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万見
- EMDB-27233: Tomogram of Flublok vaccine hemagglutinin starfish complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27233
タイトルTomogram of Flublok vaccine hemagglutinin starfish complexes
マップデータtomogram of Flublok hemagglutinin "starfish" particles.
試料
  • 複合体: Expressed hemagglutinin protein from these influenza viruses: A/Michigan/45/2015 A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 B/Maryland/15/2016 B/Phuket/3073/2013
    • 複合体: A/Michigan/45/2015 hemagglutinin protein
    • 複合体: A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 hemagglutinin protein
    • 複合体: B/Maryland/15/2016 hemagglutinin protein
    • 複合体: B/Phuket/3073/2013 hemagglutinin protein
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Gallagher JR / Audray AK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1ZIAAI001180 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Commercial influenza vaccines vary in HA-complex structure and in induction of cross-reactive HA antibodies.
著者: Mallory L Myers / John R Gallagher / Alexander J Kim / Walker H Payne / Samantha Maldonado-Puga / Haralabos Assimakopoulos / Kevin W Bock / Udana Torian / Ian N Moore / Audray K Harris /
要旨: Influenza virus infects millions of people annually and can cause global pandemics. Hemagglutinin (HA) is the primary component of commercial influenza vaccines (CIV), and antibody titer to HA is a ...Influenza virus infects millions of people annually and can cause global pandemics. Hemagglutinin (HA) is the primary component of commercial influenza vaccines (CIV), and antibody titer to HA is a primary correlate of protection. Continual antigenic variation of HA requires that CIVs are reformulated yearly. Structural organization of HA complexes have not previously been correlated with induction of broadly reactive antibodies, yet CIV formulations vary in how HA is organized. Using electron microscopy to study four current CIVs, we find structures including: individual HAs, starfish structures with up to 12 HA molecules, and novel spiked-nanodisc structures that display over 50 HA molecules along the complex's perimeter. CIV containing these spiked nanodiscs elicit the highest levels of heterosubtypic cross-reactive antibodies in female mice. Here, we report that HA structural organization can be an important CIV parameter and can be associated with the induction of cross-reactive antibodies to conserved HA epitopes.
履歴
登録2022年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2023年4月12日-
現状2023年4月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27233.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 684.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈tomogram of Flublok hemagglutinin "starfish" particles.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.61 Å/pix.
x 152 pix.
= 700.066 Å		4.61 Å/pix.
x 1537 pix.
= 7078.961 Å		4.61 Å/pix.
x 1537 pix.
= 7078.961 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.6057 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-2333.0 - 2348.0
平均 (標準偏差)136.35982 (±392.25223)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-768-768-76
サイズ15371537152
Spacing15371537152
セルA: 7078.961 Å / B: 7078.961 Å / C: 700.0664 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: subtomogram of Flublok hemagglutinin starfish, processed with nonlinear...

ファイルemd_27233_additional_1.map
注釈subtomogram of Flublok hemagglutinin starfish, processed with nonlinear anisotropic diffusion.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Expressed hemagglutinin protein from these influenza viruses: A/M...

全体名称: Expressed hemagglutinin protein from these influenza viruses: A/Michigan/45/2015 A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 B/Maryland/15/2016 B/Phuket/3073/2013
要素
  • 複合体: Expressed hemagglutinin protein from these influenza viruses: A/Michigan/45/2015 A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 B/Maryland/15/2016 B/Phuket/3073/2013
    • 複合体: A/Michigan/45/2015 hemagglutinin protein
    • 複合体: A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 hemagglutinin protein
    • 複合体: B/Maryland/15/2016 hemagglutinin protein
    • 複合体: B/Phuket/3073/2013 hemagglutinin protein

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超分子 #1: Expressed hemagglutinin protein from these influenza viruses: A/M...

超分子名称: Expressed hemagglutinin protein from these influenza viruses: A/Michigan/45/2015 A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 B/Maryland/15/2016 B/Phuket/3073/2013
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #2: A/Michigan/45/2015 hemagglutinin protein

超分子名称: A/Michigan/45/2015 hemagglutinin protein / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1

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超分子 #3: A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 hemagglutinin protein

超分子名称: A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 hemagglutinin protein
タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1

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超分子 #4: B/Maryland/15/2016 hemagglutinin protein

超分子名称: B/Maryland/15/2016 hemagglutinin protein / タイプ: complex / ID: 4 / キメラ: Yes / 親要素: 1

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超分子 #5: B/Phuket/3073/2013 hemagglutinin protein

超分子名称: B/Phuket/3073/2013 hemagglutinin protein / タイプ: complex / ID: 5 / キメラ: Yes / 親要素: 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Electron Microscopy Sciences / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 1.64 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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