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- EMDB-27747: Electron cryotomogram of Geobacter sulfurreducens cell. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27747
タイトルElectron cryotomogram of Geobacter sulfurreducens cell.
マップデータTomograph of a Geobacter sulfurreducens cell grown directly on a grid poised at -0.07 V vs. SHE.
試料
  • 細胞: Geobacter sulfurreducens cell
生物種Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Howley ET / Williams DR / Torres CI
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Office of Naval Research (ONR)N0014-20-1-2269 米国
引用ジャーナル: NPJ Biofilms Microbiomes / 年: 2023
タイトル: Intracytoplasmic membranes develop in Geobacter sulfurreducens under thermodynamically limiting conditions.
著者: Ethan Howley / Anna Mangus / Dewight Williams / César I Torres /
要旨: Geobacter sulfurreducens is an electroactive bacterium capable of reducing metal oxides in the environment and electrodes in engineered systems. Geobacter sp. are the keystone organisms in ...Geobacter sulfurreducens is an electroactive bacterium capable of reducing metal oxides in the environment and electrodes in engineered systems. Geobacter sp. are the keystone organisms in electrogenic biofilms, as their respiration consumes fermentation products produced by other organisms and reduces a terminal electron acceptor e.g. iron oxide or an electrode. To respire extracellular electron acceptors with a wide range of redox potentials, G. sulfurreducens has a complex network of respiratory proteins, many of which are membrane-bound. We have identified intracytoplasmic membrane (ICM) structures in G. sulfurreducens. This ICM is an invagination of the inner membrane that has folded and organized by an unknown mechanism, often but not always located near the tip of a cell. Using confocal microscopy, we can identify that at least half of the cells contain an ICM when grown on low potential anode surfaces, whereas cells grown at higher potential anode surfaces or using fumarate as electron acceptor had significantly lower ICM frequency. 3D models developed from cryo-electron tomograms show the ICM to be a continuous extension of the inner membrane in contact with the cytoplasmic and periplasmic space. The differential abundance of ICM in cells grown under different thermodynamic conditions supports the hypothesis that it is an adaptation to limited energy availability, as an increase in membrane-bound respiratory proteins could increase electron flux. Thus, the ICM provides extra inner-membrane surface to increase the abundance of these proteins. G. sulfurreducens is the first Thermodesulfobacterium or metal-oxide reducer found to produce ICMs.
履歴
登録2022年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2023年4月19日-
現状2023年4月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27747.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27747.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 901.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Tomograph of a Geobacter sulfurreducens cell grown directly on a grid poised at -0.07 V vs. SHE.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.408 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)47.676456 (±5.5215745)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-169-118215
サイズ15041530411
Spacing15301504411
セルA: 11334.24 Å / B: 11141.632 Å / C: 3044.688 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Geobacter sulfurreducens cell

全体名称: Geobacter sulfurreducens cell
要素
  • 細胞: Geobacter sulfurreducens cell

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超分子 #1: Geobacter sulfurreducens cell

超分子名称: Geobacter sulfurreducens cell / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cell was grown directly on the grid, with the grid poised at a potential of -0.07 V vs. SHE to serve as an electron acceptor for the cell.
由来(天然)生物種: Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: EMS / 直径: 6 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: eTomo / 使用した粒子像数: 65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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