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- EMDB-27762: 318 kDa Cas10-Csm effector complex bound to cognate target RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27762
タイトル318 kDa Cas10-Csm effector complex bound to cognate target RNA
マップデータ318 kDa Cas10-Csm effector complex
試料
  • 複合体: 318 kDa Cas10-Csm effector complex bound to cognate target RNA
    • タンパク質・ペプチド: Csm2
    • タンパク質・ペプチド: Csm3
    • タンパク質・ペプチド: Csm4
    • タンパク質・ペプチド: Csm5
    • RNA: crRNA
    • RNA: cognate target RNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas10
キーワードCRISPR / Cas10 / Type III / Csm / RNA BINDING PROTEIN
生物種Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Paraan M / Stagg SM / Dunkle JA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM142966 米国
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2023
タイトル: The structure of a Type III-A CRISPR-Cas effector complex reveals conserved and idiosyncratic contacts to target RNA and crRNA among Type III-A systems.
著者: Mohammadreza Paraan / Mohamed Nasef / Lucy Chou-Zheng / Sarah A Khweis / Allyn J Schoeffler / Asma Hatoum-Aslan / Scott M Stagg / Jack A Dunkle /
要旨: Type III CRISPR-Cas systems employ multiprotein effector complexes bound to small CRISPR RNAs (crRNAs) to detect foreign RNA transcripts and elicit a complex immune response that leads to the ...Type III CRISPR-Cas systems employ multiprotein effector complexes bound to small CRISPR RNAs (crRNAs) to detect foreign RNA transcripts and elicit a complex immune response that leads to the destruction of invading RNA and DNA. Type III systems are among the most widespread in nature, and emerging interest in harnessing these systems for biotechnology applications highlights the need for detailed structural analyses of representatives from diverse organisms. We performed cryo-EM reconstructions of the Type III-A Cas10-Csm effector complex from S. epidermidis bound to an intact, cognate target RNA and identified two oligomeric states, a 276 kDa complex and a 318 kDa complex. 3.1 Å density for the well-ordered 276 kDa complex allowed construction of atomic models for the Csm2, Csm3, Csm4 and Csm5 subunits within the complex along with the crRNA and target RNA. We also collected small-angle X-ray scattering data which was consistent with the 276 kDa Cas10-Csm architecture we identified. Detailed comparisons between the S. epidermidis Cas10-Csm structure and the well-resolved bacterial (S. thermophilus) and archaeal (T. onnurineus) Cas10-Csm structures reveal differences in how the complexes interact with target RNA and crRNA which are likely to have functional ramifications. These structural comparisons shed light on the unique features of Type III-A systems from diverse organisms and will assist in improving biotechnologies derived from Type III-A effector complexes.
履歴
登録2022年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2023年7月5日-
現状2023年7月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27762.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27762.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈318 kDa Cas10-Csm effector complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.846 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.0226691 - 1.7918974
平均 (標準偏差)-0.00023839192 (±0.03885111)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 338.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27762_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27762_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 318 kDa Cas10-Csm effector complex bound to cognate target RNA

全体名称: 318 kDa Cas10-Csm effector complex bound to cognate target RNA
要素
  • 複合体: 318 kDa Cas10-Csm effector complex bound to cognate target RNA
    • タンパク質・ペプチド: Csm2
    • タンパク質・ペプチド: Csm3
    • タンパク質・ペプチド: Csm4
    • タンパク質・ペプチド: Csm5
    • RNA: crRNA
    • RNA: cognate target RNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas10

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超分子 #1: 318 kDa Cas10-Csm effector complex bound to cognate target RNA

超分子名称: 318 kDa Cas10-Csm effector complex bound to cognate target RNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
分子量理論値: 318 KDa

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分子 #1: Csm2

分子名称: Csm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MTFAHEVVKS NVKNVKDRKG KEKQVLFNGL TTSKLRNLME QVNRLYTIAF NSNEDQLNEE FIDELEYLK IKFYYEAGRE KSVDEFLKKT LMFPIIDRVI KKESKKFFLD YCKYFEALVA Y AKYYQKED

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分子 #2: Csm3

分子名称: Csm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MYSKIKISGT IEVVTGLHIG GGGESSMIGA IDSPVVRDLQ TKLPIIPGSS IKGKMRNLLA KHFGLKMKQE SHNQDDERVL RLFGSSEKGN IQRARLQISD AFFSEKTKEH FAQNDIAYTE TKFENTINRL TAVANPRQIE RVTRGSEFDF VFIYNVDEES QVEDDFENIE ...文字列:
MYSKIKISGT IEVVTGLHIG GGGESSMIGA IDSPVVRDLQ TKLPIIPGSS IKGKMRNLLA KHFGLKMKQE SHNQDDERVL RLFGSSEKGN IQRARLQISD AFFSEKTKEH FAQNDIAYTE TKFENTINRL TAVANPRQIE RVTRGSEFDF VFIYNVDEES QVEDDFENIE KAIHLLENDY LGGGGTRGNG RIQFKDTNIE TVVGEYDSTN LKI

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分子 #3: Csm4

分子名称: Csm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MTLATKVFKL SFKTPVHFGK KRLSDGEMTI TADTLFSALF IETLQLGKDT DWLLNDLIIS DTFPYENELY YLPKPLIKID SKEEDNHKAF KKLKYVPVHH YNQYLNGELS AEDATDLNDI FNIGYFSLQT KVSLIAQETD SSADSEPYSV GTFTFEPEAG LYFIAKGSEE ...文字列:
MTLATKVFKL SFKTPVHFGK KRLSDGEMTI TADTLFSALF IETLQLGKDT DWLLNDLIIS DTFPYENELY YLPKPLIKID SKEEDNHKAF KKLKYVPVHH YNQYLNGELS AEDATDLNDI FNIGYFSLQT KVSLIAQETD SSADSEPYSV GTFTFEPEAG LYFIAKGSEE TLDHLNNIMT ALQYSGLGGK RNAGYGQFEY EIINNQQLSK LLNQNGKHSI LLSTAMAKKE EIESALKEAR YILTKRSGFV QSTNYSEMLV KKSDFYSFSS GSVFKNIFNG DIFNVGHNGK HPVYRYAKPL WLEV

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分子 #4: Csm5

分子名称: Csm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MTIKNYEVVI KTLGPIHIGS GQVMKKQDYI YDFYNSKVYM INGNKLVKFL KRKNLLYTYQ NFLRYPPKNP RENGLKDYLD AQNVKQSEWE AFVSYSEKVN QGKKYGNTRP KPLNDLHLMV RDGQNKVYLP GSSIKGAIKT TLVSKYNNEK NKDIYSKIKV SDSKPIDESN ...文字列:
MTIKNYEVVI KTLGPIHIGS GQVMKKQDYI YDFYNSKVYM INGNKLVKFL KRKNLLYTYQ NFLRYPPKNP RENGLKDYLD AQNVKQSEWE AFVSYSEKVN QGKKYGNTRP KPLNDLHLMV RDGQNKVYLP GSSIKGAIKT TLVSKYNNEK NKDIYSKIKV SDSKPIDESN LAIYQKIDIN KSEKSMPLYR ECIDVNTEIK FKLTIEDEIY SINEIEQSIQ DFYKNYYDKW LVGFKETKGG RRFALEGGIP DVLNQNILFL GAGTGFVSKT THYQLKNRKQ AKQDSFEILT KKFRGTYGKM KEIPSNVPVA LKGTTNQSRH TSYQQGMCKV SFQELNNEVL

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分子 #7: Cas10

分子名称: Cas10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MNKKNILMYG SLLHDIGKII YRSGDHTFSR GTHSKLGHQF LSQFSEFKDN EVLDNVAYHH YKELAKANL DNDNTAYITY IADNIASGID RRDIIEEGDE EYEKQLFNFD KYTPLYSVFN I VNSEKLKQ TNGKFKFSNE SNIEYPKTEN IQYSSGNYTT LMKDMSHDLE ...文字列:
MNKKNILMYG SLLHDIGKII YRSGDHTFSR GTHSKLGHQF LSQFSEFKDN EVLDNVAYHH YKELAKANL DNDNTAYITY IADNIASGID RRDIIEEGDE EYEKQLFNFD KYTPLYSVFN I VNSEKLKQ TNGKFKFSNE SNIEYPKTEN IQYSSGNYTT LMKDMSHDLE HKLSIKEGTF PS LLQWTES LWQYVPSSTN KNQLIDISLY DHSRITCAIA SCIFDYLNEN NIHNYKDELF SKY ENTKSF YQKEAFLLLS MDMSGIQDFI YNISGSKALK SLRSRSFYLE LMLEVIVDQL LERL ELARA NLLYTGGGHA YLLVSNTDKV KKKITQFNNE LKKWFMSEFT TDLSLSMAFE KCSGD DLMN TSGNYRTIWR NVSSKLSDIK AHKYSAEDIL KLNHFHSYGD RECKECLRSD IDINDD GLC SICEGIINIS NDLRDKSFFV LSETGKLKMP FNKFISVIDY EEAEMLVQNN NQVRIYS KN KPYIGIGIST NLWMCDYDYA SQNQDMREKG IGSYVDREEG VKRLGVVRAD IDNLGATF I SGIPEKYNSI SRTATLSRQL SLFFKYELNH LLENYQITAI YSGGDDLFLI GAWDDIIEA SIYINDKFKE FTLDKLTLSA GVGMFSGKYP VSKMAFETGR LEEAAKTGEK NQISLWLQEK VYNWDEFKK NILEEKLLVL QQGFSQTDEH GKAFIYKMLA LLRNNEAINI ARLAYLLARS K MNEDFTSK IFNWAQNDKD KNQLITALEY YIYQIREAD

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分子 #5: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 5
配列文字列:
ACGAGAACAC GUAUGCCGAA GUAUAUAAAU CAUCAGUACA AAG

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分子 #6: cognate target RNA

分子名称: cognate target RNA / タイプ: rna / ID: 6
配列文字列:
CUUUGUACUG AUGAUUUAUA UACUUCGGCA UACGUUCUCU AAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris-HCl
150.0 mMNaCl
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 78.0 K / 最高: 92.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5000 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 44.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細All processing was done in cryoSPARC 2.
粒子像選択選択した数: 1400000 / 詳細: Using Topaz as implemented in cryoSPARC.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 164000
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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