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万見
- EMDB-27193: IMM20253 Fab complex with Spike monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27193
タイトルIMM20253 Fab complex with Spike monomer
マップデータResulted IMM20253 Fab complex with Spike monomer
試料
  • 複合体: IMM20253 Fab complex with REF Spike Trimer
キーワードNeutralizing antibody / SARS-CoV-2 / complex / VIRAL PROTEIN
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.01 Å
データ登録者Nikitin PA / DiMuzio JD / Dowling JP / Patel NB / Bingaman-Steele JL / Heimbach BC / Henriquez N / Nicolescu C / Polley A / Sikorski EL ...Nikitin PA / DiMuzio JD / Dowling JP / Patel NB / Bingaman-Steele JL / Heimbach BC / Henriquez N / Nicolescu C / Polley A / Sikorski EL / Howanski RJ / Nath M / Shukla H / Scheaffer SM / Finn JP / Liang LF / Smith T / Storm N / McKay LGA / Johnson RI / Malsick LE / Honko AN / Griffiths A / Diamond MS / Sarma P / Geising DH / Morin MJ / Robinson MK
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2022
タイトル: IMM-BCP-01, a patient-derived anti-SARS-CoV-2 antibody cocktail, is active across variants of concern including Omicron BA.1 and BA.2.
著者: Pavel A Nikitin / Jillian M DiMuzio / John P Dowling / Nirja B Patel / Jamie L Bingaman-Steele / Baron C Heimbach / Noeleya Henriquez / Chris Nicolescu / Antonio Polley / Eden L Sikorski / ...著者: Pavel A Nikitin / Jillian M DiMuzio / John P Dowling / Nirja B Patel / Jamie L Bingaman-Steele / Baron C Heimbach / Noeleya Henriquez / Chris Nicolescu / Antonio Polley / Eden L Sikorski / Raymond J Howanski / Mitchell Nath / Halley Shukla / Suzanne M Scheaffer / James P Finn / Li-Fang Liang / Todd Smith / Nadia Storm / Lindsay G A McKay / Rebecca I Johnson / Lauren E Malsick / Anna N Honko / Anthony Griffiths / Michael S Diamond / Purnanand Sarma / Dennis H Geising / Michael J Morin / Matthew K Robinson /
要旨: Monoclonal antibodies are an efficacious therapy against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). However, rapid viral mutagenesis led to escape from most of these therapies, ...Monoclonal antibodies are an efficacious therapy against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). However, rapid viral mutagenesis led to escape from most of these therapies, outlining the need for an antibody cocktail with a broad neutralizing potency. Using an unbiased interrogation of the memory B cell repertoire of patients with convalescent COVID-19, we identified human antibodies with broad antiviral activity in vitro and efficacy in vivo against all tested SARS-CoV-2 variants of concern, including Delta and Omicron BA.1 and BA.2. Here, we describe an antibody cocktail, IMM-BCP-01, that consists of three patient-derived broadly neutralizing antibodies directed at nonoverlapping surfaces on the SARS-CoV-2 Spike protein. Two antibodies, IMM20184 and IMM20190, directly blocked Spike binding to the ACE2 receptor. Binding of the third antibody, IMM20253, to its cryptic epitope on the outer surface of RBD altered the conformation of the Spike Trimer, promoting the release of Spike monomers. These antibodies decreased Omicron SARS-CoV-2 infection in the lungs of Syrian golden hamsters in vivo and potently induced antiviral effector response in vitro, including phagocytosis, ADCC, and complement pathway activation. Our preclinical data demonstrated that the three-antibody cocktail IMM-BCP-01 could be a promising means for preventing or treating infection of SARS-CoV-2 variants of concern, including Omicron BA.1 and BA.2, in susceptible individuals.
履歴
登録2022年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27193.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27193.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Resulted IMM20253 Fab complex with Spike monomer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.4 Å/pix.
x 150 pix.
= 360. Å		2.4 Å/pix.
x 150 pix.
= 360. Å		2.4 Å/pix.
x 150 pix.
= 360. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.2
最小 - 最大-1.1302702 - 5.6288614
平均 (標準偏差)-0.0018542982 (±0.20695436)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 360.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_27193_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27193_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27193_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IMM20253 Fab complex with REF Spike Trimer

全体名称: IMM20253 Fab complex with REF Spike Trimer
要素
  • 複合体: IMM20253 Fab complex with REF Spike Trimer

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超分子 #1: IMM20253 Fab complex with REF Spike Trimer

超分子名称: IMM20253 Fab complex with REF Spike Trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40489
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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