF VQHPELTGLD CMRP CFWVE LIRGQPKENT IWTSGSSISF CGVNSDTVGW SWPDGAELPF SIDK

UniProtKB: Neuraminidase

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分子 #2: 2H08 fragment antigen binding light chain

分子名称: 2H08 fragment antigen binding light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.543141 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSLS GYLNWYQQKP GKAPKLLIYA TSTLQRGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFAIYYCQ QSYSTPPYTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSLS GYLNWYQQKP GKAPKLLIYA TSTLQRGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFAIYYCQ QSYSTPPYTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #3: 2H08 fragment antigen binding heavy chain

分子名称: 2H08 fragment antigen binding heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.864762 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGDSVS STNYYWGWIR QPPGKGLEWI GSIYYRGITY NSPSLMNRVT ISLDTAKNQF SLNLSSMTA ADTAVYFCAN SIAVSGPLYF HHWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGDSVS STNYYWGWIR QPPGKGLEWI GSIYYRGITY NSPSLMNRVT ISLDTAKNQF SLNLSSMTA ADTAVYFCAN SIAVSGPLYF HHWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSC

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
150.0 mMSodium chlorideNaCl
12.0 mMOctyl-beta-glucoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 4126 / 平均電子線量: 33.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 45771
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3beq


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-8e6k:
2H08 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Brevig Mission/1/1918 (H1N1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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