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- EMDB-2750: Structure of the CsgG-CsgE complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2750
タイトルStructure of the CsgG-CsgE complex
マップデータreconstruction of the CsgG-CsgE complex
試料
  • 試料: CsgG-CsgE complex
  • タンパク質・ペプチド: CsgG
  • タンパク質・ペプチド: CsgE
キーワードBacterial secretion / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / curli secretion complex / curli assembly / protein secretion by the type VIII secretion system / protein transmembrane transport / single-species biofilm formation / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Curli assembly protein CsgE / Curli assembly protein CsgE / Curli assembly protein CsgE / Curli production assembly/transport component CsgG / Curli production assembly/transport component CsgG / Curli production assembly/transport component CsgG / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Curli production assembly/transport component CsgE / Curli production assembly/transport component CsgG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Krasteva PV / Gubellini F / Remaut H / Fronzes R
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural and mechanistic insights into the bacterial amyloid secretion channel CsgG.
著者: Parveen Goyal / Petya V Krasteva / Nani Van Gerven / Francesca Gubellini / Imke Van den Broeck / Anastassia Troupiotis-Tsaïlaki / Wim Jonckheere / Gérard Péhau-Arnaudet / Jerome S Pinkner ...著者: Parveen Goyal / Petya V Krasteva / Nani Van Gerven / Francesca Gubellini / Imke Van den Broeck / Anastassia Troupiotis-Tsaïlaki / Wim Jonckheere / Gérard Péhau-Arnaudet / Jerome S Pinkner / Matthew R Chapman / Scott J Hultgren / Stefan Howorka / Rémi Fronzes / Han Remaut /
要旨: Curli are functional amyloid fibres that constitute the major protein component of the extracellular matrix in pellicle biofilms formed by Bacteroidetes and Proteobacteria (predominantly of the α ...Curli are functional amyloid fibres that constitute the major protein component of the extracellular matrix in pellicle biofilms formed by Bacteroidetes and Proteobacteria (predominantly of the α and γ classes). They provide a fitness advantage in pathogenic strains and induce a strong pro-inflammatory response during bacteraemia. Curli formation requires a dedicated protein secretion machinery comprising the outer membrane lipoprotein CsgG and two soluble accessory proteins, CsgE and CsgF. Here we report the X-ray structure of Escherichia coli CsgG in a non-lipidated, soluble form as well as in its native membrane-extracted conformation. CsgG forms an oligomeric transport complex composed of nine anticodon-binding-domain-like units that give rise to a 36-stranded β-barrel that traverses the bilayer and is connected to a cage-like vestibule in the periplasm. The transmembrane and periplasmic domains are separated by a 0.9-nm channel constriction composed of three stacked concentric phenylalanine, asparagine and tyrosine rings that may guide the extended polypeptide substrate through the secretion pore. The specificity factor CsgE forms a nonameric adaptor that binds and closes off the periplasmic face of the secretion channel, creating a 24,000 Å(3) pre-constriction chamber. Our structural, functional and electrophysiological analyses imply that CsgG is an ungated, non-selective protein secretion channel that is expected to employ a diffusion-based, entropy-driven transport mechanism.
履歴
登録2014年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年8月13日-
マップ公開2014年9月24日-
更新2014年12月10日-
現状2014年12月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2750.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2750.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of the CsgG-CsgE complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.99 Å/pix.
x 160 pix.
= 318.4 Å		1.99 Å/pix.
x 160 pix.
= 318.4 Å		1.99 Å/pix.
x 160 pix.
= 318.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.99 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.02745587 - 0.32763493
平均 (標準偏差)0.00198865 (±0.0180604)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 318.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.991.991.99
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z318.400318.400318.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ442626
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0270.3280.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CsgG-CsgE complex

全体名称: CsgG-CsgE complex
要素
  • 試料: CsgG-CsgE complex
  • タンパク質・ペプチド: CsgG
  • タンパク質・ペプチド: CsgE

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超分子 #1000: CsgG-CsgE complex

超分子名称: CsgG-CsgE complex / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was reconstituted from purified components in vitro.
集合状態: One nonamer of CsgG bound to one nonamer of CsgE
Number unique components: 2
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: CsgG

分子名称: CsgG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
Name.synonym: Curli production assembly/transport component CsgG
詳細: Strep-tagged / コピー数: 9 / 集合状態: nonamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MC4100 / 細胞中の位置: Outer membrane
分子量理論値: 290 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pPG1 (pASK-IBA3plus derivative)
配列UniProtKB: Curli production assembly/transport component CsgG
GO: GO: 0022610, single-species biofilm formation, protein transmembrane transport, cell outer membrane
InterPro: Curli production assembly/transport component CsgG

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分子 #2: CsgE

分子名称: CsgE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
Name.synonym: Curli production assembly/transport component CsgE
詳細: Poly-histidine tagged. Used for CsgE-CsgG complex reconstitution and pull-down on Talon metal affinity resin.
コピー数: 9 / 集合状態: nonamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MC4100 / 細胞中の位置: Periplasm
分子量理論値: 110 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: NEBC2566 / 組換プラスミド: pNH27 (pET11d derivative)
配列UniProtKB: Curli production assembly/transport component CsgE
GO: GO: 0022610, single-species biofilm formation, protein transmembrane transport, cell outer membrane
InterPro: Curli assembly protein CsgE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 100 mM NaCl, 100 mM imidazole, 2.5% xylitol, 0.2 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R2/2 carbon coated grids (Quantifoil Micro Tools GmbH)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 92 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot for 0.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism was checked during imaging and during CTF correction of the micrographs. Micrographs is astigmatism >10% were discarded.
日付2014年6月2日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 75 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 70350 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were automatically selected from CTF-corrected micrographs using BOXER (EMAN2).
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C9 (9回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 使用した粒子像数: 1221
最終 2次元分類クラス数: 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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