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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27714 | |||||||||
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タイトル | Tail of P1 bacteriophage | |||||||||
マップデータ | Tail of P1 bacteriophage | |||||||||
試料 |
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キーワード | phage tail / helical / cryo-TEM / CONTRACTILE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Escherichia phage P1 (ファージ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | |||||||||
データ登録者 | Sen A / Bhatt V / Kim K / Bouchet-Marquis C | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Tail of P1 bacteriophage 著者: Sen A / Bhatt V / Kim K / Bouchet-Marquis C | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27714.map.gz | 483.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27714-v30.xml emd-27714.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27714.png | 209.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27714.cif.gz | 4.7 KB | ||
その他 | emd_27714_half_map_1.map.gz emd_27714_half_map_2.map.gz | 77.4 MB 77.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27714 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27714 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27714_validation.pdf.gz | 954.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27714_full_validation.pdf.gz | 954.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27714_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27714_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27714 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27714 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27714.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tail of P1 bacteriophage | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.69445 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map of Tail of P1 bacteriophage
ファイル | emd_27714_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of Tail of P1 bacteriophage | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map of Tail of P1 bacteriophage
ファイル | emd_27714_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of Tail of P1 bacteriophage | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia phage P1
全体 | 名称: Escherichia phage P1 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia phage P1
超分子 | 名称: Escherichia phage P1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2886926 / 生物種: Escherichia phage P1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Phage tail protein
分子 | 名称: Phage tail protein / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage P1 (ファージ) |
配列 | 文字列: MQRSWFNHRL TSAKQKSLLY KSLADLVQSM MDTFVDPWLE RITN RKSIF SMSKEDLETR TNELGQFFTI RTSNSSSVPM LLQQRLDEIH FKGTERPINQ TIY REFNGI SVLWDPIYAP VDLERHPYGT VLIPESTLET TGGTFGEMFL TSRGMISIPI ND LARTMGI ...文字列: MQRSWFNHRL TSAKQKSLLY KSLADLVQSM MDTFVDPWLE RITN RKSIF SMSKEDLETR TNELGQFFTI RTSNSSSVPM LLQQRLDEIH FKGTERPINQ TIY REFNGI SVLWDPIYAP VDLERHPYGT VLIPESTLET TGGTFGEMFL TSRGMISIPI ND LARTMGI TGTIDQSAIT EEILRKFNQF VKPLLPLHIV FDGLTLYLSV VVNEHADMIT L NEISDTEK AYCWFETSDT TSLTGVTSIS APITATPGGT IVKATPTFDR TRADDLLLDS DA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均露光時間: 9.4 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 73000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 39.15 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 19.32 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 119472 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |