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- EMDB-27814: Local refinement around RCKW of LRRK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27814
タイトルLocal refinement around RCKW of LRRK1
マップデータLocal refinement of RCKW of LRRK1
試料
  • 複合体: Monomeric structure of LRRK1
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat kinase 1
キーワードmonomer / TRANSFERASE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Reimer JM / Mathea S / Knapp S / Leschziner AE
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-2370-19 米国
Michael J. Fox Foundation18321 米国
Other privateASAP-000519 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107214 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of LRRK1 and mechanisms of autoinhibition and activation.
著者: Janice M Reimer / Andrea M Dickey / Yu Xuan Lin / Robert G Abrisch / Sebastian Mathea / Deep Chatterjee / Elizabeth J Fay / Stefan Knapp / Matthew D Daugherty / Samara L Reck-Peterson / Andres E Leschziner /
要旨: Leucine Rich Repeat Kinase 1 and 2 (LRRK1 and LRRK2) are homologs in the ROCO family of proteins in humans. Despite their shared domain architecture and involvement in intracellular trafficking, ...Leucine Rich Repeat Kinase 1 and 2 (LRRK1 and LRRK2) are homologs in the ROCO family of proteins in humans. Despite their shared domain architecture and involvement in intracellular trafficking, their disease associations are strikingly different: LRRK2 is involved in familial Parkinson's disease while LRRK1 is linked to bone diseases. Furthermore, Parkinson's disease-linked mutations in LRRK2 are typically autosomal dominant gain-of-function while those in LRRK1 are autosomal recessive loss-of-function. Here, to understand these differences, we solved cryo-EM structures of LRRK1 in its monomeric and dimeric forms. Both differ from the corresponding LRRK2 structures. Unlike LRRK2, which is sterically autoinhibited as a monomer, LRRK1 is sterically autoinhibited in a dimer-dependent manner. LRRK1 has an additional level of autoinhibition that prevents activation of the kinase and is absent in LRRK2. Finally, we place the structural signatures of LRRK1 and LRRK2 in the context of the evolution of the LRRK family of proteins.
履歴
登録2022年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27814.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement of RCKW of LRRK1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.286
最小 - 最大-1.2879211 - 2.3781765
平均 (標準偏差)0.00012150854 (±0.038783528)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 334.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B LRRK1, focused refinement on RCKW

ファイルemd_27814_half_map_1.map
注釈Half map B LRRK1, focused refinement on RCKW
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A LRRK1, focused refinement on RCKW

ファイルemd_27814_half_map_2.map
注釈Half map A LRRK1, focused refinement on RCKW
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Monomeric structure of LRRK1

全体名称: Monomeric structure of LRRK1
要素
  • 複合体: Monomeric structure of LRRK1
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat kinase 1

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超分子 #1: Monomeric structure of LRRK1

超分子名称: Monomeric structure of LRRK1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Leucine-rich repeat kinase 1

分子名称: Leucine-rich repeat kinase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SAVCPERAME TLNGAGDTGG KPSTRGGDPA ARSRRTEGIR AAYRRGDRGG ARDLLEEACD QCASQLEKGQ LLSIPAAYGD LEMVRYLLSK RLVELPTEPT DDNPAVVAAY FGHTAVVQEL LESLPGPCSP QRLLNWMLAL ACQRGHLGVV KLLVLTHGAD PESYAVRKNE ...文字列:
SAVCPERAME TLNGAGDTGG KPSTRGGDPA ARSRRTEGIR AAYRRGDRGG ARDLLEEACD QCASQLEKGQ LLSIPAAYGD LEMVRYLLSK RLVELPTEPT DDNPAVVAAY FGHTAVVQEL LESLPGPCSP QRLLNWMLAL ACQRGHLGVV KLLVLTHGAD PESYAVRKNE FPVIVRLPLY AAIKSGNEDI AIFLLRHGAY FCSYILLDSP DPSKHLLRKY FIEASPLPSS YPGKTALRVK WSHLRLPWVD LDWLIDISCQ ITELDLSANC LATLPSVIPW GLINLRKLNL SDNHLGELPG VQSSDEIICS RLLEIDISSN KLSHLPPGFL HLSKLQKLTA SKNCLEKLFE EENATNWIGL RKLQELDISD NKLTELPALF LHSFKSLNSL NVSRNNLKVF PDPWACPLKC CKASRNALEC LPDKMAVFWK NHLKDVDFSE NALKEVPLGL FQLDALMFLR LQGNQLAALP PQEKWTCRQL KTLDLSRNQL GKNEDGLKTK RIAFFTTRGR QRSGTEAASV LEFPAFLSES LEVLCLNDNH LDTVPPSVCL LKSLSELYLG NNPGLRELPP ELGQLGNLWQ LDTEDLTISN VPAEIQKEGP KAMLSYLRAQ LRKAEKCKLM KMIIVGPPRQ GKSTLLEILQ TGRAPQVVHG EATIRTTKWE LQRPAGSRAK VESVEFNVWD IGGPASMATV NQCFFTDKAL YVVVWNLALG EEAVANLQFW LLNIEAKAPN AVVLVVGTHL DLIEAKFRVE RIATLRAYVL ALCRSPSGSR ATGFPDITFK HLHEISCKSL EGQEGLRQLI FHVTCSMKDV GSTIGCQRLA GRLIPRSYLS LQEAVLAEQQ RRSRDDDVQY LTDRQLEQLV EQTPDNDIKD YEDLQSAISF LIETGTLLHF PDTSHGLRNL YFLDPIWLSE CLQRIFNIKG SRSVAKNGVI RAEDLRMLLV GTGFTQQTEE QYFQFLAKFE IALPVANDSY LLPHLLPSKP GLDTHGMRHP TANTIQRVFK MSFVPVGFWQ RFIARMLISL AEMDLQLFEN KKNTKSRNRK VTIYSFTGNQ RNRCSTFRVK RNQTIYWQEG LLVTFDGGYL SVESSDVNWK KKKSGGMKIV CQSEVRDFSA MAFITDHVNS LIDQWFPALT ATESDGTPLM EQYVPCPVCE TAWAQHTDPS EKSEDVQYFD MEDCVLTAIE RDFISCPRHP DLPVPLQELV PELFMTDFPA RLFLENSKLE HSEDEGSVLG QGGSGTVIYR ARYQGQPVAV KRFHIKKFKN FANVPADTML RHLRATDAMK NFSEFRQEAS MLHALQHPCI VALIGISIHP LCFALELAPL SSLNTVLSEN ARDSSFIPLG HMLTQKIAYQ IASGLAYLHK KNIIFCDLKS DNILVWSLDV KEHINIKLSD YGISRQSFHE GALGVEGTPG YQAPEIRPRI VYDEKVDMFS YGMVLYELLS GQRPALGHHQ LQIAKKLSKG IRPVLGQPEE VQFRRLQALM MECWDTKPEK RPLALSVVSQ MKDPTFATFM YELCCGKQTA FFSSQGQEYT VVFWDGKEES RNYTVVNTEK GLMEVQRMCC PGMKVSCQLQ VQRSLWTATE DQKIYIYTLK GMCPLNTPQQ ALDTPAVVTC FLAVPVIKKN SYLVLAGLAD GLVAVFPVVR GTPKDSCSYL CSHTANRSKF SIADEDARQN PYPVKAMEVV NSGSEVWYSN GPGLLVIDCA SLEICRRLEP YMAPSMVTSV VCSSEGRGEE VVWCLDDKAN SLVMYHSTTY QLCARYFCGV PSPLRDMFPV RPLDTEPPAA SHTANPKVPE GDSIADVSIM YSEELGTQIL IHQESLTDYC SMSSYSSSPP RQAARSPSSL PSSPASSSSV PFSTDCEDSD MLHTPGAASD RSEHDLTPMD GETFSQHLQA VKILAVRDLI WVPRRGGDVI VIGLEKDSGA QRGRVIAVLK ARELTPHGVL VDAAVVAKDT VVCTFENENT EWCLAVWRGW GAREFDIFYQ SYEELGRLEA CTRKRR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 50 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 0.5 mM TCEP, 20 uM GDP
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.124 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2630000000000001 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold Q38SD2-F1-model-V2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69361
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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