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万見
- EMDB-27608: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27608
タイトルBG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 epitope pAbs
マップデータRh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 pAbs (main map)
試料
  • 複合体: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 epitope pAbs
    • 複合体: Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 epitope pAbs
    • 複合体: BG505 MD39 SOSIP
キーワードpolyclonal antibodies / HIV-1 / Env / non-human primate / VIRAL PROTEIN
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Sewall LM / Richey ST / Ozorowski G / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI144462 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Long-primed germinal centres with enduring affinity maturation and clonal migration.
著者: Jeong Hyun Lee / Henry J Sutton / Christopher A Cottrell / Ivy Phung / Gabriel Ozorowski / Leigh M Sewall / Rebecca Nedellec / Catherine Nakao / Murillo Silva / Sara T Richey / Jonathan L ...著者: Jeong Hyun Lee / Henry J Sutton / Christopher A Cottrell / Ivy Phung / Gabriel Ozorowski / Leigh M Sewall / Rebecca Nedellec / Catherine Nakao / Murillo Silva / Sara T Richey / Jonathan L Torres / Wen-Hsin Lee / Erik Georgeson / Michael Kubitz / Sam Hodges / Tina-Marie Mullen / Yumiko Adachi / Kimberly M Cirelli / Amitinder Kaur / Carolina Allers / Marissa Fahlberg / Brooke F Grasperge / Jason P Dufour / Faith Schiro / Pyone P Aye / Oleksandr Kalyuzhniy / Alessia Liguori / Diane G Carnathan / Guido Silvestri / Xiaoying Shen / David C Montefiori / Ronald S Veazey / Andrew B Ward / Lars Hangartner / Dennis R Burton / Darrell J Irvine / William R Schief / Shane Crotty /
要旨: Germinal centres are the engines of antibody evolution. Here, using human immunodeficiency virus (HIV) Env protein immunogen priming in rhesus monkeys followed by a long period without further ...Germinal centres are the engines of antibody evolution. Here, using human immunodeficiency virus (HIV) Env protein immunogen priming in rhesus monkeys followed by a long period without further immunization, we demonstrate germinal centre B (B) cells that last for at least 6 months. A 186-fold increase in B cells was present by week 10 compared with conventional immunization. Single-cell transcriptional profiling showed that both light- and dark-zone germinal centre states were sustained. Antibody somatic hypermutation of B cells continued to accumulate throughout the 29-week priming period, with evidence of selective pressure. Env-binding B cells were still 49-fold above baseline at 29 weeks, which suggests that they could remain active for even longer periods of time. High titres of HIV-neutralizing antibodies were generated after a single booster immunization. Fully glycosylated HIV trimer protein is a complex antigen, posing considerable immunodominance challenges for B cells. Memory B cells generated under these long priming conditions had higher levels of antibody somatic hypermutation, and both memory B cells and antibodies were more likely to recognize non-immunodominant epitopes. Numerous B cell lineage phylogenies spanning more than the 6-month germinal centre period were identified, demonstrating continuous germinal centre activity and selection for at least 191 days with no further antigen exposure. A long-prime, slow-delivery (12 days) immunization approach holds promise for difficult vaccine targets and suggests that patience can have great value for tuning of germinal centres to maximize antibody responses.
履歴
登録2022年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月24日-
マップ公開2022年8月24日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27608.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 pAbs (main map)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 192 pix.
= 339.84 Å		1.77 Å/pix.
x 192 pix.
= 339.84 Å		1.77 Å/pix.
x 192 pix.
= 339.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.04006954 - 0.07976685
平均 (標準偏差)0.00038235533 (±0.0053186663)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 339.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 pAbs (half map 1)

ファイルemd_27608_half_map_1.map
注釈Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 pAbs (half map 1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 pAbs (half map 1)

ファイルemd_27608_half_map_2.map
注釈Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 pAbs (half map 1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and...

全体名称: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 epitope pAbs
要素
  • 複合体: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 epitope pAbs
    • 複合体: Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 epitope pAbs
    • 複合体: BG505 MD39 SOSIP

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超分子 #1: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and...

超分子名称: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 epitope pAbs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 epitope pAbs

超分子名称: Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 epitope pAbs / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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超分子 #3: BG505 MD39 SOSIP

超分子名称: BG505 MD39 SOSIP / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4zmj

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 4237
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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