[日本語] English
万見
- EMDB-27593: The structure of S. epidermidis Cas10-Csm bound to target RNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27593
タイトルThe structure of S. epidermidis Cas10-Csm bound to target RNA
マップデータCas10-Csm complex bound to crRNA and target RNA.
試料
  • 複合体: Cas10-Csm complex bound to target RNA
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
    • RNA: crRNA
    • RNA: Target RNA
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm5
キーワードCRISPR / Cas10 / Type III / Csm / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR system Cms protein Csm4 / CRISPR system Cms protein Csm5
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Paraan M / Stagg SM / Dunkle JA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM142966 米国
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2023
タイトル: The structure of a Type III-A CRISPR-Cas effector complex reveals conserved and idiosyncratic contacts to target RNA and crRNA among Type III-A systems.
著者: Mohammadreza Paraan / Mohamed Nasef / Lucy Chou-Zheng / Sarah A Khweis / Allyn J Schoeffler / Asma Hatoum-Aslan / Scott M Stagg / Jack A Dunkle /
要旨: Type III CRISPR-Cas systems employ multiprotein effector complexes bound to small CRISPR RNAs (crRNAs) to detect foreign RNA transcripts and elicit a complex immune response that leads to the ...Type III CRISPR-Cas systems employ multiprotein effector complexes bound to small CRISPR RNAs (crRNAs) to detect foreign RNA transcripts and elicit a complex immune response that leads to the destruction of invading RNA and DNA. Type III systems are among the most widespread in nature, and emerging interest in harnessing these systems for biotechnology applications highlights the need for detailed structural analyses of representatives from diverse organisms. We performed cryo-EM reconstructions of the Type III-A Cas10-Csm effector complex from S. epidermidis bound to an intact, cognate target RNA and identified two oligomeric states, a 276 kDa complex and a 318 kDa complex. 3.1 Å density for the well-ordered 276 kDa complex allowed construction of atomic models for the Csm2, Csm3, Csm4 and Csm5 subunits within the complex along with the crRNA and target RNA. We also collected small-angle X-ray scattering data which was consistent with the 276 kDa Cas10-Csm architecture we identified. Detailed comparisons between the S. epidermidis Cas10-Csm structure and the well-resolved bacterial (S. thermophilus) and archaeal (T. onnurineus) Cas10-Csm structures reveal differences in how the complexes interact with target RNA and crRNA which are likely to have functional ramifications. These structural comparisons shed light on the unique features of Type III-A systems from diverse organisms and will assist in improving biotechnologies derived from Type III-A effector complexes.
履歴
登録2022年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_27593.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27593.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cas10-Csm complex bound to crRNA and target RNA.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.846 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.3015177 - 1.885284
平均 (標準偏差)-0.0002685595 (±0.039473563)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 338.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_27593_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_27593_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cas10-Csm complex bound to target RNA

全体名称: Cas10-Csm complex bound to target RNA
要素
  • 複合体: Cas10-Csm complex bound to target RNA
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
    • RNA: crRNA
    • RNA: Target RNA
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm5

-
超分子 #1: Cas10-Csm complex bound to target RNA

超分子名称: Cas10-Csm complex bound to target RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
分子量理論値: 300 KDa

-
分子 #1: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

分子名称: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A
分子量理論値: 24.033975 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
配列文字列: MYSKIKISGT IEVVTGLHIG GGGESSMIGA IDSPVVRDLQ TKLPIIPGSS IKGKMRNLLA KHFGLKMKQE SHNQDDERVL RLFGSSEKG NIQRARLQIS DAFFSEKTKE HFAQNDIAYT ETKFENTINR LTAVANPRQI ERVTRGSEFD FVFIYNVDEE S QVEDDFEN ...文字列:
MYSKIKISGT IEVVTGLHIG GGGESSMIGA IDSPVVRDLQ TKLPIIPGSS IKGKMRNLLA KHFGLKMKQE SHNQDDERVL RLFGSSEKG NIQRARLQIS DAFFSEKTKE HFAQNDIAYT ETKFENTINR LTAVANPRQI ERVTRGSEFD FVFIYNVDEE S QVEDDFEN IEKAIHLLEN DYLGGGGTRG NGRIQFKDTN IETVVGEYDS TNLKIK

UniProtKB: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

-
分子 #4: CRISPR system Cms protein Csm2

分子名称: CRISPR system Cms protein Csm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.809471 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
配列文字列:
MILAKTKSGK TIDLTFAHEV VKSNVKNVKD RKGKEKQVLF NGLTTSKLRN LMEQVNRLYT IAFNSNEDQL NEEFIDELEY LKIKFYYEA GREKSVDEFL KKTLMFPIID RVIKKESKKF FLDYCKYFEA LVAYAKYYQK ED

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8G7QML1

-
分子 #5: CRISPR system Cms protein Csm4

分子名称: CRISPR system Cms protein Csm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A
分子量理論値: 34.551938 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
配列文字列: MTLATKVFKL SFKTPVHFGK KRLSDGEMTI TADTLFSALF IETLQLGKDT DWLLNDLIIS DTFPYENELY YLPKPLIKID SKEEDNHKA FKKLKYVPVH HYNQYLNGEL SAEDATDLND IFNIGYFSLQ TKVSLIAQET DSSADSEPYS VGTFTFEPEA G LYFIAKGS ...文字列:
MTLATKVFKL SFKTPVHFGK KRLSDGEMTI TADTLFSALF IETLQLGKDT DWLLNDLIIS DTFPYENELY YLPKPLIKID SKEEDNHKA FKKLKYVPVH HYNQYLNGEL SAEDATDLND IFNIGYFSLQ TKVSLIAQET DSSADSEPYS VGTFTFEPEA G LYFIAKGS EETLDHLNNI MTALQYSGLG GKRNAGYGQF EYEIINNQQL SKLLNQNGKH SILLSTAMAK KEEIESALKE AR YILTKRS GFVQSTNYSE MLVKKSDFYS FSSGSVFKNI FNGDIFNVGH NGKHPVYRYA KPLWLEV

UniProtKB: CRISPR system Cms protein Csm4

-
分子 #6: CRISPR system Cms protein Csm5

分子名称: CRISPR system Cms protein Csm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A
分子量理論値: 39.449125 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
配列文字列: MTIKNYEVVI KTLGPIHIGS GQVMKKQDYI YDFYNSKVYM INGNKLVKFL KRKNLLYTYQ NFLRYPPKNP RENGLKDYLD AQNVKQSEW EAFVSYSEKV NQGKKYGNTR PKPLNDLHLM VRDGQNKVYL PGSSIKGAIK TTLVSKYNNE KNKDIYSKIK V SDSKPIDE ...文字列:
MTIKNYEVVI KTLGPIHIGS GQVMKKQDYI YDFYNSKVYM INGNKLVKFL KRKNLLYTYQ NFLRYPPKNP RENGLKDYLD AQNVKQSEW EAFVSYSEKV NQGKKYGNTR PKPLNDLHLM VRDGQNKVYL PGSSIKGAIK TTLVSKYNNE KNKDIYSKIK V SDSKPIDE SNLAIYQKID INKSEKSMPL YRECIDVNTE IKFKLTIEDE IYSINEIEQS IQDFYKNYYD KWLVGFKETK GG RRFALEG GIPDVLNQNI LFLGAGTGFV SKTTHYQLKN RKQAKQDSFE ILTKKFRGTY GKMKEIPSNV PVALKGTTNQ SRH TSYQQG MCKVSFQELN NEVL

UniProtKB: CRISPR system Cms protein Csm5

-
分子 #2: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.895168 KDa
配列文字列:
ACGAGAACAC GUAUGCCGAA GUAUAUAAAU CAUCAGU

-
分子 #3: Target RNA

分子名称: Target RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.599979 KDa
配列文字列:
CUUUGUACUG AUGAUUUAUA UACUUCGGCA UACGUUCUCU AAA

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris-HCl
150.0 mMNaCl
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 78.0 K / 最高: 92.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5000 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 44.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細All processing was done in cryoSPARC 2.
粒子像選択選択した数: 1400000 / 詳細: Using Topaz as implemented in cryoSPARC.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 122000
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る