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万見
- EMDB-27479: Cryo-electron tomograms of cryo-FIB milled WT dividing E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27479
タイトルCryo-electron tomograms of cryo-FIB milled WT dividing E. coli
マップデータCryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Septation stage.
試料
  • 細胞: Dividing E. coli
キーワードCell division / CELL CYCLE
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Navarro PP / Vettiger A / Ananda VY / Montero Llopis P / Allolio C / Bernhardt TG / Chao LH
資金援助 スイス, European Union, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationP2BSP3_188112 スイス
Swiss National Science FoundationP400PB_199252 スイス
Swiss National Science FoundationP500PB_203143 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF_89-2019European Union
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用
ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Cell wall synthesis and remodelling dynamics determine division site architecture and cell shape in Escherichia coli.
著者: Paula P Navarro / Andrea Vettiger / Virly Y Ananda / Paula Montero Llopis / Christoph Allolio / Thomas G Bernhardt / Luke H Chao /
要旨: The bacterial division apparatus catalyses the synthesis and remodelling of septal peptidoglycan (sPG) to build the cell wall layer that fortifies the daughter cell poles. Understanding of this ...The bacterial division apparatus catalyses the synthesis and remodelling of septal peptidoglycan (sPG) to build the cell wall layer that fortifies the daughter cell poles. Understanding of this essential process has been limited by the lack of native three-dimensional views of developing septa. Here, we apply state-of-the-art cryogenic electron tomography (cryo-ET) and fluorescence microscopy to visualize the division site architecture and sPG biogenesis dynamics of the Gram-negative bacterium Escherichia coli. We identify a wedge-like sPG structure that fortifies the ingrowing septum. Experiments with strains defective in sPG biogenesis revealed that the septal architecture and mode of division can be modified to more closely resemble that of other Gram-negative (Caulobacter crescentus) or Gram-positive (Staphylococcus aureus) bacteria, suggesting that a conserved mechanism underlies the formation of different septal morphologies. Finally, analysis of mutants impaired in amidase activation (ΔenvC ΔnlpD) showed that cell wall remodelling affects the placement and stability of the cytokinetic ring. Taken together, our results support a model in which competition between the cell elongation and division machineries determines the shape of cell constrictions and the poles they form. They also highlight how the activity of the division system can be modulated to help generate the diverse array of shapes observed in the bacterial domain.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Cell wall synthesis and remodeling dynamics determine bacterial division site architecture and cell shape
著者: Navarro PP / Vettiger A / Ananda VY / Llopis PM / Allolio C / Bernhardt TG / Chao LH
履歴
登録2022年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月14日-
マップ公開2022年9月14日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27479.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27479.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Septation stage.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
20.52 Å/pix.
x 275 pix.
= 5643. Å		20.52 Å/pix.
x 720 pix.
= 14774.4 Å		20.52 Å/pix.
x 511 pix.
= 10485.721 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 20.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-1033.0 - 956.0
平均 (標準偏差)26.706040000000002 (±149.667939999999987)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-104104-138
サイズ720511275
Spacing511720275
セルA: 10485.721 Å / B: 14774.4 Å / C: 5643.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E....

ファイルemd_27479_additional_1.map
注釈Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Septation stage.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E....

ファイルemd_27479_additional_10.map
注釈Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Constriction stage. Low-passed.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E....

ファイルemd_27479_additional_11.map
注釈Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Septation stage.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E....

ファイルemd_27479_additional_2.map
注釈Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Constriction stage.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E....

ファイルemd_27479_additional_3.map
注釈Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Cytokinesis stage.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Pole.

ファイルemd_27479_additional_4.map
注釈Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Pole.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E....

ファイルemd_27479_additional_5.map
注釈Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Constriction stage.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E....

ファイルemd_27479_additional_6.map
注釈Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Constriction stage.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E....

ファイルemd_27479_additional_7.map
注釈Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Cytokinesis stage. Low-passed.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E....

ファイルemd_27479_additional_8.map
注釈Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Constriction stage.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E....

ファイルemd_27479_additional_9.map
注釈Cryo-electron tomogram of Cryo-FIB milled WT Dividing E. coli. Septation stage. Low-passed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dividing E. coli

全体名称: Dividing E. coli
要素
  • 細胞: Dividing E. coli

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超分子 #1: Dividing E. coli

超分子名称: Dividing E. coli / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1755

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 9
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 294.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 5 / 集束イオンビーム - 電流: 0.5 / 集束イオンビーム - 時間: 600 / 集束イオンビーム - 温度: 88 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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