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- EMDB-27268: In situ structure of the non-replicative Chikungunya virus nonstr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27268
タイトルIn situ structure of the non-replicative Chikungunya virus nonstructural protein complex
マップデータSubtomogram average of nsp1-2-4 ring
試料
  • 複合体: Chikungunya virus replicase complex
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.9 Å
データ登録者Yaw Bia T / Chmielewski D / Yien Law MC / Zhang K / He Y / Chen M / Jin J / Luo D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)R01AI148382 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)S10OD021600 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Molecular architecture of the Chikungunya virus replication complex.
著者: Yaw Bia Tan / David Chmielewski / Michelle Cheok Yien Law / Kuo Zhang / Yu He / Muyuan Chen / Jing Jin / Dahai Luo /
要旨: To better understand how positive-strand (+) RNA viruses assemble membrane-associated replication complexes (RCs) to synthesize, process, and transport viral RNA in virus-infected cells, we ...To better understand how positive-strand (+) RNA viruses assemble membrane-associated replication complexes (RCs) to synthesize, process, and transport viral RNA in virus-infected cells, we determined both the high-resolution structure of the core RNA replicase of chikungunya virus and the native RC architecture in its cellular context at subnanometer resolution, using in vitro reconstitution and in situ electron cryotomography, respectively. Within the core RNA replicase, the viral polymerase nsP4, which is in complex with nsP2 helicase-protease, sits in the central pore of the membrane-anchored nsP1 RNA-capping ring. The addition of a large cytoplasmic ring next to the C terminus of nsP1 forms the holo-RNA-RC as observed at the neck of spherules formed in virus-infected cells. These results represent a major conceptual advance in elucidating the molecular mechanisms of RNA virus replication and the principles underlying the molecular architecture of RCs, likely to be shared with many pathogenic (+) RNA viruses.
履歴
登録2022年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2022年12月14日-
現状2022年12月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27268.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27268.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of nsp1-2-4 ring
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.54 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.21
最小 - 最大-125.02666 - 38.069702
平均 (標準偏差)0.06429815 (±0.94976336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 453.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: even half map

ファイルemd_27268_half_map_1.map
注釈even half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: odd half map

ファイルemd_27268_half_map_2.map
注釈odd half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chikungunya virus replicase complex

全体名称: Chikungunya virus replicase complex
要素
  • 複合体: Chikungunya virus replicase complex

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超分子 #1: Chikungunya virus replicase complex

超分子名称: Chikungunya virus replicase complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.76 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 5707
抽出トモグラム数: 30 / 使用した粒子像数: 5707
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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