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- EMDB-27730: SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affini... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27730
タイトルSARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432
マップデータSARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432
    • 複合体: Spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: Angiotensin-converting enzyme 2,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain fusion
      • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain fusion,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV-2 / Spike / Receptor-binding domain / ACE2 receptor traps / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction ...immunoglobulin complex / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of transmembrane transporter activity / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / adaptive immune response / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / Potential therapeutics for SARS / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / cilium / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / receptor ligand activity / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain ...Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者QCRG Structural Biology Consortium / Remesh SG / Merz GE / Brilot AF / Chio U / Verba KA
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Department of Defense (DOD, United States)HR0011-19-2-0020 米国
Chan Zuckerberg Initiative 米国
Mercatus CenterEmergent Ventures #2154 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Computational pipeline provides mechanistic understanding of Omicron variant of concern neutralizing engineered ACE2 receptor traps.
著者: Soumya G Remesh / Gregory E Merz / Axel F Brilot / Un Seng Chio / Alexandrea N Rizo / Thomas H Pospiech / Irene Lui / Mathew T Laurie / Jeff Glasgow / Chau Q Le / Yun Zhang / Devan Diwanji / ...著者: Soumya G Remesh / Gregory E Merz / Axel F Brilot / Un Seng Chio / Alexandrea N Rizo / Thomas H Pospiech / Irene Lui / Mathew T Laurie / Jeff Glasgow / Chau Q Le / Yun Zhang / Devan Diwanji / Evelyn Hernandez / Jocelyne Lopez / Hevatib Mehmood / Komal Ishwar Pawar / Sergei Pourmal / Amber M Smith / Fengbo Zhou / / Joseph DeRisi / Tanja Kortemme / Oren S Rosenberg / Anum Glasgow / Kevin K Leung / James A Wells / Kliment A Verba /
要旨: The SARS-CoV-2 Omicron variant, with 15 mutations in Spike receptor-binding domain (Spike-RBD), renders virtually all clinical monoclonal antibodies against WT SARS-CoV-2 ineffective. We recently ...The SARS-CoV-2 Omicron variant, with 15 mutations in Spike receptor-binding domain (Spike-RBD), renders virtually all clinical monoclonal antibodies against WT SARS-CoV-2 ineffective. We recently engineered the SARS-CoV-2 host entry receptor, ACE2, to tightly bind WT-RBD and prevent viral entry into host cells ("receptor traps"). Here we determine cryo-EM structures of our receptor traps in complex with stabilized Spike ectodomain. We develop a multi-model pipeline combining Rosetta protein modeling software and cryo-EM to allow interface energy calculations even at limited resolution and identify interface side chains that allow for high-affinity interactions between our ACE2 receptor traps and Spike-RBD. Our structural analysis provides a mechanistic rationale for the high-affinity (0.53-4.2 nM) binding of our ACE2 receptor traps to Omicron-RBD confirmed with biolayer interferometry measurements. Finally, we show that ACE2 receptor traps potently neutralize Omicron and Delta pseudotyped viruses, providing alternative therapeutic routes to combat this evolving virus.
履歴
登録2022年7月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27730.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432
投影像・断面図

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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 400 pix.
= 500.4 Å		1.25 Å/pix.
x 400 pix.
= 500.4 Å		1.25 Å/pix.
x 400 pix.
= 500.4 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.251 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.38
最小 - 最大-1.0928541 - 6.5364394
平均 (標準偏差)0.0005993817 (±0.037659805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 500.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27730_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity...

ファイルemd_27730_additional_1.map
注釈SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432
投影像・断面図
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追加マップ: SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity...

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注釈SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432
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ハーフマップ: SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity...

ファイルemd_27730_half_map_1.map
注釈SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432
投影像・断面図
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ハーフマップ: SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity...

ファイルemd_27730_half_map_2.map
注釈SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432
投影像・断面図
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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike bound to linker variant of affinity m...

全体名称: SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432
    • 複合体: Spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: Angiotensin-converting enzyme 2,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain fusion
      • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain fusion,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike bound to linker variant of affinity m...

超分子名称: SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Spike glycoprotein

超分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: Angiotensin-converting enzyme 2,Immunoglobulin gamma-1 heavy chai...

超分子名称: Angiotensin-converting enzyme 2,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain fusion
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 133.75325 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQ

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Angiotensin-converting enzyme 2,Immunoglobulin gamma-1 heavy chai...

分子名称: Angiotensin-converting enzyme 2,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain fusion,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: angiotensin-converting enzyme 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 110.531703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QSTIEEQAKT FLDFFDSQAE DLFYQSSLAS WNYNTNITEE NVQNMNNAGD KWSAFLKEQS TLAQMYPLQE IQNLTVKLQL QALQQNGSS VLSEDKSKRL NTILNTMSTI YSTGKVCNPD NPQECLLLEP GLNEIMANSL DYNERLWAWE SWRSEVGKQL R PLYEEYVV ...文字列:
QSTIEEQAKT FLDFFDSQAE DLFYQSSLAS WNYNTNITEE NVQNMNNAGD KWSAFLKEQS TLAQMYPLQE IQNLTVKLQL QALQQNGSS VLSEDKSKRL NTILNTMSTI YSTGKVCNPD NPQECLLLEP GLNEIMANSL DYNERLWAWE SWRSEVGKQL R PLYEEYVV LKNEMARANH YEDYGDYWRG DYEVNGVDGY DYSRGQLIED VEHTFEEIKP LYEHLHAYVR AKLMNAYPSY IS PIGCLPA HLLGDMWGRF WTNLYSLTVP FGQKPNIDVT DAMVDQAWDA QRIFKEAEKF FVSVGLPNMT QGFWENSMLT DPG NVQKAV CHPTAWDLGK GDFRILMCTK VTMDDFLTAH HEMGHIQYDM AYAAQPFLLR NGANEGFHEA VGEIMSLSAA TPKH LKSIG LLSPDFQEDN ETEINFLLKQ ALTIVGTLPF TYMLEKWRWM VFKGEIPKDQ WMKKWWEMKR EIVGVVEPVP HDETY CDPA SLFHVSNDYS FIRYYTRTLY QFQFQEALCQ AAKHEGPLHK CDISNSTEAG QKLFNMLRLG KSEPWTLALE NVVGAK NMN VRPLLNYFEP LFTWLKDQNK NSFVGWSTDW SPYADQSIKV RISLKSALGD KAYEWNDNEM YLFRSSVAYA MRQYFLK VK NQMILFGEED VRVANLKPRI SFNFFVTAPK NVSDIIPRTE VEKAIRMSRS RINDAFRLND NSLEFLGIQP TLGPPNQP P VSGSSGGGGS GGGGEPKSCD KTHTCPPCPA PELLGGPSVF LFPPKPKDTL MISRTPEVTC VVVDVSHEDP EVKFNWYVD GVEVHNAKTK PREEQYNSTY RVVSVLTVLH QDWLNGKEYK CKVSNKALPA PIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSRDELTK NQVSLTCLV KGFYPSDIAV EWESNGQPEN NYKTTPPVLD SDGSFFLYSK LTVDKSRWQQ GNVFSCSVMH EALHNHYTQK S LSLSPGK

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme 2, Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Tris-HCl
200.0 mMNaClSodium Chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.0 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 10685 / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 97082
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cisTEM
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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