[日本語] English
万見
- EMDB-27738: Negative stain EM map of the heterodimeric p110gamma-p84 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27738
タイトルNegative stain EM map of the heterodimeric p110gamma-p84 complex
マップデータNegative stain EM ab initio model of the heterodimeric p110gamma-p84 complex
試料
  • 複合体: Ternary complex of p110 gamma with p84
キーワードPI3K / p110 / PIK3CG / phosphoinositide / PIK3R6 / p84/p87 / 3-kinase / PIP3 / IMMUNE SYSTEM / TRANSFERASE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.1 Å
データ登録者Burke JE / Dalwadi U / Rathinaswamy MK / Yip CK / Nam SE
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)168998 カナダ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for differential activation of p101 and p84 complexes of PI3Kγ by Ras and GPCRs.
著者: Manoj K Rathinaswamy / Meredith L Jenkins / Benjamin R Duewell / Xuxiao Zhang / Noah J Harris / John T Evans / Jordan T B Stariha / Udit Dalwadi / Kaelin D Fleming / Harish Ranga-Prasad / ...著者: Manoj K Rathinaswamy / Meredith L Jenkins / Benjamin R Duewell / Xuxiao Zhang / Noah J Harris / John T Evans / Jordan T B Stariha / Udit Dalwadi / Kaelin D Fleming / Harish Ranga-Prasad / Calvin K Yip / Roger L Williams / Scott D Hansen / John E Burke /
要旨: Class IB phosphoinositide 3-kinase (PI3Kγ) is activated in immune cells and can form two distinct complexes (p110γ-p84 and p110γ-p101), which are differentially activated by G protein-coupled ...Class IB phosphoinositide 3-kinase (PI3Kγ) is activated in immune cells and can form two distinct complexes (p110γ-p84 and p110γ-p101), which are differentially activated by G protein-coupled receptors (GPCRs) and Ras. Using a combination of X-ray crystallography, hydrogen deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS), electron microscopy, molecular modeling, single-molecule imaging, and activity assays, we identify molecular differences between p110γ-p84 and p110γ-p101 that explain their differential membrane recruitment and activation by Ras and GPCRs. The p110γ-p84 complex is dynamic compared with p110γ-p101. While p110γ-p101 is robustly recruited by Gβγ subunits, p110γ-p84 is weakly recruited to membranes by Gβγ subunits alone and requires recruitment by Ras to allow for Gβγ activation. We mapped two distinct Gβγ interfaces on p101 and the p110γ helical domain, with differences in the C-terminal domain of p84 and p101 conferring sensitivity of p110γ-p101 to Gβγ activation. Overall, our work provides key insight into the molecular basis for how PI3Kγ complexes are activated.
履歴
登録2022年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_27738.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27738.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM ab initio model of the heterodimeric p110gamma-p84 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.67 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.42
最小 - 最大-0.11330669 - 8.215298000000001
平均 (標準偏差)0.11702216 (±0.6311536)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 336.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_27738_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_27738_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Ternary complex of p110 gamma with p84

全体名称: Ternary complex of p110 gamma with p84
要素
  • 複合体: Ternary complex of p110 gamma with p84

-
超分子 #1: Ternary complex of p110 gamma with p84

超分子名称: Ternary complex of p110 gamma with p84 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Both p110 and p84 subunits are from Homo sapiens
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris(hydroxymethyl)aminomethane-Hydrochloric acid
100.0 mMSodium ChlorideNaCl
50.0 mMAmmonium Sulfate(NH4)2SO4
0.5 mMTris(2-carboxyethyl)phosphine

詳細: Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22 um filter and degassed
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: Negative stain EM samples prepares by adsorbing samples on grid for 15 second, followed by blotting of sample, 2 washes with water, 1 wash with stain, and a final 30 second soak in stain and blot.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
詳細Specimen was a 1:1 molar ratio of p110g to p84, purified to homogeneity by gel filtration.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 50 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 6.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細CTF estimation and manual particle picking were done using Relion 3.0.8. Manually picked particles were 2D classified into 4 classes and used as templates for autopicking. Autopicked particles were exported to cryoSPARC 2.14.2 and subjected to 2D classification. Particles which classified well were selected and used to generate an ab initio 3D reconstruction.
粒子像選択選択した数: 20610
詳細: Particles were picked using the cryoSPARC template picker.
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.3) / 使用した粒子像数: 10344
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2) / 詳細: cryoSPARC SGD-based ab intio reconstruction
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 詳細: cryoSPARC non-uniform refinement
最終 3次元分類クラス数: 50 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る