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- EMDB-27513: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27513
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with Fab 4A8
マップデータstructure of SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with Fab 4A8
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with Fab 4A8
    • 複合体: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein
    • 複合体: Fab 4A8
      • タンパク質・ペプチド: Fab 4A8 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 4A8 light chain
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Zhu X / Mannar D / Saville JW / Srivastava SS / Berezuk AM / Zhou S / Tuttle KS / Subramaniam S
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
Canada Excellence Research Chair AwardPrecision Cancer Drug Design カナダ
Other governmentCOVID-19 research
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: SARS-CoV-2 variants of concern: spike protein mutational analysis and epitope for broad neutralization.
著者: Dhiraj Mannar / James W Saville / Zehua Sun / Xing Zhu / Michelle M Marti / Shanti S Srivastava / Alison M Berezuk / Steven Zhou / Katharine S Tuttle / Michele D Sobolewski / Andrew Kim / ...著者: Dhiraj Mannar / James W Saville / Zehua Sun / Xing Zhu / Michelle M Marti / Shanti S Srivastava / Alison M Berezuk / Steven Zhou / Katharine S Tuttle / Michele D Sobolewski / Andrew Kim / Benjamin R Treat / Priscila Mayrelle Da Silva Castanha / Jana L Jacobs / Simon M Barratt-Boyes / John W Mellors / Dimiter S Dimitrov / Wei Li / Sriram Subramaniam /
要旨: Mutations in the spike glycoproteins of SARS-CoV-2 variants of concern have independently been shown to enhance aspects of spike protein fitness. Here, we describe an antibody fragment (V ab6) that ...Mutations in the spike glycoproteins of SARS-CoV-2 variants of concern have independently been shown to enhance aspects of spike protein fitness. Here, we describe an antibody fragment (V ab6) that neutralizes all major variants including the recently emerged BA.1 and BA.2 Omicron subvariants, with a unique mode of binding revealed by cryo-EM studies. Further, we provide a comparative analysis of the mutational effects within previously emerged variant spikes and identify the structural role of mutations within the NTD and RBD in evading antibody neutralization. Our analysis shows that the highly mutated Gamma N-terminal domain exhibits considerable structural rearrangements, partially explaining its decreased neutralization by convalescent sera. Our results provide mechanistic insights into the structural, functional, and antigenic consequences of SARS-CoV-2 spike mutations and highlight a spike protein vulnerability that may be exploited to achieve broad protection against circulating variants.
履歴
登録2022年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27513.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with Fab 4A8
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 400 pix.
= 400. Å		1 Å/pix.
x 400 pix.
= 400. Å		1 Å/pix.
x 400 pix.
= 400. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.101
最小 - 最大-0.290842 - 0.8735861
平均 (標準偏差)-0.00046479958 (±0.020295972)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 400.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27513_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27513_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with Fab 4A8

全体名称: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with Fab 4A8
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with Fab 4A8
    • 複合体: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein
    • 複合体: Fab 4A8
      • タンパク質・ペプチド: Fab 4A8 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 4A8 light chain

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超分子 #1: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with Fab 4A8

超分子名称: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein in complex with Fab 4A8
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #2: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein

超分子名称: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Fab 4A8

超分子名称: Fab 4A8 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein

分子名称: SARS-CoV-2 Gamma (P.1) spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNFTN RTQLPSAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNYPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNFTN RTQLPSAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNYPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLS EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPTESIVRFP NITNLCPFGE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN SASFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGTIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVKGFNCYF PLQSYGFQPT YGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQGVNCTEV PVAIHADQLT PTWRVYSTGS NVFQTRAGCL IGAEYVNNSY ECDIPIGAGI CASYQTQTNS PGSASSVASQ SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALTGI AVEQDKNTQE VFAQVKQIYK TPPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GPALQIPFPM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KLIANQFNSA IGKIQDSLSS TPSALGKLQD VVNQNAQALN TLVKQLSSNF GAISSVLNDI LSRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAAIKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVSGNCDVVI GIVNNTVYDP LQPELDSFKE ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASFVNIQ KEIDRLNEVA KNLNESLIDL QELGKYEQGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGRS LEVLFQGPGH HHHHHHHSAW SHPQFEKGGG SGGGGSGGSA WSHPQFEK

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分子 #2: Fab 4A8 heavy chain

分子名称: Fab 4A8 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDWTWRVFCL LAVAPGAHSE VQLVESGAEV KKPGASVKVS CKVSGYTLTE LSMHWVRQAP GKGLEWMGGF DPEDGETMYA QKFQGRVTMT EDTSTDTAYM ELSSLRSEDT AVYYCATSTA VAGTPDLFDY YYGMDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ...文字列:
MDWTWRVFCL LAVAPGAHSE VQLVESGAEV KKPGASVKVS CKVSGYTLTE LSMHWVRQAP GKGLEWMGGF DPEDGETMYA QKFQGRVTMT EDTSTDTAYM ELSSLRSEDT AVYYCATSTA VAGTPDLFDY YYGMDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC GSHHHHHH

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分子 #3: Fab 4A8 light chain

分子名称: Fab 4A8 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVLQTQVFIS LLLWISGAYG EIVMTQSPLS SPVTLGQPAS ISCRSSQSLV HSDGNTYLSW LQQRPGQPPR LLIYKISNRF SGVPDRFSGS GAGTDFTLKI SRVEAEDVGV YYCTQATQFP YTFGQGTKVD IKGQPKANPT VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV ...文字列:
MVLQTQVFIS LLLWISGAYG EIVMTQSPLS SPVTLGQPAS ISCRSSQSLV HSDGNTYLSW LQQRPGQPPR LLIYKISNRF SGVPDRFSGS GAGTDFTLKI SRVEAEDVGV YYCTQATQFP YTFGQGTKVD IKGQPKANPT VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADGSP VKAGVETTKP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 304752
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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