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- EMDB-27434: Leptin-bound leptin receptor complex- focused interaction -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27434
タイトルLeptin-bound leptin receptor complex- focused interaction
マップデータLeptin-bound leptin receptor complex- focused interaction
試料
  • 複合体: Leptin Receptor Complex
    • タンパク質・ペプチド: Leptin
  • タンパク質・ペプチド: Leptin receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードleptin / receptor / complex / HORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of metabolic process / negative regulation of locomotor rhythm / negative regulation of eating behavior / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / regulation of lipoprotein lipid oxidation / cellular response to L-ascorbic acid / positive regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of glutamine transport / leptin receptor activity / negative regulation of appetite by leptin-mediated signaling pathway ...negative regulation of metabolic process / negative regulation of locomotor rhythm / negative regulation of eating behavior / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / regulation of lipoprotein lipid oxidation / cellular response to L-ascorbic acid / positive regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of glutamine transport / leptin receptor activity / negative regulation of appetite by leptin-mediated signaling pathway / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / negative regulation of glucagon secretion / regulation of endothelial cell proliferation / regulation of natural killer cell proliferation / leptin receptor binding / regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / protein-hormone receptor activity / bone growth / positive regulation of luteinizing hormone secretion / regulation of natural killer cell activation / glycerol biosynthetic process / positive regulation of monoatomic ion transport / elastin metabolic process / leptin-mediated signaling pathway / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / regulation of steroid biosynthetic process / regulation of intestinal cholesterol absorption / regulation of bone remodeling / regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / positive regulation of hepatic stellate cell activation / adult feeding behavior / regulation of nitric-oxide synthase activity / response to leptin / regulation of lipid biosynthetic process / bone mineralization involved in bone maturation / regulation of feeding behavior / sexual reproduction / activation of protein kinase C activity / fatty acid catabolic process / negative regulation of cartilage development / ovulation from ovarian follicle / negative regulation of appetite / positive regulation of developmental growth / leukocyte tethering or rolling / cellular response to leptin stimulus / energy reserve metabolic process / bile acid metabolic process / negative regulation of D-glucose import / tyrosine phosphorylation of STAT protein / prostaglandin secretion / regulation of protein localization to nucleus / cardiac muscle hypertrophy / regulation of metabolic process / hormone metabolic process / aorta development / intestinal absorption / cytokine receptor activity / insulin secretion / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of vasoconstriction / eating behavior / peptide hormone receptor binding / regulation of gluconeogenesis / glycogen metabolic process / fatty acid beta-oxidation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cytokine binding / central nervous system neuron development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / peptide hormone binding / response to dietary excess / negative regulation of lipid storage / T cell differentiation / positive regulation of TOR signaling / response to vitamin E / glial cell proliferation / negative regulation of gluconeogenesis / regulation of angiogenesis / adipose tissue development / phagocytosis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / cellular response to retinoic acid / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / energy homeostasis / positive regulation of interleukin-12 production / cholesterol metabolic process / regulation of insulin secretion / negative regulation of autophagy / determination of adult lifespan / gluconeogenesis / response to activity / positive regulation of interleukin-8 production / female pregnancy / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to insulin / regulation of protein phosphorylation / placenta development
類似検索 - 分子機能
Leptin / Leptin / Leptin receptor, immunoglobulin-like domain / Obesity receptor immunoglobulin like domain / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / : ...Leptin / Leptin / Leptin receptor, immunoglobulin-like domain / Obesity receptor immunoglobulin like domain / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / : / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Leptin / Leptin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Saxton RA / Caveney NA / Garcia KC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the mechanism of leptin receptor activation.
著者: Robert A Saxton / Nathanael A Caveney / Maria Dolores Moya-Garzon / Karsten D Householder / Grayson E Rodriguez / Kylie A Burdsall / Jonathan Z Long / K Christopher Garcia /
要旨: Leptin is an adipocyte-derived protein hormone that promotes satiety and energy homeostasis by activating the leptin receptor (LepR)-STAT3 signaling axis in a subset of hypothalamic neurons. Leptin ...Leptin is an adipocyte-derived protein hormone that promotes satiety and energy homeostasis by activating the leptin receptor (LepR)-STAT3 signaling axis in a subset of hypothalamic neurons. Leptin signaling is dysregulated in obesity, however, where appetite remains elevated despite high levels of circulating leptin. To gain insight into the mechanism of leptin receptor activation, here we determine the structure of a stabilized leptin-bound LepR signaling complex using single particle cryo-EM. The structure reveals an asymmetric architecture in which a single leptin induces LepR dimerization via two distinct receptor-binding sites. Analysis of the leptin-LepR binding interfaces reveals the molecular basis for human obesity-associated mutations. Structure-based design of leptin variants that destabilize the asymmetric LepR dimer yield both partial and biased agonists that partially suppress STAT3 activation in the presence of wild-type leptin and decouple activation of STAT3 from LepR negative regulators. Together, these results reveal the structural basis for LepR activation and provide insights into the differential plasticity of signaling pathways downstream of LepR.
履歴
登録2022年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27434.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27434.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Leptin-bound leptin receptor complex- focused interaction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 320 pix.
= 381.741 Å		1.19 Å/pix.
x 320 pix.
= 381.741 Å		1.19 Å/pix.
x 320 pix.
= 381.741 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.19294 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.3756517 - 1.7643884
平均 (標準偏差)0.0004436446 (±0.014056075)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 381.74078 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27434_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Leptin-bound leptin receptor complex- focused interaction

ファイルemd_27434_half_map_1.map
注釈Leptin-bound leptin receptor complex- focused interaction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Leptin-bound leptin receptor complex- focused interaction

ファイルemd_27434_half_map_2.map
注釈Leptin-bound leptin receptor complex- focused interaction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Leptin Receptor Complex

全体名称: Leptin Receptor Complex
要素
  • 複合体: Leptin Receptor Complex
    • タンパク質・ペプチド: Leptin
  • タンパク質・ペプチド: Leptin receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Leptin Receptor Complex

超分子名称: Leptin Receptor Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Leptin receptor

分子名称: Leptin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 63.445523 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DVVYFPPKIL TSVGSNASFH CIYKNENQII SSKQIVWWRN LAEKIPEIQY SIVSDRVSKV TFSNLKATRP RGKFTYDAVY CCNEQACHH RYAELYVIDV NINISCETDG YLTKMTCRWS PSTIQSLVGS TVQLRYHRRS LYCPDSPSIH PTSEPKNCVL Q RDGFYECV ...文字列:
DVVYFPPKIL TSVGSNASFH CIYKNENQII SSKQIVWWRN LAEKIPEIQY SIVSDRVSKV TFSNLKATRP RGKFTYDAVY CCNEQACHH RYAELYVIDV NINISCETDG YLTKMTCRWS PSTIQSLVGS TVQLRYHRRS LYCPDSPSIH PTSEPKNCVL Q RDGFYECV FQPIFLLSGY TMWIRINHSL GSLDSPPTCV LPDSVVKPLP PSNVKAEITV NTGLLKVSWE KPVFPENNLQ FQ IRYGLSG KEIQWKTHEV FDAKSKSASL LVSDLCAVYV VQVRCRRLDG LGYWSNWSSP AYTLVMDVKV PMRGPEFWRK MDG DVTKKE RNVTLLWKPL TKNDSLCSVR RYVVKHRTAH NGTWSEDVGN RTNLTFLWTE PAHTVTVLAV NSLGASLVNF NLTF SWPMS KVSAVESLSA YPLSSSCVIL SWTLSPDDYS LLYLVIEWKI LNEDDGMKWL RIPSNVKKFY IHDNFIPIEK YQFSL YPVF MEGVGKPKII NGFTKDAIDK QQNDAGGSGG MKQLEDKVEE LLSKNYHLEN EVARLKKLVG ERSGGHHHHH H

UniProtKB: Leptin receptor

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分子 #2: Leptin

分子名称: Leptin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 16.018284 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VPIQKVQDDT KTLIKTIVTR INDISHTQSV SAKQRVTGLD FIPGLHPILS LSKMDQTLAV YQQVLTSLPS QNVLQIANDL ENLRDLLHL LAFSKSCSLP QTSGLQKPES LDGVLEASLY STEVVALSRL QGSLQDILQQ LDVSPEC

UniProtKB: Leptin

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 460818
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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