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万見
- EMDB-27557: Negative stain EM map of an MTA-HDAC-RBBP4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27557
タイトルNegative stain EM map of an MTA-HDAC-RBBP4 complex
マップデータMain map of MHR after homogeneous refinement.
試料
  • 複合体: Low resolution map of the MTA1:HDAC1:RBBP7 complex from HEK Expi293F cells
キーワードComplex / Subcomplex / Deacetylase / Remodeller / Protein Binding / DNA BINDING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Jackman MJ / Landsberg MJ / Viswanath S / Arvindekar S / Mackay JP
資金援助 オーストラリア, インド, 6件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1126357 オーストラリア
Department of Science & Technology (DST, India)SPG/2020/000475 インド
Other governmentRTI 4006 インド
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1012161 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1063301 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1058916 オーストラリア
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2022
タイトル: Molecular architecture of nucleosome remodeling and deacetylase sub-complexes by integrative structure determination.
著者: Shreyas Arvindekar / Matthew J Jackman / Jason K K Low / Michael J Landsberg / Joel P Mackay / Shruthi Viswanath /
要旨: The nucleosome remodeling and deacetylase (NuRD) complex is a chromatin-modifying assembly that regulates gene expression and DNA damage repair. Despite its importance, limited structural information ...The nucleosome remodeling and deacetylase (NuRD) complex is a chromatin-modifying assembly that regulates gene expression and DNA damage repair. Despite its importance, limited structural information describing the complete NuRD complex is available and a detailed understanding of its mechanism is therefore lacking. Drawing on information from SEC-MALLS, DIA-MS, XLMS, negative-stain EM, X-ray crystallography, NMR spectroscopy, secondary structure predictions, and homology models, we applied Bayesian integrative structure determination to investigate the molecular architecture of three NuRD sub-complexes: MTA1-HDAC1-RBBP4, MTA1 -HDAC1-MBD3 , and MTA1-HDAC1-RBBP4-MBD3-GATAD2A [nucleosome deacetylase (NuDe)]. The integrative structures were corroborated by examining independent crosslinks, cryo-EM maps, biochemical assays, known cancer-associated mutations, and structure predictions from AlphaFold. The robustness of the models was assessed by jack-knifing. Localization of the full-length MBD3, which connects the deacetylase and chromatin remodeling modules in NuRD, has not previously been possible; our models indicate two different locations for MBD3, suggesting a mechanism by which MBD3 in the presence of GATAD2A asymmetrically bridges the two modules in NuRD. Further, our models uncovered three previously unrecognized subunit interfaces in NuDe: HDAC1 -MTA1 , MTA1 -MBD3 , and HDAC1 -MBD3 . Our approach also allowed us to localize regions of unknown structure, such as HDAC1 and MBD3 , thereby resulting in the most complete and robustly cross-validated structural characterization of these NuRD sub-complexes so far.
履歴
登録2022年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27557.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27557.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map of MHR after homogeneous refinement.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.79 Å/pix.
x 250 pix.
= 697.5 Å		2.79 Å/pix.
x 250 pix.
= 697.5 Å		2.79 Å/pix.
x 250 pix.
= 697.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.79 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.179
最小 - 最大-1.1987458 - 5.360952
平均 (標準偏差)-0.01355195 (±0.1771658)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 697.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27557_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Input used in the IMP for the generation...

ファイルemd_27557_additional_1.map
注釈Input used in the IMP for the generation of the predicted MHR model. It was derived from an independent processing run using the same dataset as the model used to generate the final map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B from homogeneous refinement that produced...

ファイルemd_27557_half_map_1.map
注釈Half map B from homogeneous refinement that produced final map of MHR.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A from homogeneous refinement that produced...

ファイルemd_27557_half_map_2.map
注釈Half map A from homogeneous refinement that produced final map of MHR.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Low resolution map of the MTA1:HDAC1:RBBP7 complex from HEK Expi2...

全体名称: Low resolution map of the MTA1:HDAC1:RBBP7 complex from HEK Expi293F cells
要素
  • 複合体: Low resolution map of the MTA1:HDAC1:RBBP7 complex from HEK Expi293F cells

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超分子 #1: Low resolution map of the MTA1:HDAC1:RBBP7 complex from HEK Expi2...

超分子名称: Low resolution map of the MTA1:HDAC1:RBBP7 complex from HEK Expi293F cells
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Subcomplex that was generated via combination of recombinant proteins pulled down via FLAG tags from HEK Expi293F cells
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H19KN2O5SHEPES-KOH
75.0 mMNaClsodium chloride
0.3 mMC4H10O2S2dithiothreitol

詳細: This is the exchange buffer used for both concentrating the sample and also removing sucrose after GraFix.
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: 5 uL of sample was applied to the grid and incubated for 2 minutes. The grid was then blotted and washed with 10 drops of distilled water, with liquid blotted off between each drop. The grid ...詳細: 5 uL of sample was applied to the grid and incubated for 2 minutes. The grid was then blotted and washed with 10 drops of distilled water, with liquid blotted off between each drop. The grid was then pre-stained with a drop 1% Uranyl Acetate, blotted, then stained with a drop of 1% Uranyl Acetate for 30 seconds. It was then blotted again and left to air dry at room temperature.
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細The sample was in high abundance, and appears to be well dispersed. Some aggregation is clear, and the particles upon closer inspection (such as 2D classification) are heterogeneous. This is likely due to the flexibility of the complex.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 469 / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
詳細: Images recorded on a DE LC1100 lens coupled CCD detector. Estimated dose.
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000

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画像解析

詳細The images selected underwent CTF estimation, with which blob picking was used to select particles with a maximum diameter of about 250 Angstroms (based on information we previously had about the particle size).
粒子像選択選択した数: 914180
詳細: Use of template from a previous reconstruction run of MHR. This was used for template picking, and the chosen particles were then extracted and underwent 2D Classification.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The model was created using Ab-initio Reconstruction, as a means to judge the quality of the data.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
ソフトウェア - 詳細: Homogeneous refinement (the newest version) was used.
詳細: Homogeneous refinement uses a Gold Standard approach to determine the resolution of the map.
使用した粒子像数: 45954
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
ソフトウェア - 詳細: This occurs as above during Ab-initio reconstruction.
詳細: This is used in Ab-initio Reconstruction.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: See above. / 詳細: See above.
最終 3次元分類クラス数: 50 / 平均メンバー数/クラス: 1546 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: See above.
詳細: 2D classification was used before Ab-initio Reconstruction as a cleanup step.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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