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- EMDB-27831: Wild-type HsDis3L2 in complex with 50% GC hairpin E-U7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27831
タイトルWild-type HsDis3L2 in complex with 50% GC hairpin E-U7
マップデータ
試料
  • 複合体: Wild-type HsDis3L2 in complex with hairpinD-U7
    • タンパク質・ペプチド: Wild-type HS Dis3L2
    • RNA: Hairpin E-U7
キーワード3'-5' exonuclease / ds-RNA bound exonuclease / human exonuclease / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Meze K / Thomas DR / Joshua-Tor L
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM114147 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: A shape-shifting nuclease unravels structured RNA.
著者: Katarina Meze / Armend Axhemi / Dennis R Thomas / Ahmet Doymaz / Leemor Joshua-Tor /
要旨: RNA turnover pathways ensure appropriate gene expression levels by eliminating unwanted transcripts. Dis3-like 2 (Dis3L2) is a 3'-5' exoribonuclease that plays a critical role in human development. ...RNA turnover pathways ensure appropriate gene expression levels by eliminating unwanted transcripts. Dis3-like 2 (Dis3L2) is a 3'-5' exoribonuclease that plays a critical role in human development. Dis3L2 independently degrades structured substrates, including coding and noncoding 3' uridylated RNAs. While the basis for Dis3L2's substrate recognition has been well characterized, the mechanism of structured RNA degradation by this family of enzymes is unknown. We characterized the discrete steps of the degradation cycle by determining cryogenic electron microscopy structures representing snapshots along the RNA turnover pathway and measuring kinetic parameters for RNA processing. We discovered a dramatic conformational change that is triggered by double-stranded RNA (dsRNA), repositioning two cold shock domains by 70 Å. This movement exposes a trihelix linker region, which acts as a wedge to separate the two RNA strands. Furthermore, we show that the trihelix linker is critical for dsRNA, but not single-stranded RNA, degradation. These findings reveal the conformational plasticity of Dis3L2 and detail a mechanism of structured RNA degradation.
履歴
登録2022年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27831.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.67 Å/pix.
x 300 pix.
= 201. Å		0.67 Å/pix.
x 300 pix.
= 201. Å		0.67 Å/pix.
x 300 pix.
= 201. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.67 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0311
最小 - 最大-0.06407455 - 0.13802864
平均 (標準偏差)-0.00003884468 (±0.0065183523)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 201.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27831_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27831_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Wild-type HsDis3L2 in complex with hairpinD-U7

全体名称: Wild-type HsDis3L2 in complex with hairpinD-U7
要素
  • 複合体: Wild-type HsDis3L2 in complex with hairpinD-U7
    • タンパク質・ペプチド: Wild-type HS Dis3L2
    • RNA: Hairpin E-U7

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超分子 #1: Wild-type HsDis3L2 in complex with hairpinD-U7

超分子名称: Wild-type HsDis3L2 in complex with hairpinD-U7 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Wild-type HS Dis3L2

分子名称: Wild-type HS Dis3L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSHPDYRMNL RPLGTPRGVS AVAGPHDIGA SPGDKKSKNR STRGKKKSIF ETYMSKEDVS EGLKRGTLIQ GVLRINPKKF HEAFIPSPDG DRDIFIDGVV ARNRALNGDL VVVKLLPEEH WKVVKPESND KETEAAYESD IPEELCGHHL PQQSLKSYND SPDVIVEAQF ...文字列:
MSHPDYRMNL RPLGTPRGVS AVAGPHDIGA SPGDKKSKNR STRGKKKSIF ETYMSKEDVS EGLKRGTLIQ GVLRINPKKF HEAFIPSPDG DRDIFIDGVV ARNRALNGDL VVVKLLPEEH WKVVKPESND KETEAAYESD IPEELCGHHL PQQSLKSYND SPDVIVEAQF DGSDSEDGHG ITQNVLVDGV KKLSVCVSEK GREDGDAPVT KDETTCISQD TRALSEKSLQ RSAKVVYILE KKHSRAATGF LKLLADKNSE LFRKYALFSP SDHRVPRIYV PLKDCPQDFV ARPKDYANTL FICRIVDWKE DCNFALGQLA KSLGQAGEIE PETEGILTEY GVDFSDFSSE VLECLPQGLP WTIPPEEFSK RRDLRKDCIF TIDPSTARDL DDALSCKPLA DGNFKVGVHI ADVSYFVPEG SDLDKVAAER ATSVYLVQKV VPMLPRLLCE ELCSLNPMSD KLTFSVIWTL TPEGKILDEW FGRTIIRSCT KLSYEHAQSM IESPTEKIPA KELPPISPEH SSEEVHQAVL NLHGIAKQLR QQRFVDGALR LDQLKLAFTL DHETGLPQGC HIYEYRESNK LVEEFMLLAN MAVAHKIHRA FPEQALLRRH PPPQTRMLSD LVEFCDQMGL PVDFSSAGAL NKSLTQTFGD DKYSLARKEV LTNMCSRPMQ MALYFCSGLL QDPAQFRHYA LNVPLYTHFT SPIRRFADVL VHRLLAAALG YRERLDMAPD TLQKQADHCN DRRMASKRVQ ELSTSLFFAV LVKESGPLES EAMVMGILKQ AFDVLVLRYG VQKRIYCNAL ALRSHHFQKV GKKPELTLVW EPEDMEQEPA QQVITIFSLV EVVLQAESTA LKYSAILKRP GTQGHLGPEK EEEESDGEPE DSSTS

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分子 #2: Hairpin E-U7

分子名称: Hairpin E-U7 / タイプ: rna / ID: 2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
UGAGACUUUC GAGUCUUUUU UUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMNaClSodium Chloride
5.0 mMDTTDithiothreitol
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.042 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 62.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm
最大 デフォーカス（補正後）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1102688
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio in cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 226117
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 詳細: stochastic gradient descent
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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