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万見
- EMDB-27654: A subtomogram average of H. neapolitanus Rubisco within alpha-car... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27654
タイトルA subtomogram average of H. neapolitanus Rubisco within alpha-carboxysomes
マップデータSubtomogram average of Rubisco within H. neapolitanus alpha-carboxysome. Contour level for best display of interior.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Rubisco within the alpha-carboxysome
キーワードCarbon fixation / alpha-carboxysome / enzyme / LYASE
生物種Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Metskas LA / Blikstad C / Laughlin T / Savage DF / Jensen GJ
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F32GM135994-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI127401 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM129241 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Rubisco forms a lattice inside alpha-carboxysomes.
著者: Lauren Ann Metskas / Davi Ortega / Luke M Oltrogge / Cecilia Blikstad / Derik R Lovejoy / Thomas G Laughlin / David F Savage / Grant J Jensen /
要旨: Despite the importance of microcompartments in prokaryotic biology and bioengineering, structural heterogeneity has prevented a complete understanding of their architecture, ultrastructure, and ...Despite the importance of microcompartments in prokaryotic biology and bioengineering, structural heterogeneity has prevented a complete understanding of their architecture, ultrastructure, and spatial organization. Here, we employ cryo-electron tomography to image α-carboxysomes, a pseudo-icosahedral microcompartment responsible for carbon fixation. We have solved a high-resolution subtomogram average of the Rubisco cargo inside the carboxysome, and determined the arrangement of the enzyme. We find that the H. neapolitanus Rubisco polymerizes in vivo, mediated by the small Rubisco subunit. These fibrils can further pack to form a lattice with six-fold pseudo-symmetry. This arrangement preserves freedom of motion and accessibility around the Rubisco active site and the binding sites for two other carboxysome proteins, CsoSCA (a carbonic anhydrase) and the disordered CsoS2, even at Rubisco concentrations exceeding 800 μM. This characterization of Rubisco cargo inside the α-carboxysome provides insight into the balance between order and disorder in microcompartment organization.
履歴
登録2022年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27654.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27654.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of Rubisco within H. neapolitanus alpha-carboxysome. Contour level for best display of interior.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 160 pix.
= 176.64 Å		1.1 Å/pix.
x 160 pix.
= 176.64 Å		1.1 Å/pix.
x 160 pix.
= 176.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.104 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.588
最小 - 最大-6.1842604 - 5.3301263
平均 (標準偏差)0.048541438 (±0.7444289)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 176.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27654_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1, unfiltered

ファイルemd_27654_half_map_1.map
注釈Half-map 1, unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2, unfiltered

ファイルemd_27654_half_map_2.map
注釈Half-map 2, unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rubisco within the alpha-carboxysome

全体名称: Rubisco within the alpha-carboxysome
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Rubisco within the alpha-carboxysome

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超分子 #1: Rubisco within the alpha-carboxysome

超分子名称: Rubisco within the alpha-carboxysome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Subtomogram average of Rubisco within carboxysomes purified from H. neapolitanus
由来(天然)生物種: Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
細胞中の位置: Alpha-carboxysome

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Purified alpha-carboxysome

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア:
名称詳細
Dynamo (ver. 1.1.333)Final subtomogram average
RELION (ver. 3.1)Final post-processed map

使用したサブトモグラム数: 24698
抽出トモグラム数: 62 / 使用した粒子像数: 32930
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / 詳細: weighted back projection
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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