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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27749 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with anti-SARS-CoV-2 DARPin,SR22, and two antibody Fabs, S309 and CR3022 | |||||||||
マップデータ | cryo-EM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with anti SARS-CoV-2 DARPin (SR22) and two antibody Fabs, S309 and CR3022 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.11 Å | |||||||||
データ登録者 | Kwon YD / Gorman J / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023 タイトル: A potent and broad neutralization of SARS-CoV-2 variants of concern by DARPins. 著者: Vikas Chonira / Young D Kwon / Jason Gorman / James Brett Case / Zhiqiang Ku / Rudo Simeon / Ryan G Casner / Darcy R Harris / Adam S Olia / Tyler Stephens / Lawrence Shapiro / Michael F ...著者: Vikas Chonira / Young D Kwon / Jason Gorman / James Brett Case / Zhiqiang Ku / Rudo Simeon / Ryan G Casner / Darcy R Harris / Adam S Olia / Tyler Stephens / Lawrence Shapiro / Michael F Bender / Hannah Boyd / I-Ting Teng / Yaroslav Tsybovsky / Florian Krammer / Ningyan Zhang / Michael S Diamond / Peter D Kwong / Zhiqiang An / Zhilei Chen / 要旨: We report the engineering and selection of two synthetic proteins-FSR16m and FSR22-for the possible treatment of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection. FSR16m and ...We report the engineering and selection of two synthetic proteins-FSR16m and FSR22-for the possible treatment of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection. FSR16m and FSR22 are trimeric proteins composed of DARPin SR16m or SR22 fused with a T4 foldon. Despite selection by a spike protein from a now historical SARS-CoV-2 strain, FSR16m and FSR22 exhibit broad-spectrum neutralization of SARS-CoV-2 strains, inhibiting authentic B.1.351, B.1.617.2 and BA.1.1 viruses, with respective IC values of 3.4, 2.2 and 7.4 ng ml for FSR16m. Cryo-EM structures revealed that these DARPins recognize a region of the receptor-binding domain (residues 456, 475, 486, 487 and 489) overlapping a critical portion of the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2)-binding surface. K18-hACE2 transgenic mice inoculated with B.1.617.2 and receiving intranasally administered FSR16m showed less weight loss and 10-100-fold lower viral burden in upper and lower respiratory tracts. The strong and broad neutralization potency makes FSR16m and FSR22 promising candidates for the prevention and treatment of infection by SARS-CoV-2. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27749.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27749-v30.xml emd-27749.xml | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27749_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27749.png | 88.7 KB | ||
その他 | emd_27749_half_map_1.map.gz emd_27749_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27749 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27749 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27749.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with anti SARS-CoV-2 DARPin (SR22) and two antibody Fabs, S309 and CR3022 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.873 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: cryo-EM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with...
ファイル | emd_27749_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with anti SARS-CoV-2 DARPin (SR22) and two antibody Fabs, S309 and CR3022 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cryo-EM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with...
ファイル | emd_27749_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with anti SARS-CoV-2 DARPin (SR22) and two antibody Fabs, S309 and CR3022 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : DARPin SR22 in complex with SARS-CoV-2 RBD and antibody Fabs, S30...
全体 | 名称: DARPin SR22 in complex with SARS-CoV-2 RBD and antibody Fabs, S309 and CR3022 |
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要素 |
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-超分子 #1: DARPin SR22 in complex with SARS-CoV-2 RBD and antibody Fabs, S30...
超分子 | 名称: DARPin SR22 in complex with SARS-CoV-2 RBD and antibody Fabs, S309 and CR3022 タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: DARPin SR22 in complex with SARS-CoV-2 RBD and antibody Fabs, S309 and CR3022 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-分子 #1: SR22
分子 | 名称: SR22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 16.428541 KDa |
配列 | 文字列: GKKLLEAARA GQDDEVRILM ANGADVNACD PSGITPLHLA ADKGHLEIVE VLLKYGADVN AMDVWGRTPL HLAAFTGHLE IVEVLLKYG ADVNACDLNG YTPLHLAAGR GHLEIVEVLL KNGAGVNAQD KFGKTAFDIS IDNGNEDLAE ILQSSS |
-分子 #2: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
分子量 | 理論値: 22.100758 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: PNITNLCPFG EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NSASFSTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIRGDEVRQ IAPGQTGKI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NNLDSKVGGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGST PCNGVEGFNC Y FPLQSYGF ...文字列: PNITNLCPFG EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NSASFSTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIRGDEVRQ IAPGQTGKI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NNLDSKVGGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGST PCNGVEGFNC Y FPLQSYGF QPTNGVGYQP YRVVVLSFEL LHAPATVCG |
-分子 #3: Antibody S309 light chain
分子 | 名称: Antibody S309 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.204697 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQTVS STSLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQHDTSLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQTVS STSLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQHDTSLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #4: Antibody S309 heavy chain
分子 | 名称: Antibody S309 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.573471 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYPFT SYGISWVRQA PGQGLEWMGW ISTYNGNTNY AQKFQGRVTM TTDTSTTTGY MELRRLRSD DTAVYYCARD YTRGAWFGES LIGGFDNWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYPFT SYGISWVRQA PGQGLEWMGW ISTYNGNTNY AQKFQGRVTM TTDTSTTTGY MELRRLRSD DTAVYYCARD YTRGAWFGES LIGGFDNWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SC |
-分子 #5: Antibody CR3022 heavy chain
分子 | 名称: Antibody CR3022 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.382369 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TQMQLVQSGT EVKKPGESLK ISCKGSGYGF ITYWIGWVRQ MPGKGLEWMG IIYPGDSETR YSPSFQGQVT ISADKSINTA YLQWSSLKA SDTAIYYCAG GSGISTPMDV WGQGTTVTVA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV ...文字列: TQMQLVQSGT EVKKPGESLK ISCKGSGYGF ITYWIGWVRQ MPGKGLEWMG IIYPGDSETR YSPSFQGQVT ISADKSINTA YLQWSSLKA SDTAIYYCAG GSGISTPMDV WGQGTTVTVA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSC |
-分子 #6: Antibody CR3022 light chain
分子 | 名称: Antibody CR3022 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.289885 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQLTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YSSINKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDV AVYYCQQYYS TPYTFGQGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES ...文字列: DIQLTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YSSINKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDV AVYYCQQYYS TPYTFGQGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 10 mM HEPES, 7.4, 150 mM NaCl |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.2 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |