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万見
- EMDB-27537: Spatial Definition of the Human Progesterone Receptor-B Transcrip... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27537
タイトルSpatial Definition of the Human Progesterone Receptor-B Transcriptional Complex
マップデータCryo-EM map of PRE-DNA/PR-B
試料
  • 複合体: PRE-DNA/PR-B complex
キーワードProgesterone receptor-B / nuclear receptor isoforms / steroid receptor coactivator-2 / p300-CBP / transcriptional complex / cryo-EM / activation domain / quaternary structure / HORMONE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.91 Å
データ登録者Yu X / Yi P
資金援助 米国, 9件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)HD8818 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)HD07857 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)NIDDK59820 米国
Welch FoundationQ-1967-20180324 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM143380 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL162842 米国
Department of Defense (DOD, United States)DAMD W81WH-21-1-0404 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080139 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01HD042311 米国
引用ジャーナル: iScience / 年: 2022
タイトル: Spatial definition of the human progesterone receptor-B transcriptional complex.
著者: Xinzhe Yu / Ping Yi / Anil K Panigrahi / Lance Edward V Lumahan / John P Lydon / David M Lonard / Steven J Lutdke / Zhao Wang / Bert W O'Malley /
要旨: We report the quaternary structure of core transcriptional complex for the full-length human progesterone receptor-B (PR-B) homodimer with primary coactivator steroid receptor coactivator-2 (SRC-2) ...We report the quaternary structure of core transcriptional complex for the full-length human progesterone receptor-B (PR-B) homodimer with primary coactivator steroid receptor coactivator-2 (SRC-2) and the secondary coactivator p300/CREB-binding protein (CBP). The PR-B homodimer engages one SRC-2 mainly through its activation function 1 (AF1) in N-terminus. SRC-2 is positioned between PR-B and p300 leaving space for direct interaction between PR-B and p300 through PR-B's C-terminal AF2 and its unique AF3. Direct AF3/p300 interaction provides long-desired structural insights into the known functional differences between PR-B and the PR-A isoform lacking AF3. We reveal the contributions of each AF and demonstrate their structural basis in forming the PR-B dimer interface and PR-B/coactivator complex. Comparison of the PR-B/coactivator complex with other steroid receptor (estrogen receptor and androgen receptor) complexes also shows that each receptor has its unique mechanism for recruiting coactivators due to the highly variable N-termini among receptors.
履歴
登録2022年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27537.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27537.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of PRE-DNA/PR-B
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.968 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.28515884 - 1.2925155
平均 (標準偏差)0.01847755 (±0.08439577)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ310310310
Spacing310310310
セルA=B=C: 300.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Cryo-EM map of PRE-DNA/PR-B with a Fab binding...

ファイルemd_27537_additional_1.map
注釈Cryo-EM map of PRE-DNA/PR-B with a Fab binding to its N-terminal AF3 region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-EM map of PRE-DNA/PR-B with a Fab binding...

ファイルemd_27537_additional_2.map
注釈Cryo-EM map of PRE-DNA/PR-B with a Fab binding to its C-terminal LBD region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM half map of PRE-DNA/PR-B

ファイルemd_27537_half_map_1.map
注釈Cryo-EM half map of PRE-DNA/PR-B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM half map of PRE-DNA/PR-B

ファイルemd_27537_half_map_2.map
注釈Cryo-EM half map of PRE-DNA/PR-B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PRE-DNA/PR-B complex

全体名称: PRE-DNA/PR-B complex
要素
  • 複合体: PRE-DNA/PR-B complex

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超分子 #1: PRE-DNA/PR-B complex

超分子名称: PRE-DNA/PR-B complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Progesterone Receptor and DNA complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 370 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 7011 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: -0.0026000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: -0.001 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 341819
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1), cryoSPARC (ver. 3.3.2))
使用した粒子像数: 42619
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1), cryoSPARC (ver. 3.3.2))
最終 3次元分類ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1), cryoSPARC (ver. 3.3.2))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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