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- EMDB-2754: Electron cryo-tomography of Campylobacter jejuni -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2754
タイトルElectron cryo-tomography of Campylobacter jejuni
マップデータElectron cryo-tomogram of two Campylobacter jejuni cells
試料
  • 試料: Campylobacter jejuni subsp. jejuni ATCC 29428 (whole bacterial cells)
  • 細胞器官・細胞要素: Campylobacter jejuni
キーワードfood poisoning / cryo electron tomography / cryo-EM / chemoreceptors / acidocalcisomes
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Muller A / Beeby M / McDowall AW / Chow J / Jensen GJ / Clemons WM
引用ジャーナル: Microbiologyopen / 年: 2014
タイトル: Ultrastructure and complex polar architecture of the human pathogen Campylobacter jejuni.
著者: Axel Müller / Morgan Beeby / Alasdair W McDowall / Janet Chow / Grant J Jensen / William M Clemons /
要旨: Campylobacter jejuni is one of the most successful food-borne human pathogens. Here we use electron cryotomography to explore the ultrastructure of C. jejuni cells in logarithmically growing cultures. ...Campylobacter jejuni is one of the most successful food-borne human pathogens. Here we use electron cryotomography to explore the ultrastructure of C. jejuni cells in logarithmically growing cultures. This provides the first look at this pathogen in a near-native state at macromolecular resolution (~5 nm). We find a surprisingly complex polar architecture that includes ribosome exclusion zones, polyphosphate storage granules, extensive collar-shaped chemoreceptor arrays, and elaborate flagellar motors.
履歴
登録2014年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年9月10日-
マップ公開2014年9月10日-
更新2014年10月22日-
現状2014年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2754.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2754.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 390.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Electron cryo-tomogram of two Campylobacter jejuni cells
ボクセルのサイズX=Y=Z: 19.24 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)7.5194006 (±3.19345403)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00400
サイズ10241024400
Spacing10241024400
セルA: 19701.76 Å / B: 19701.76 Å / C: 7696.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z19.2419.2419.24
M x/y/z10241024400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z19701.76019701.7607696.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ442626
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00400
NC/NR/NS10241024400
D min/max/mean-128.000127.0007.519

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Campylobacter jejuni subsp. jejuni ATCC 29428 (whole bacterial cells)

全体名称: Campylobacter jejuni subsp. jejuni ATCC 29428 (whole bacterial cells)
要素
  • 試料: Campylobacter jejuni subsp. jejuni ATCC 29428 (whole bacterial cells)
  • 細胞器官・細胞要素: Campylobacter jejuni

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超分子 #1000: Campylobacter jejuni subsp. jejuni ATCC 29428 (whole bacterial cells)

超分子名称: Campylobacter jejuni subsp. jejuni ATCC 29428 (whole bacterial cells)
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Campylobacter jejuni

超分子名称: Campylobacter jejuni / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / コピー数: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター) / 株: ATCC 29428 / 別称: Campylobacter jejuni

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

グリッド詳細: Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Sample preparation closely followed established procedures (Iancu et al., 2007). In brief: 4 microlitres of a 10 nm colloidal gold (Sigma, USA) in 5% BSA was added to 16 microlitres of a C. ...手法: Sample preparation closely followed established procedures (Iancu et al., 2007). In brief: 4 microlitres of a 10 nm colloidal gold (Sigma, USA) in 5% BSA was added to 16 microlitres of a C. jejuni culture that had been allowed to grow to an optical density of 0.5. 3 microlitres of this mix were then placed onto a glow discharged carbon-coated R 2/2 Quantifoil grid in a Vitrobot (FEI Company, Hillsboro, OR, USA). Prior to this a 10 nm colloidal gold suspension in 5% BSA solution was added to the Quantifoil grid and allowed to dry. The temperature in the Vitrobot chamber was kept at 22 degrees Celsius with 100% humidity. Placing the sample onto the grid was followed by a 1 second blot with an offset of -1.5 degrees, a drain time of 1 second, and plunge-frozen in a mixture of liquid ethane (63%) and propane (37%). The frozen grids were than stored in liquid nitrogen until further use.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 76.9 K / 最高: 77.1 K / 平均: 77 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GATAN GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細Camera post-energy filter
日付2014年1月1日
撮影実像数: 121 / 平均電子線量: 200 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -12.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 1 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Single-axis tilt series from -60 degrees to 60 degrees with images were collected in 1 degree increments and an under-focus of 12 microns using a 300 keV FEI Polara FEG TEM controlled by Leginon software (Suloway et al., 2009) and the cumulative dose was not allowed to exceed 200 e A2. The images were recorded on a 4096 x 4096 pixel Ultracam (Gatan, Pleasanton, CA, USA) at a magnification of 22500 (0.98 nm/pixel). The IMOD software package (Kremer et al., 1996) was used to calculate 3D reconstructions.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, tomo3d
詳細: SIRT reconstruction of a fine-aligned stack low-pass filtered to first zero at approximately 5.5 nanometres.
使用した粒子像数: 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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