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万見
- EMDB-27542: Cryo-EM reveals the molecular basis of laminin polymerization and... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27542
タイトルCryo-EM reveals the molecular basis of laminin polymerization and LN-lamininopathies
マップデータUnsharpened map
試料
  • 複合体: Lamimin polymer node
    • タンパク質・ペプチド: Laminin subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Laminin subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Laminin subunit gamma-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードLaminin / Complex / Basement membrane / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


laminin-3 complex / laminin complex / laminin-2 complex / neuronal-glial interaction involved in cerebral cortex radial glia guided migration / laminin-8 complex / laminin-11 complex / laminin-1 complex / laminin-10 complex / regulation of basement membrane organization / L1CAM interactions ...laminin-3 complex / laminin complex / laminin-2 complex / neuronal-glial interaction involved in cerebral cortex radial glia guided migration / laminin-8 complex / laminin-11 complex / laminin-1 complex / laminin-10 complex / regulation of basement membrane organization / L1CAM interactions / retinal blood vessel morphogenesis / morphogenesis of an epithelial sheet / hemidesmosome assembly / glycosphingolipid binding / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / tissue development / Laminin interactions / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / protein complex involved in cell-matrix adhesion / branching involved in salivary gland morphogenesis / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / endoderm development / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of cell adhesion / odontogenesis / extracellular matrix structural constituent / MET activates PTK2 signaling / positive regulation of muscle cell differentiation / maintenance of blood-brain barrier / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / endodermal cell differentiation / basement membrane / Non-integrin membrane-ECM interactions / regulation of embryonic development / extracellular matrix disassembly / ECM proteoglycans / Degradation of the extracellular matrix / embryo implantation / extracellular matrix / positive regulation of cell adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / positive regulation of epithelial cell proliferation / Post-translational protein phosphorylation / integrin binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron projection development / cell-cell junction / cell migration / : / retina development in camera-type eye / protein-containing complex assembly / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / cell adhesion / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / enzyme binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
: / LAMB1-4 helical domain / Laminin IV type B / Laminin IV type B domain / Laminin IV type A domain profile. / Laminin alpha, domain I / Laminin domain II / Laminin Domain I / Laminin Domain II / Laminin IV ...: / LAMB1-4 helical domain / Laminin IV type B / Laminin IV type B domain / Laminin IV type A domain profile. / Laminin alpha, domain I / Laminin domain II / Laminin Domain I / Laminin Domain II / Laminin IV / Laminin B (Domain IV) / Laminin IV type A domain profile. / Laminin B domain / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / : / Laminin/attractin EGF domain / Laminin G domain / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Laminin subunit beta-1 / Laminin subunit gamma-1 / Laminin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Kulczyk AW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM reveals the molecular basis oflaminin polymerization and LN-lamininopathies.
著者: Arkadiusz W Kulczyk / Karen K McKee / Ximo Zhang / Iwona Bizukojc / Ying Q Yu / Peter D Yurchenco /
要旨: Laminin polymerization is the major step in basement membranes assembly. Its failures cause laminin N-terminal domain lamininopathies including Pierson syndrome. We have employed cryo-electron ...Laminin polymerization is the major step in basement membranes assembly. Its failures cause laminin N-terminal domain lamininopathies including Pierson syndrome. We have employed cryo-electron microscopy to determine a 3.7 Å structure of the trimeric laminin polymer node containing α1, β1 and γ1 subunits. The structure reveals the molecular basis of calcium-dependent formation of laminin lattice, and provides insights into polymerization defects manifesting in human disease.
履歴
登録2022年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27542.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27542.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 300 pix.
= 291.6 Å		0.97 Å/pix.
x 300 pix.
= 291.6 Å		0.97 Å/pix.
x 300 pix.
= 291.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.972 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.65571874 - 1.0992038
平均 (標準偏差)0.00016770515 (±0.02742768)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 291.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_27542_additional_1.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27542_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27542_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lamimin polymer node

全体名称: Lamimin polymer node
要素
  • 複合体: Lamimin polymer node
    • タンパク質・ペプチド: Laminin subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Laminin subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Laminin subunit gamma-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Lamimin polymer node

超分子名称: Lamimin polymer node / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: A trimeric complex of the N-terminal fragments (LN, LE1, LE2 domains) from laminin alpha 1, laminin beta 1 and laminin gamma 1.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 172 KDa

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分子 #1: Laminin subunit alpha-1

分子名称: Laminin subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 34.709211 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLFPAILNLA TNAHISANAT CGEKGPEMFC KLVEHVPGRP VRHAQCRVCD GNSTNPRERH PISHAIDGTN NWWQSPSIQN GREYHWVTV TLDLRQVFQV AYIIIKAANA PRPGNWILER SVDGVKFKPW QYYAVSDTEC LTRYKITPRR GPPTYRADNE V ICTSYYSK ...文字列:
GLFPAILNLA TNAHISANAT CGEKGPEMFC KLVEHVPGRP VRHAQCRVCD GNSTNPRERH PISHAIDGTN NWWQSPSIQN GREYHWVTV TLDLRQVFQV AYIIIKAANA PRPGNWILER SVDGVKFKPW QYYAVSDTEC LTRYKITPRR GPPTYRADNE V ICTSYYSK LVPLEHGEIH TSLINGRPSA DDPSPQLLEF TSARYIRLRL QRIRTLNADL MTLSHRDLRD LDPIVTRRYY YS IKDISVG GMCICYGHAS SCPWDEEAKQ LQCQCEHNTC GESCDRCCPG YHQQPWRPGT ISSGNECE

UniProtKB: Laminin subunit alpha-1

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分子 #2: Laminin subunit beta-1

分子名称: Laminin subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.09191 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GCAEGSCYPA TGDLLIGRAQ KLSVTSTCGL HKPEPYCIVS HLQEDKKCFI CNSQDPYHET LNPDSHLIEN VVTTFAPNRL KIWWQSENG VENVTIQLDL EAEFHFTHLI MTFKTFRPAA MLIERSSDFG KTWGVYRYFA YDCEASFPGI STGPMKKVDD I ICDSRYSD ...文字列:
GCAEGSCYPA TGDLLIGRAQ KLSVTSTCGL HKPEPYCIVS HLQEDKKCFI CNSQDPYHET LNPDSHLIEN VVTTFAPNRL KIWWQSENG VENVTIQLDL EAEFHFTHLI MTFKTFRPAA MLIERSSDFG KTWGVYRYFA YDCEASFPGI STGPMKKVDD I ICDSRYSD IEPSTEGEVI FRALDPAFKI EDPYSPRIQN LLKITNLRIK FVKLHTLGDN LLDSRMEIRE KYYYAVYDMV VR GNCFCYG HASECAPVDG FNEEVEGMVH GHCMCRHNTK GLNCELCMDF YHDLPWRPAE GRNSNACKKC

UniProtKB: Laminin subunit beta-1

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分子 #3: Laminin subunit gamma-1

分子名称: Laminin subunit gamma-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.110816 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDECTDEGGR PQRCMPEFVN AAFNVTVVAT NTCGTPPEEY CVQTGVTGVT KSCHLCDAGQ PHLQHGAAFL TDYNNQADTT WWQSQTMLA GVQYPSSINL TLHLGKAFDI TYVRLKFHTS RPESFAIYKR TWEDGPWIPY QYYSGSCENT YSKANRGFIR T GGDEQQAL ...文字列:
MDECTDEGGR PQRCMPEFVN AAFNVTVVAT NTCGTPPEEY CVQTGVTGVT KSCHLCDAGQ PHLQHGAAFL TDYNNQADTT WWQSQTMLA GVQYPSSINL TLHLGKAFDI TYVRLKFHTS RPESFAIYKR TWEDGPWIPY QYYSGSCENT YSKANRGFIR T GGDEQQAL CTDEFSDISP LTGGNVAFST LEGRPSAYNF DNSPVLQEWV TATDISVTLN RLNTFGDEVF NDPKVLKSYY YA ISDFAVG GRCKCNGHAS ECMKNEFDKL VCNCKHNTYG VDCEKCLPFF NDRPWRRATA ESASECLP

UniProtKB: Laminin subunit gamma-1

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 125011
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8dmk:
Cryo-EM reveals the molecular basis of laminin polymerization and LN-lamininopathies

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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