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- EMDB-27755: Molecular Mechanism of Sialic Acid Transport Mediated by Sialin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27755
タイトルMolecular Mechanism of Sialic Acid Transport Mediated by Sialin
マップデータhuman Sialin
試料
  • 複合体: Sialin complex with Fab 8B1
    • タンパク質・ペプチド: Sialin
キーワードsialic acid transport / solute carrier transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sialic acid:proton symporter activity / D-glucuronate transmembrane transporter activity / Defective SLC17A5 causes Salla disease (SD) and ISSD / Organic anion transporters / sialic acid transmembrane transporter activity / sialic acid transport / carbohydrate:proton symporter activity / Sialic acid metabolism / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoatomic anion transport ...sialic acid:proton symporter activity / D-glucuronate transmembrane transporter activity / Defective SLC17A5 causes Salla disease (SD) and ISSD / Organic anion transporters / sialic acid transmembrane transporter activity / sialic acid transport / carbohydrate:proton symporter activity / Sialic acid metabolism / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoatomic anion transport / amino acid transport / monoatomic ion transport / response to bacterium / synaptic vesicle membrane / basolateral plasma membrane / lysosome / apical plasma membrane / lysosomal membrane / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Hu W / Zheng H
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126626 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG064672 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL133230 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: The molecular mechanism of sialic acid transport mediated by Sialin.
著者: Wenxin Hu / Congwu Chi / Kunhua Song / Hongjin Zheng /
要旨: Malfunction of the sialic acid transporter caused by various genetic mutations in the gene encoding Sialin leads to a spectrum of neurodegenerative conditions called free sialic acid storage ...Malfunction of the sialic acid transporter caused by various genetic mutations in the gene encoding Sialin leads to a spectrum of neurodegenerative conditions called free sialic acid storage disorders. Unfortunately, how Sialin transports sialic acid/proton (H) and how pathogenic mutations impair its function are poorly defined. Here, we present the structure of human Sialin in an inward-facing partially open conformation determined by cryo-electron microscopy, representing the first high-resolution structure of any human SLC17 member. Our analysis reveals two unique features in Sialin: (i) The H coupling/sensing requires two highly conserved Glu residues (E171 and E175) instead of one (E175) as implied in previous studies; and (ii) the normal function of Sialin requires the stabilization of a cytosolic helix, which has not been noticed in the literature. By mapping known pathogenic mutations, we provide mechanistic explanations for corresponding functional defects. We propose a structure-based mechanism for sialic acid transport mediated by Sialin.
履歴
登録2022年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27755.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27755.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human Sialin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.155
最小 - 最大-0.68034726 - 1.0306395
平均 (標準偏差)0.0021572872 (±0.017529117)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 265.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_27755_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_27755_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sialin complex with Fab 8B1

全体名称: Sialin complex with Fab 8B1
要素
  • 複合体: Sialin complex with Fab 8B1
    • タンパク質・ペプチド: Sialin

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超分子 #1: Sialin complex with Fab 8B1

超分子名称: Sialin complex with Fab 8B1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sialin

分子名称: Sialin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.684168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRSPVRDLAR NDGEESTDRT PLLPGAPRAE AAPVCCSARY NLAILAFFGF FIVYALRVNL SVALVDMVDS NTTLEDNRTS KACPEHSAP IKVHHNQTGK KYQWDAETQG WILGSFFYGY IITQIPGGYV ASKIGGKMLL GFGILGTAVL TLFTPIAADL G VGPLIVLR ...文字列:
MRSPVRDLAR NDGEESTDRT PLLPGAPRAE AAPVCCSARY NLAILAFFGF FIVYALRVNL SVALVDMVDS NTTLEDNRTS KACPEHSAP IKVHHNQTGK KYQWDAETQG WILGSFFYGY IITQIPGGYV ASKIGGKMLL GFGILGTAVL TLFTPIAADL G VGPLIVLR ALEGLGEGVT FPAMHAMWSS WAPPLERSKL LSISYAGAQL GTVISLPLSG IICYYMNWTY VFYFFGTIGI FW FLLWIWL VSDTPQKHKR ISHYEKEYIL SSLRNQLSSQ KSVPWVPILK SLPLWAIVVA HFSYNWTFYT LLTLLPTYMK EIL RFNVQE NGFLSSLPYL GSWLCMILSG QAADNLRAKW NFSTLCVRRI FSLIGMIGPA VFLVAAGFIG CDYSLAVAFL TIST TLGGF CSSGFSINHL DIAPSYAGIL LGITNTFATI PGMVGPVIAK SLTPDNTVGE WQTVFYIAAA INVFGAIFFT LFAKG EVQN WALNDHHGHR H

UniProtKB: Sialin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 57.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 394078
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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