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- EMDB-27254: SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with DMAbs 2130 and 2196 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27254
タイトルSARS-CoV-2 Spike RBD in complex with DMAbs 2130 and 2196
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with DMAbs 2130 and 2196
    • タンパク質・ペプチド: 2130 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 2130 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: 2196 light chain
    • タンパク質・ペプチド: 2196 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Du J / Cui J / Pallesen J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
DARPA/JPEO-CBRNHR0011-21-9-0001 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: DNA-delivered antibody cocktail exhibits improved pharmacokinetics and confers prophylactic protection against SARS-CoV-2.
著者: Elizabeth M Parzych / Jianqiu Du / Ali R Ali / Katherine Schultheis / Drew Frase / Trevor R F Smith / Jiayan Cui / Neethu Chokkalingam / Nicholas J Tursi / Viviane M Andrade / Bryce M Warner ...著者: Elizabeth M Parzych / Jianqiu Du / Ali R Ali / Katherine Schultheis / Drew Frase / Trevor R F Smith / Jiayan Cui / Neethu Chokkalingam / Nicholas J Tursi / Viviane M Andrade / Bryce M Warner / Ebony N Gary / Yue Li / Jihae Choi / Jillian Eisenhauer / Igor Maricic / Abhijeet Kulkarni / Jacqueline D Chu / Gabrielle Villafana / Kim Rosenthal / Kuishu Ren / Joseph R Francica / Sarah K Wootton / Pablo Tebas / Darwyn Kobasa / Kate E Broderick / Jean D Boyer / Mark T Esser / Jesper Pallesen / Dan W Kulp / Ami Patel / David B Weiner /
要旨: Monoclonal antibody therapy has played an important role against SARS-CoV-2. Strategies to deliver functional, antibody-based therapeutics with improved in vivo durability are needed to supplement ...Monoclonal antibody therapy has played an important role against SARS-CoV-2. Strategies to deliver functional, antibody-based therapeutics with improved in vivo durability are needed to supplement current efforts and reach underserved populations. Here, we compare recombinant mAbs COV2-2196 and COV2-2130, which compromise clinical cocktail Tixagevimab/Cilgavimab, with optimized nucleic acid-launched forms. Functional profiling of in vivo-expressed, DNA-encoded monoclonal antibodies (DMAbs) demonstrated similar specificity, broad antiviral potency and equivalent protective efficacy in multiple animal challenge models of SARS-CoV-2 prophylaxis compared to protein delivery. In PK studies, DNA-delivery drove significant serum antibody titers that were better maintained compared to protein administration. Furthermore, cryo-EM studies performed on serum-derived DMAbs provide the first high-resolution visualization of in vivo-launched antibodies, revealing new interactions that may promote cooperative binding to trimeric antigen and broad activity against VoC including Omicron lineages. These data support the further study of DMAb technology in the development and delivery of valuable biologics.
履歴
登録2022年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2022年10月19日-
現状2022年10月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27254.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27254.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.054 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.26
最小 - 最大-0.5404054 - 1.012828
平均 (標準偏差)-0.00016651327 (±0.04366043)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 539.648 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27254_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27254_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with DMAbs 2130 and 2196

全体名称: SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with DMAbs 2130 and 2196
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with DMAbs 2130 and 2196
    • タンパク質・ペプチド: 2130 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 2130 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: 2196 light chain
    • タンパク質・ペプチド: 2196 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with DMAbs 2130 and 2196

超分子名称: SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with DMAbs 2130 and 2196
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: 2130 heavy chain

分子名称: 2130 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.834895 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFR DVWMSWVRQA PGKGLEWVGR IKSKIDGGTT DYAAPVKGRF TISRDDSKNT LYLQMNSLK TEDTAVYYCT TAGSYYYDTV GPGLPEGKFD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFR DVWMSWVRQA PGKGLEWVGR IKSKIDGGTT DYAAPVKGRF TISRDDSKNT LYLQMNSLK TEDTAVYYCT TAGSYYYDTV GPGLPEGKFD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSC

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分子 #2: 2130 light chain

分子名称: 2130 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.077725 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIVMTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YSSNNKNYLA WYQQKPGQPP KLLMYWASTR ESGVPDRFSG SGSGAEFTLT ISSLQAEDV AIYYCQQYYS TLTFGGGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DIVMTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YSSNNKNYLA WYQQKPGQPP KLLMYWASTR ESGVPDRFSG SGSGAEFTLT ISSLQAEDV AIYYCQQYYS TLTFGGGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #3: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
株: human/USA/WA-CDC-WA1/2020USA_WA1/2020
分子量理論値: 131.573688 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLGVY YHKNNKSWME SEFRVYSSAN NCTFEYVSQP F LMDLEGKQ ...文字列:
VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLGVY YHKNNKSWME SEFRVYSSAN NCTFEYVSQP F LMDLEGKQ GNFKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPINLV RDLPQGFSAL EPLVDLPIGI NITRFQTLLA LHRSYLTPGD SS SGWTAGA AAYYVGYLQP RTFLLKYNEN GTITDAVDCA LDPLSETKCT LKSFTVEKGI YQTSNFRVQP TESIVRFPNI TNL CPFGEV FNATRFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNS ASFSTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQIA PGQT GKIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF PLQSY GFQP TNGVGYQPYR VVVLSFELLH APATVCGPKK STNLVKNKCV NFNFNGLTGT GVLTESNKKF LPFQQFGRDI ADTTDA VRD PQTLEILDIT PCSFGGVSVI TPGTNTSNQV AVLYQDVNCT EVPVAIHADQ LTPTWRVYST GSNVFQTRAG CLIGAEH VN NSYECDIPIG AGICASYQTQ TNSPRRARSV ASQSIIAYTM SLGAENSVAY SNNSIAIPTN FTISVTTEIL PVSMTKTS V DCTMYICGDS TECSNLLLQY GSFCTQLNRA LTGIAVEQDK NTQEVFAQVK QIYKTPPIKD FGGFNFSQIL PDPSKPSKR SFIEDLLFNK VTLADAGFIK QYGDCLGDIA ARDLICAQKF NGLTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLAGTITSG WTFGAGAALQ IPFAMQMAY RFNGIGVTQN VLYENQKLIA NQFNSAIGKI QDSLSSTASA LGKLQDVVNQ NAQALNTLVK QLSSNFGAIS S VLNDILSR LDKVEAEVQI DRLITGRLQS LQTYVTQQLI RAAEIRASAN LAATKMSECV LGQSKRVDFC GKGYHLMSFP QS APHGVVF LHVTYVPAQE KNFTTAPAIC HDGKAHFPRE GVFVSNGTHW FVTQRNFYEP QIITTDNTFV SGNCDVVIGI VNN TVYDPL QPELDSFKEE LDKYFKNHTS PDVDLGDISG INASGYIPEA PRDGQAYVRK DGEWVLLSTF L

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分子 #4: 2196 light chain

分子名称: 2196 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.574102 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QHYGSSRGWT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QHYGSSRGWT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #5: 2196 heavy chain

分子名称: 2196 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.166238 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFTFM SSAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVIGSGNTNY AQKFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP YCSSISCNDG FDIWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFTFM SSAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVIGSGNTNY AQKFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP YCSSISCNDG FDIWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KRVEPKSC

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 42.969 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40921
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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