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- EMDB-2755: Cryo-electron microscopy of TibC dodecamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2755
タイトルCryo-electron microscopy of TibC dodecamer
マップデータReconstruction of TibC dodecamer
試料
  • 試料: Complex of TibC
  • タンパク質・ペプチド: TibC
キーワードBacterial autotransporters / Glycosyltransferase / Bacterial pathogenesis / Cryo-EM / Enzyme complex
生物種Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å
データ登録者Yao Q / Lu QH / Wan XB / Song F / Xu Y / Zamyatina A / Huang N / Zhu P / Shao F
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: A structural mechanism for bacterial autotransporter glycosylation by a dodecameric heptosyltransferase family.
著者: Qing Yao / Qiuhe Lu / Xiaobo Wan / Feng Song / Yue Xu / Mo Hu / Alla Zamyatina / Xiaoyun Liu / Niu Huang / Ping Zhu / Feng Shao /
要旨: A large group of bacterial virulence autotransporters including AIDA-I from diffusely adhering E. coli (DAEC) and TibA from enterotoxigenic E. coli (ETEC) require hyperglycosylation for functioning. ...A large group of bacterial virulence autotransporters including AIDA-I from diffusely adhering E. coli (DAEC) and TibA from enterotoxigenic E. coli (ETEC) require hyperglycosylation for functioning. Here we demonstrate that TibC from ETEC harbors a heptosyltransferase activity on TibA and AIDA-I, defining a large family of bacterial autotransporter heptosyltransferases (BAHTs). The crystal structure of TibC reveals a characteristic ring-shape dodecamer. The protomer features an N-terminal β-barrel, a catalytic domain, a β-hairpin thumb, and a unique iron-finger motif. The iron-finger motif contributes to back-to-back dimerization; six dimers form the ring through β-hairpin thumb-mediated hand-in-hand contact. The structure of ADP-D-glycero-β-D-manno-heptose (ADP-D,D-heptose)-bound TibC reveals a sugar transfer mechanism and also the ligand stereoselectivity determinant. Electron-cryomicroscopy analyses uncover a TibC-TibA dodecamer/hexamer assembly with two enzyme molecules binding to one TibA substrate. The complex structure also highlights a high efficient hyperglycosylation of six autotransporter substrates simultaneously by the dodecamer enzyme complex.
履歴
登録2014年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年9月10日-
マップ公開2014年10月22日-
更新2014年10月22日-
現状2014年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2755.png

emd_2755.png

emd_2755_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2755.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of TibC dodecamer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.196 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.7 / ムービー #1: 5.7
最小 - 最大-3.6064837 - 12.166548730000001
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-120
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 287.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1961.1961.196
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z287.040287.040287.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ442626
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-120-120-120
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-3.60612.167-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of TibC

全体名称: Complex of TibC
要素
  • 試料: Complex of TibC
  • タンパク質・ペプチド: TibC

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超分子 #1000: Complex of TibC

超分子名称: Complex of TibC / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: TibC forms a dodecamer of six dimers / Number unique components: 1
分子量理論値: 555 KDa

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分子 #1: TibC

分子名称: TibC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Ferric ions were attached to specific cysteine residues
コピー数: 12 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
分子量理論値: 46 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Gold / 組換プラスミド: pGEX-6p-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 10mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 2mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R2.1, 300 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: 10 ug/ml bacitracin (Sigma) was added to the purified protein to obtain monodispersed particles and make the orientation distribution more anisotropic. Blot for 4 sec using blotting force 2 before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 155,000 times magnification
日付2012年10月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 3000 / 平均電子線量: 18 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: CTF correction of each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 8546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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