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- EMDB-27777: Streptomyces venezuelae RNAP transcription open promoter complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27777
タイトルStreptomyces venezuelae RNAP transcription open promoter complex with WhiA and WhiB transcription factors
マップデータStreptomyces venezuelae RNAP transcription open promoter complex with WhiA and WhiB transcription factors
試料
  • 複合体: Streptomyces venezuelae RNAP transcription open promoter complex with WhiA and WhiB transcription factors
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードRNA polymerase / Transcription factor / Iron cluster / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sporulation / dinitrosyl-iron complex binding / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...regulation of sporulation / dinitrosyl-iron complex binding / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein dimerization activity / cell division / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sporulation regulator WhiA / Sporulation transcription regulator WhiA, N-terminal domain / Sporulation regulator WhiA, C-terminal / WhiA, LAGLIDADG-like domain / WhiA C-terminal HTH domain / WhiA N-terminal LAGLIDADG-like domain / WhiA LAGLIDADG-like domain / Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB ...Sporulation regulator WhiA / Sporulation transcription regulator WhiA, N-terminal domain / Sporulation regulator WhiA, C-terminal / WhiA, LAGLIDADG-like domain / WhiA C-terminal HTH domain / WhiA N-terminal LAGLIDADG-like domain / WhiA LAGLIDADG-like domain / Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / RNA polymerase-binding protein RbpA / RbpA superfamily / RNA polymerase-binding protein / Homing endonuclease / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator WhiB / RNA polymerase sigma factor SigA / RNA polymerase-binding protein RbpA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / Probable cell division protein WhiA / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Lilic M / Campbell EA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structural basis of dual activation of cell division by the actinobacterial transcription factors WhiA and WhiB.
著者: Mirjana Lilic / Neil A Holmes / Matthew J Bush / Alexandra K Marti / David A Widdick / Kim C Findlay / Young Joo Choi / Ruby Froom / Steven Koh / Mark J Buttner / Elizabeth A Campbell /
要旨: Studies of transcriptional initiation in different bacterial clades reveal diverse molecular mechanisms regulating this first step in gene expression. The WhiA and WhiB factors are both required to ...Studies of transcriptional initiation in different bacterial clades reveal diverse molecular mechanisms regulating this first step in gene expression. The WhiA and WhiB factors are both required to express cell division genes in Actinobacteria and are essential in notable pathogens such as . The WhiA/B regulons and binding sites have been elucidated in (), where they coordinate to activate sporulation septation. However, how these factors cooperate at the molecular level is not understood. Here we present cryoelectron microscopy structures of transcriptional regulatory complexes comprising RNA polymerase (RNAP) σ-holoenzyme and WhiA and WhiB, in complex with the WhiA/B target promoter . These structures reveal that WhiB binds to domain 4 of σ (σ) of the σ-holoenzyme, bridging an interaction with WhiA while making non-specific contacts with the DNA upstream of the -35 core promoter element. The N-terminal homing endonuclease-like domain of WhiA interacts with WhiB, while the WhiA C-terminal domain (WhiA-CTD) makes base-specific contacts with the conserved WhiA GACAC motif. Notably, the structure of the WhiA-CTD and its interactions with the WhiA motif are strikingly similar to those observed between σ housekeeping σ-factors and the -35 promoter element, suggesting an evolutionary relationship. Structure-guided mutagenesis designed to disrupt these protein-DNA interactions reduces or abolishes developmental cell division in confirming their significance. Finally, we compare the architecture of the WhiA/B σ-holoenzyme promoter complex with the unrelated but model CAP Class I and Class II complexes, showing that WhiA/WhiB represent a new mechanism in bacterial transcriptional activation.
履歴
登録2022年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27777.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27777.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Streptomyces venezuelae RNAP transcription open promoter complex with WhiA and WhiB transcription factors
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324.9 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.26
最小 - 最大-26.2057 - 42.181750000000001
平均 (標準偏差)0.0020328076 (±1.0102842)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27777_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27777_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Streptomyces venezuelae RNAP transcription open promoter complex ...

全体名称: Streptomyces venezuelae RNAP transcription open promoter complex with WhiA and WhiB transcription factors
要素
  • 複合体: Streptomyces venezuelae RNAP transcription open promoter complex with WhiA and WhiB transcription factors
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-binding protein RbpA
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulator WhiB
    • タンパク質・ペプチド: Probable cell division protein WhiA
    • DNA: DNA (78-MER)
    • DNA: DNA (71-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Streptomyces venezuelae RNAP transcription open promoter complex ...

超分子名称: Streptomyces venezuelae RNAP transcription open promoter complex with WhiA and WhiB transcription factors
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
分子量理論値: 36.734641 KDa
配列文字列: MLIAQRPSLT EEVVDEFRSR FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTDLILNI KQLVVSSEH DEPVVMYLRK QGPGLVTAAD IAPPAGVEVH NPDLVLATLN GKGKLEMELT VERGRGYVSA VQNKQVGQEI G RIPVDSIY ...文字列:
MLIAQRPSLT EEVVDEFRSR FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTDLILNI KQLVVSSEH DEPVVMYLRK QGPGLVTAAD IAPPAGVEVH NPDLVLATLN GKGKLEMELT VERGRGYVSA VQNKQVGQEI G RIPVDSIY SPVLKVTYKV EATRVEQRTD FDKLIVDVET KQAMRPRDAM ASAGKTLVEL FGLARELNID AEGIDMGPSP TD AALAADL ALPIEELELT VRSYNCLKRE GIHSVGELVA RSEADLLDIR NFGAKSIDEV KAKLAGMGLA LKDSPPGFDP TAA ADAFGA DDDADAGFVE TEQY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
分子量理論値: 130.458953 KDa
配列文字列: MQGTGTRVVS PSPRKDPLLA ASRNASTNTN NGASTAPLRI SFAKIKEPLE VPNLLALQTE SFDWLLGNAA WKARVEAALE SGQDVPTKS GLEEIFEEIS PIEDFSGSMS LTFRDHRFEP PKNSIDECKD RDFTYGAPLF VTAEFTNNET GEIKSQTVFM G DFPLMTNK ...文字列:
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UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
分子量理論値: 144.614781 KDa
配列文字列: DDVNFFDELR IGLATADDIR QWSHGEVKKP ETINYRTLKP EKDGLFCEKI FGPTRDWECY CGKYKRVRFK GIICERCGVE VTRAKVRRE RMGHIELAAP VTHIWYFKGV PSRLGYLLDL APKDLEKVIY FAAYMITYVD DERRTRDLPS LEAHVSVERQ Q IENRRDSD ...文字列:
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UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
分子量理論値: 9.698903 KDa
配列文字列:
VSSSITAPEG IINPPIDELL EATDSKYSLV IYAAKRARQI NAYYSQLGEG LLEYVGPLVD THVHEKPLSI ALREINAGLL TSEAIEGPA Q

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
分子量理論値: 56.68018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVSASTSRTL PPEIAESESV MALIERGKAD GQIAGDDVRR AFEADQIPPT QWKNVLRSLN QILEEEGVTL MVSAAESPKR ARKSVAAKS PAKRTATKTV TARTTVTKTT VTAAPASAAE DADPADEAGS AAKKTAAKKT VAKKTVAKKT VAKKTAAKKT T SKKDADEL ...文字列:
MVSASTSRTL PPEIAESESV MALIERGKAD GQIAGDDVRR AFEADQIPPT QWKNVLRSLN QILEEEGVTL MVSAAESPKR ARKSVAAKS PAKRTATKTV TARTTVTKTT VTAAPASAAE DADPADEAGS AAKKTAAKKT VAKKTVAKKT VAKKTAAKKT T SKKDADEL VEGEELLEDV APGKGEEEET EGESKGFVLS DEDEDDAPAQ QVAVAGATAD PVKDYLKQIG KVPLLNAEQE VE LAKRIEA GLFAEDKLAN SDKLAPKLKR ELEIIAEDGR RAKNHLLEAN LRLVVSLAKR YTGRGMLFLD LIQEGNLGLI RAV EKFDYT KGYKFSTYAT WWIRQAITRA MADQARTIRI PVHMVEVINK LARVQRQMLQ DLGREPTPEE LAKELDMTPE KVIE VQKYG REPISLHTPL GEDGDSEFGD LIEDSEAVVP ADAVSFTLLQ EQLHSVLDTL SEREAGVVSM RFGLTDGQPK TLDEI GKVY GVTRERIRQI ESKTMSKLRH PSRSQVLRDY LD

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigA

+
分子 #6: RNA polymerase-binding protein RbpA

分子名称: RNA polymerase-binding protein RbpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
分子量理論値: 14.116112 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSERALRGTR LVVTSYETDR GIDLAPRQAV EYACEKGHRF EMPFSVEAEI PPEWECKVCG IQALLVDGDG PEEKKGKPAR THWDMLMER RTREELEEVL AERLAVLRSG AMNIAVHPRD SRKSA

UniProtKB: RNA polymerase-binding protein RbpA

+
分子 #7: Transcriptional regulator WhiB

分子名称: Transcriptional regulator WhiB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
分子量理論値: 10.069341 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTELFQELLV EDADEELGWQ ERALCAQTDP ESFFPEKGGS TREAKKVCLA CEVRSECLEY ALQNDERFGI WGGLSERERR RLKKKAV

UniProtKB: Transcriptional regulator WhiB

+
分子 #8: Probable cell division protein WhiA

分子名称: Probable cell division protein WhiA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
分子量理論値: 37.956402 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH HHHHSSGLEV LFQGPHMTAA VKDEISRLPV TRTCCRKAEV SSILRFAGGL HLVSGRIVIE AELDTAMAAR RLKRDILEI FGHSSELIVM APGGLRRGSR FVVRVVAGGD QLARQTGLVD GRGRPIRGLP PQVVSGATCD AEAAWRGAFL A HGSLTEPG ...文字列:
MGSSHHHHHH HHHHSSGLEV LFQGPHMTAA VKDEISRLPV TRTCCRKAEV SSILRFAGGL HLVSGRIVIE AELDTAMAAR RLKRDILEI FGHSSELIVM APGGLRRGSR FVVRVVAGGD QLARQTGLVD GRGRPIRGLP PQVVSGATCD AEAAWRGAFL A HGSLTEPG RSSSLEVTCP GPEAALALVG AARRLSIAAK AREVRGVDRV VVRDGDAIGA LLTRLGAHES VLAWEERRMR RE VRATANR LANFDDANLR RSARAAVAAG ARVQRALEIL GEEVPEHLAA AGRLRMEHKQ ASLEELGALA DPPLTKDAVA GRI RRLLAM ADKRAQDLGI PGTESNLTEE LDDSLVG

UniProtKB: Probable cell division protein WhiA

+
分子 #9: DNA (78-MER)

分子名称: DNA (78-MER) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
分子量理論値: 30.769604 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG) (DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DG) (DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ...文字列:
(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG) (DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DG) (DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA) (DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC) (DG)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA) (DT)(DC)(DT)(DA)

GENBANK: GENBANK: CP018074.1

+
分子 #10: DNA (71-MER)

分子名称: DNA (71-MER) / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
分子量理論値: 30.942676 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA) (DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DG) (DG)(DG)(DT)(DT)(DC) ...文字列:
(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA) (DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DG) (DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC) (DG)(DG) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT) (DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DA)(DC)

GENBANK: GENBANK: CP018074.1

+
分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #12: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #13: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.44 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7kif

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 184251
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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