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- EMDB-27856: CryoEM structures of bAE1 captured in multiple states. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27856
タイトルCryoEM structures of bAE1 captured in multiple states.
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: band 3 anion transport protein
    • タンパク質・ペプチド: Anion exchange protein
キーワードcryoEM / Band3 / bAE1 (SLC4A1) / anion exchanger / STRUCTURAL PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic anion transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anion exchange protein 1 / Anion exchange protein / Anion exchange, conserved site / Anion exchangers family signature 1. / Anion exchangers family signature 2. / Band 3 cytoplasmic domain / Band 3 cytoplasmic domain / Phosphotransferase/anion transporter / Bicarbonate transporter, eukaryotic / Bicarbonate transporter-like, transmembrane domain / HCO3- transporter integral membrane domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Anion exchange protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Zhekova HR / Wang WG / Jiang JS / Tsirulnikov K / Muhammad-Khan GH / Azimov R / Abuladze N / Kao L / Newman D / Noskov SY ...Zhekova HR / Wang WG / Jiang JS / Tsirulnikov K / Muhammad-Khan GH / Azimov R / Abuladze N / Kao L / Newman D / Noskov SY / Tieleman P / Zhou ZH / Pushkin A / Kurtz I
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK077162 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01GM071940 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: CryoEM structures of anion exchanger 1 capture multiple states of inward- and outward-facing conformations.
著者: Hristina R Zhekova / Jiansen Jiang / Weiguang Wang / Kirill Tsirulnikov / Gülru Kayık / Hanif Muhammad Khan / Rustam Azimov / Natalia Abuladze / Liyo Kao / Debbie Newman / Sergei Yu Noskov ...著者: Hristina R Zhekova / Jiansen Jiang / Weiguang Wang / Kirill Tsirulnikov / Gülru Kayık / Hanif Muhammad Khan / Rustam Azimov / Natalia Abuladze / Liyo Kao / Debbie Newman / Sergei Yu Noskov / D Peter Tieleman / Z Hong Zhou / Alexander Pushkin / Ira Kurtz /
要旨: Anion exchanger 1 (AE1, band 3) is a major membrane protein of red blood cells and plays a key role in acid-base homeostasis, urine acidification, red blood cell shape regulation, and removal of ...Anion exchanger 1 (AE1, band 3) is a major membrane protein of red blood cells and plays a key role in acid-base homeostasis, urine acidification, red blood cell shape regulation, and removal of carbon dioxide during respiration. Though structures of the transmembrane domain (TMD) of three SLC4 transporters, including AE1, have been resolved previously in their outward-facing (OF) state, no mammalian SLC4 structure has been reported in the inward-facing (IF) conformation. Here we present the cryoEM structures of full-length bovine AE1 with its TMD captured in both IF and OF conformations. Remarkably, both IF-IF homodimers and IF-OF heterodimers were detected. The IF structures feature downward movement in the core domain with significant unexpected elongation of TM11. Molecular modeling and structure guided mutagenesis confirmed the functional significance of residues involved in TM11 elongation. Our data provide direct evidence for an elevator-like mechanism of ion transport by an SLC4 family member.
履歴
登録2022年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27856.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27856.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 192 pix.
= 261.12 Å		1.36 Å/pix.
x 192 pix.
= 261.12 Å		1.36 Å/pix.
x 192 pix.
= 261.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0537
最小 - 最大-0.025304016 - 0.12741701
平均 (標準偏差)0.000021881933 (±0.0075343475)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 261.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27856_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27856_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : band 3 anion transport protein

全体名称: band 3 anion transport protein
要素
  • 細胞器官・細胞要素: band 3 anion transport protein
    • タンパク質・ペプチド: Anion exchange protein

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超分子 #1: band 3 anion transport protein

超分子名称: band 3 anion transport protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 104 KDa

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分子 #1: Anion exchange protein

分子名称: Anion exchange protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The cytoplasmic domain was not built because of insufficient resolution. Inward-facing state.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 104.474258 KDa
配列文字列: MGDPEEYEDQ LEETLEQKEY EDHDSVSIPM EEAEGDTIQE EEAEARVNQL TDTDYHTTSQ HPETHKVCVQ LRELVMDEKN QEIQWMETA RWVGLEENLG KDGIWGRPHL PYLNFWSLLE LQKAFAKGTV LLDLPGKSLA EVANQLLDRF TFEGQIQPDD Q DNLLRVLL ...文字列:
MGDPEEYEDQ LEETLEQKEY EDHDSVSIPM EEAEGDTIQE EEAEARVNQL TDTDYHTTSQ HPETHKVCVQ LRELVMDEKN QEIQWMETA RWVGLEENLG KDGIWGRPHL PYLNFWSLLE LQKAFAKGTV LLDLPGKSLA EVANQLLDRF TFEGQIQPDD Q DNLLRVLL LKHSHASDME ALGGVKPVVV THSGDPSEPL LPQHPSLETE LFCEQGEGST RGHAPEILGK SPQDWEATLV LV GCARFLK RPVLGFVRLK EPMEPEPKPE GSEEPAVPVR FLIVLLGPEG PNINYTQLGR AAATLMSERV FWNDAYLAQS KET LVQSLE GFLDCSLVLP PLDAPSEKAL LSLVPVQKEL LRRRYLPSPA KPDPSIFKDL DVKKGPGDTP EDPLQRTGKL FGGL VRDIR RRYPRYLSDI TDALSPQVLS AIIFIYFAAL TPAITFGGLL GDKTENMIGV SELLLSTALQ GIIFSLLGAQ PLLVL GFSG PLLVFEEAFY SFCQTNNLEY IVGRVWIGFW LILLVVLVVA FEGSFLVRFI SRYTQEIFSF LISLIFIYET FYKLVT IFQ DHPLQKNYDH DVLTTPKPQA ALPNTALLSL VLMAGTFFLA MMLRKFKNSS YFPGKLRRII GDFGVPISIL IMVMVDA LI QDTYTQKLSV PEGLSVSNPT ERDWLIHPLG IRVEFPIWMM FASALPALLV FILIFLESQI TTLIISKPER KMVKGSGF H LDLLLIIGMG GVGAIFGMPW LSATTVRTVT HANALTVMSK DSTPGAVSQI QGVKEQRISG LLVAVLVGVS ILMGPVLRH IPLAVLFGIF LYMGVTSLSG IQLFDRVLLL LKPRKYYPEV PYARRVKTWR MHLFTITQIV CLVVLWVVRS IKQISLALPF ILILTVPLR RFLLPFIFRD MELKLLDADD VKLNLDEQNG QDEYDEVAMP V

UniProtKB: Anion exchange protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTris-HClTris Hydrochloride
2.0 CMCPMAL-C8Amphipol-C8
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 36764 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2635578
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4yzf

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 112436
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8e34:
CryoEM structures of bAE1 captured in multiple states

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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