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- EMDB-27177: sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27177
タイトルsd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein
マップデータsd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein
試料
  • 複合体: sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P
    • 複合体: Spike glycoproteinスパイクタンパク質
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoproteinスパイクタンパク質
    • 複合体: sd1.040 Fab heavy chain, sd1.040 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: sd1.040 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: sd1.040 Fab light chain
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Abernathy ME / Barnes CO
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)GT15335 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2022
タイトル: Human neutralizing antibodies to cold linear epitopes and to subdomain 1 of SARS-CoV-2.
著者: Filippo Bianchini / Virginia Crivelli / Morgan E Abernathy / Concetta Guerra / Martin Palus / Jonathan Muri / Harold Marcotte / Antonio Piralla / Mattia Pedotti / Raoul De Gasparo / Luca ...著者: Filippo Bianchini / Virginia Crivelli / Morgan E Abernathy / Concetta Guerra / Martin Palus / Jonathan Muri / Harold Marcotte / Antonio Piralla / Mattia Pedotti / Raoul De Gasparo / Luca Simonelli / Milos Matkovic / Chiara Toscano / Maira Biggiogero / Veronica Calvaruso / Pavel Svoboda / Tomás Cervantes Rincón / Tommaso Fava / Lucie Podešvová / Akanksha A Shanbhag / Andrea Celoria / Jacopo Sgrignani / Michal Stefanik / Vaclav Hönig / Veronika Pranclova / Tereza Michalcikova / Jan Prochazka / Giuditta Guerrini / Dora Mehn / Annalisa Ciabattini / Hassan Abolhassani / David Jarrossay / Mariagrazia Uguccioni / Donata Medaglini / Qiang Pan-Hammarström / Luigi Calzolai / Daniel Fernandez / Fausto Baldanti / Alessandra Franzetti-Pellanda / Christian Garzoni / Radislav Sedlacek / Daniel Ruzek / Luca Varani / Andrea Cavalli / Christopher O Barnes / Davide F Robbiani /
要旨: Emergence of SARS-CoV-2 variants diminishes the efficacy of vaccines and antiviral monoclonal antibodies. Continued development of immunotherapies and vaccine immunogens resilient to viral evolution ...Emergence of SARS-CoV-2 variants diminishes the efficacy of vaccines and antiviral monoclonal antibodies. Continued development of immunotherapies and vaccine immunogens resilient to viral evolution is therefore necessary. Using coldspot-guided antibody discovery, a screening approach that focuses on portions of the virus spike that are both functionally relevant and averse to change, we identified human neutralizing antibodies to highly conserved viral epitopes. Antibody fp.006 binds the fusion peptide and cross-reacts against coronaviruses of the four , including the nine human coronaviruses, through recognition of a conserved motif that includes the S2' site of proteolytic cleavage. Antibody hr2.016 targets the stem helix and neutralizes SARS-CoV-2 variants. Antibody sd1.040 binds to subdomain 1, synergizes with antibody rbd.042 for neutralization and, like fp.006 and hr2.016, protects mice when present as bispecific antibody. Thus, coldspot-guided antibody discovery reveals donor-derived neutralizing antibodies that are cross-reactive with , including SARS-CoV-2 variants.
ONE SENTENCE SUMMARY: Broadly cross-reactive antibodies that protect from SARS-CoV-2 variants are revealed by virus coldspot-driven discovery.
履歴
登録2022年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2023年3月22日-
現状2023年3月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27177.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27177.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8521 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.187
最小 - 最大-1.0883248 - 1.5007387
平均 (標準偏差)-4.9515864e-05 (±0.014740729)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 368.1072 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein

ファイルemd_27177_additional_1.map
注釈sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein

ファイルemd_27177_half_map_1.map
注釈sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein

ファイルemd_27177_half_map_2.map
注釈sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P

全体名称: sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P
要素
  • 複合体: sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P
    • 複合体: Spike glycoproteinスパイクタンパク質
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoproteinスパイクタンパク質
    • 複合体: sd1.040 Fab heavy chain, sd1.040 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: sd1.040 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: sd1.040 Fab light chain

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超分子 #1: sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P

超分子名称: sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 79 KDa

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超分子 #2: Spike glycoprotein

超分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

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超分子 #3: sd1.040 Fab heavy chain, sd1.040 Fab light chain

超分子名称: sd1.040 Fab heavy chain, sd1.040 Fab light chain / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 139.787969 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPR RARSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQYIKWPSG RLVPRGSPGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGHH HHHH

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分子 #2: sd1.040 Fab heavy chain

分子名称: sd1.040 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.945762 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SFYIHWVRQA PGQGLEWMGI IDPSGGSTSY PQKFQGRVTM TRDTSTSTVY MDLSSLRSE DTAVYYCTRD GSAGDNSWFD PWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SFYIHWVRQA PGQGLEWMGI IDPSGGSTSY PQKFQGRVTM TRDTSTSTVY MDLSSLRSE DTAVYYCTRD GSAGDNSWFD PWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSCDKTH HHHHH

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分子 #3: sd1.040 Fab light chain

分子名称: sd1.040 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.346984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSRNVL YSSNNKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASAR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDV AVYYCQQYYN TPYTFGQGTK LEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES ...文字列:
DIVMTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSRNVL YSSNNKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASAR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDV AVYYCQQYYN TPYTFGQGTK LEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mM(HOCH2)3CNH2Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9894 / 平均露光時間: 2.88 sec. / 平均電子線量: 59.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4343219
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 277530
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6vxx

chain_id: A

5aze

chain_id: H

7d0d

chain_id: L
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8d48:
sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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