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万見
- EMDB-27819: 3D Reconstruction of PPG Matrix-Landed 20S Proteasome Core Partic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27819
タイトル3D Reconstruction of PPG Matrix-Landed 20S Proteasome Core Particle Protein Complexes
マップデータ
試料
  • 複合体: 20S Proteasome Core Particle
キーワードMatrix-Landed / Mass Spectrometry / CELL CYCLE
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Salome AZ / Westphall MS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118110 米国
引用ジャーナル: Anal Chem / 年: 2022
タイトル: Matrix-Landing Mass Spectrometry for Electron Microscopy Imaging of Native Protein Complexes.
著者: Austin Z Salome / Kenneth W Lee / Timothy Grant / Michael S Westphall / Joshua J Coon /
要旨: Recently, we described the use of a chemical matrix for landing and preserving the cations of protein-protein complexes within a mass spectrometer (MS) instrument. By use of a glycerol-landing ...Recently, we described the use of a chemical matrix for landing and preserving the cations of protein-protein complexes within a mass spectrometer (MS) instrument. By use of a glycerol-landing matrix, we used negative stain transmission electron microscopy (TEM) to obtain a three-dimensional (3D) reconstruction of landed GroEL complexes. Here, we investigate the utilities of other chemical matrices for their abilities to land, preserve, and allow for direct imaging of these cationic particles using TEM. We report here that poly(propylene) glycol (PPG) offers superior performance over glycerol for matrix landing. We demonstrated the utility of the PPG matrix landing using three protein-protein complexes─GroEL, the 20S proteasome core particle, and β-galactosidase─and obtained a 3D reconstruction of each complex from matrix-landed particles. These structures have no detectable differences from the structures obtained using conventional preparation methods, suggesting the structures are well preserved at least to the resolution limit of the reconstructions (∼20 Å). We conclude that matrix landing offers a direct approach to couple native MS with TEM for protein structure determination.
履歴
登録2022年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27819.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27819.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 435.2 Å		3.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 435.2 Å		3.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 435.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.89
最小 - 最大-3.9417577 - 8.956083
平均 (標準偏差)-0.015330709 (±0.84098464)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27819_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27819_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 20S Proteasome Core Particle

全体名称: 20S Proteasome Core Particle
要素
  • 複合体: 20S Proteasome Core Particle

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超分子 #1: 20S Proteasome Core Particle

超分子名称: 20S Proteasome Core Particle / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400
詳細Protein complex solution was ionized and converted to gas-phase via electrospray ionization. Proteasome gas-phase ions were collected for analysis.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 100.0 e/Å2 / 詳細: NanoSprint15 MK-II 15 Mpix camera (AMT Imaging)
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 15695
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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