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- EMDB-27495: Full-length KIT(T417I,delta418-419) dimers -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27495
タイトルFull-length KIT(T417I,delta418-419) dimers
マップデータcryoSPARC homogeneous refinement
試料
  • 複合体: Full-length KIT(T417I,delta418-419) dimers reconstituted in amphipol
    • タンパク質・ペプチド: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
キーワードreceptor tyrosine kinase / cell signaling / cancer / cryo-EM / KIT / stem cell factor / oncogenic mutant / extracellular domain / asymmetric interface / structural plasticity / TRANSFERASE
機能・相同性receptor protein-tyrosine kinase / Isoform 2 of Mast/stem cell growth factor receptor Kit
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.19 Å
データ登録者Bertoletti N / Krimmer SG / Mi W / Schlessinger J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM analyses of KIT and oncogenic mutants reveal structural oncogenic plasticity and a target for therapeutic intervention.
著者: Stefan G Krimmer / Nicole Bertoletti / Yoshihisa Suzuki / Luka Katic / Jyotidarsini Mohanty / Sheng Shu / Sangwon Lee / Irit Lax / Wei Mi / Joseph Schlessinger /
要旨: The receptor tyrosine kinase KIT and its ligand stem cell factor (SCF) are required for the development of hematopoietic stem cells, germ cells, and other cells. A variety of human cancers, such as ...The receptor tyrosine kinase KIT and its ligand stem cell factor (SCF) are required for the development of hematopoietic stem cells, germ cells, and other cells. A variety of human cancers, such as acute myeloid leukemia, gastrointestinal stromal tumor, and mast cell leukemia, are driven by somatic gain-of-function KIT mutations. Here, we report cryo electron microscopy (cryo-EM) structural analyses of full-length wild-type and two oncogenic KIT mutants, which show that the overall symmetric arrangement of the extracellular domain of ligand-occupied KIT dimers contains asymmetric D5 homotypic contacts juxtaposing the plasma membrane. Mutational analysis of KIT reveals in D5 region an "Achilles heel" for therapeutic intervention. A ligand-sensitized oncogenic KIT mutant exhibits a more comprehensive and stable D5 asymmetric conformation. A constitutively active ligand-independent oncogenic KIT mutant adopts a V-shaped conformation solely held by D5-mediated contacts. Binding of SCF to this mutant fully restores the conformation of wild-type KIT dimers, including the formation of salt bridges responsible for D4 homotypic contacts and other hallmarks of SCF-induced KIT dimerization. These experiments reveal an unexpected structural plasticity of oncogenic KIT mutants and a therapeutic target in D5.
履歴
登録2022年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27495.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27495.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoSPARC homogeneous refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 538.4 Å		1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 538.4 Å		1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 538.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.346 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.48593667 - 1.4400885
平均 (標準偏差)-0.00088207796 (±0.027236065)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 538.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half A

ファイルemd_27495_half_map_1.map
注釈half_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B

ファイルemd_27495_half_map_2.map
注釈half_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Full-length KIT(T417I,delta418-419) dimers reconstituted in amphipol

全体名称: Full-length KIT(T417I,delta418-419) dimers reconstituted in amphipol
要素
  • 複合体: Full-length KIT(T417I,delta418-419) dimers reconstituted in amphipol
    • タンパク質・ペプチド: Mast/stem cell growth factor receptor Kit

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超分子 #1: Full-length KIT(T417I,delta418-419) dimers reconstituted in amphipol

超分子名称: Full-length KIT(T417I,delta418-419) dimers reconstituted in amphipol
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: Mast/stem cell growth factor receptor Kit

分子名称: Mast/stem cell growth factor receptor Kit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: MTILCWLALLSTLTAVNA signal peptide NADYKDDDDKRPHAM expression tag (NAG) post-translational glycosylation Mutation T417I Mutation deletion Y418,D419 Mutation K623A GSHHHHHH expression tag
光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTILCWLALL STLTAVNADY KDDDDKRPHA MGEPSPPSIH PGKSDLIVRV GDEIRLLCTD PGFVKWTFEI LDETNENKQN EWITEKAEAT NTGKYTCTNK HGLSNSIYVF VRDPAKLFLV DRSLYGKEDN DTLVRCPLTD PEVTNYSLKG CQGKPLPKDL RFIPDPKAGI ...文字列:
MTILCWLALL STLTAVNADY KDDDDKRPHA MGEPSPPSIH PGKSDLIVRV GDEIRLLCTD PGFVKWTFEI LDETNENKQN EWITEKAEAT NTGKYTCTNK HGLSNSIYVF VRDPAKLFLV DRSLYGKEDN DTLVRCPLTD PEVTNYSLKG CQGKPLPKDL RFIPDPKAGI MIKSVKRAYH RLCLHCSVDQ EGKSVLSEKF ILKVRPAFKA VPVVSVSKAS YLLREGEEFT VTCTIKDVSS SVYSTWKREN SQTKLQEKYN SWHHGDFNYE RQATLTISSA RVNDSGVFMC YANNTFGSAN VTTTLEVVDK GFINIFPMIN TTVFVNDGEN VDLIVEYEAF PKPEHQQWIY MNRTFTDKWE DYPKSENESN IRYVSELHLT RLKGTEGGTY TFLVSNSDVN AAIAFNVYVN TKPEILIRLV NGMLQCVAAG FPEPTIDWYF CPGTEQRCSA SVLPVDVQTL NSSGPPFGKL VVQSSIDSSA FKHNGTVECK AYNDVGKTSA YFNFAFKEQI HPHTLFTPLL IGFVIVAGMM CIIVMILTYK YLQKPMYEVQ WKVVEEINGN NYVYIDPTQL PYDHKWEFPR NRLSFGKTLG AGAFGKVVEA TAYGLIKSDA AMTVAVAMLK PSAHLTEREA LMSELKVLSY LGNHMNIVNL LGACTIGGPT LVITEYCCYG DLLNFLRRKR DSFICSKQED HAEAALYKNL LHSKESSCSD STNEYMDMKP GVSYVVPTKA DKRRSVRIGS YIERDVTPAI MEDDELALDL EDLLSFSYQV AKGMAFLASK NCIHRDLAAR NILLTHGRIT KICDFGLARD IKNDSNYVVK GNARLPVKWM APESIFNCVY TFESDVWSYG IFLWELFSLG SSPYPGMPVD SKFYKMIKEG FRMLSPEHAP AEMYDIMKTC WDADPLKRPT FKQIVQLIEK QISESTNHIY SNLANCSPNR QKPVVDHSVR INSVGSTASS SQPLLVHDDV GSHHHHHH

UniProtKB: Isoform 2 of Mast/stem cell growth factor receptor Kit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4S(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)
200.0 mMNaClSodium chloride
0.1 %C13H17F13NO4P(1H, 1H, 2H, 2H-Perfluorooctyl)phosphocholine
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Blotting time 3 sec, blotting force 0..
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細SerialEM COMA-FREE ALIGNMENT
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8397 / 平均露光時間: 11.134 sec. / 平均電子線量: 64.76 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2457127
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 119034
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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